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Basic Scientific Research
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线粒体自噬觉得老套,那看看“线粒体外排”这个研究方向
探索生命空间,助力基础研究

PREFACE 00

前言

线粒体质量控制做到最后,很多课题都会落到线粒体自噬。

线粒体膜电位下降,PINK1稳定在外膜,Parkin被募集,LC3增加,损伤线粒体进入溶酶体,再配一组MitoTracker、JC-1、ROS和ATP,基本就形成了一条比较熟悉的机制链。

这条路线当然没有过时。问题在于,它已经非常拥挤。

更值得往前看的一件事是:细胞处理坏线粒体,并不只有“在自己体内把它消化掉”这一条路。

一些损伤线粒体可以被直接送出细胞。

有的进入迁移体,在细胞迁移过程中被甩到细胞外;有的被包进体积更大的exopher样结构,交给附近的吞噬细胞处理;有的以完整或部分完整线粒体、线粒体碎片、线粒体来源囊泡等形式进入细胞外空间。到了组织层面,心肌细胞甚至可以把不需要的线粒体交给驻留巨噬细胞清除。

这个思路和线粒体自噬最大的差别,在于废物处理地点发生了变化。

线粒体自噬是“自己的垃圾自己处理”。

线粒体外排则允许细胞把一部分处理压力转移到细胞外,甚至交给另一类细胞完成。

这件事一旦放到慢性疾病里,意义就不只是多了一种线粒体质量控制方式。

外排出去的线粒体如果被附近巨噬细胞及时吞噬,可能有利于维持组织稳态;如果大量受损线粒体、mtDNA和线粒体蛋白留在细胞外,它们又可能作为危险信号激活TLR9、cGAS-STING、炎症小体等通路。还有一些相对完整、具有功能的线粒体被另一类细胞摄取以后,反而可能参与代谢补偿和组织修复。

所以“线粒体离开一个细胞”以后,真正的故事才刚开始。

它究竟是在排垃圾、向邻近细胞求助,还是在释放炎症信号,很大程度取决于线粒体以什么形式出去、谁把它接走,以及最后有没有被正确处理。

这也使线粒体外排很适合衰老、心血管疾病、肿瘤、神经系统疾病、炎症、纤维化和组织损伤修复等研究。

不过这个方向目前还有一个需要先说清楚的问题。

“线粒体外排”并不是一个已经完全标准化的单一分子通路。迁移体介导的mitocytosis、exopher相关细胞器外排、细胞外囊泡携带线粒体成分,以及完整线粒体释放,彼此并不完全相同。

真正做课题时,不能看到培养上清里有mtDNA和TOM20,就统一写成“线粒体外排增加”。

第一步反而应该先弄清楚,细胞到底把什么东西送出去了。

导读

一、线粒体质量控制并不只有自噬这一条路

二、“线粒体外排”目前更适合理解成一组不同形式的细胞器清除行为

三、迁移体介导的mitocytosis提供了一套比较清楚的线粒体外排机制

四、exopher把线粒体质量控制进一步变成了跨细胞分工

五、心肌细胞和巨噬细胞提供了非常典型的组织级线粒体外排案例

六、线粒体外排和线粒体转移看起来相似,研究问题却完全不同

七、细胞为什么不把所有损伤线粒体都交给线粒体自噬

八、外排出去的是完整线粒体还是线粒体碎片,生物学意义完全不同

九、细胞外mtDNA升高并不能直接证明发生了线粒体外排

十、证明线粒体外排,第一件事是排除细胞死亡和膜破裂

十一、线粒体染料并不是证明外排来源的最佳证据

十二、真正有说服力的实验需要看到“线粒体离开活细胞”的过程

十三、线粒体外排以后被谁接走,决定它最终是保护还是损伤

十四、巨噬细胞很可能是线粒体外排研究里最值得关注的第二类细胞

十五、没有被及时清除的胞外线粒体可能直接进入炎症机制

十六、衰老和慢性应激尤其适合研究线粒体外排

十七、肿瘤研究可以从线粒体转移继续往“肿瘤细胞怎样处理坏线粒体”推进

十八、线粒体外排研究最容易出现哪些实验设计误区

十九、一套更完整的“线粒体损伤—外排—清除—细胞命运”研究路线怎么设计

二十、博恩生物可以为线粒体外排研究提供哪些实验支持

SECTION 01

01

线粒体质量控制并不只有自噬这一条路

1、细胞首先会尝试修复,而不是直接清除整个线粒体

线粒体出现轻度损伤以后,并不会马上进入线粒体自噬。

融合和分裂会不断重新分配线粒体内容物,蛋白酶可以清除异常线粒体蛋白,线粒体来源囊泡也可以选择性带走部分受损成分。

只有损伤继续积累,整条线粒体已经不值得保留时,整细胞器清除才变得更加重要。

所以线粒体质量控制本来就是分层的。

线粒体自噬只是其中比较成熟的一层。

2、整条线粒体也不一定必须在溶酶体里结束

过去很容易默认:

损伤线粒体→自噬体→溶酶体。

现在已经知道,一部分线粒体可以被送到细胞边缘,再通过特殊膜结构离开细胞。

这相当于多了一条出口。

对于线粒体数量很多、能量需求很高,或者自身溶酶体处理能力有限的细胞,这种额外出口尤其值得关注。

3、真正需要研究的是不同质量控制方式怎样分工

同样一次线粒体损伤,什么时候优先启动mitophagy,什么时候开始外排?

自噬能力下降以后,线粒体外排会不会补偿性增加?

反过来,外排能力受阻以后,损伤线粒体是否更多进入自噬,还是直接在细胞内积累?

这类“质量控制路线选择”比单独再做一遍PINK1/Parkin更容易形成新的机制层次。

SECTION 02

02

“线粒体外排”目前更适合理解成一组不同形式的细胞器清除行为

1、最典型的一类是迁移体介导的mitocytosis

迁移细胞会在后方留下细长的retraction fibers。

这些纤维上能够形成体积较大的迁移体。

当线粒体受到一定程度应激时,部分损伤线粒体可以被运输到细胞边缘,并进一步进入迁移体。

迁移体最终和细胞主体分离,于是里面的损伤线粒体也被一起排出。

这个过程被称为mitocytosis。

这里的重点不是线粒体“漏出去”。

它是一套具有选择性和细胞结构基础的主动清除过程。

2、另一类是exopher相关外排

一些细胞能够向外形成体积很大的膜性结构,其中携带蛋白聚集物、损伤细胞器以及线粒体。

这种结构最早在神经系统研究中受到关注,后续在哺乳动物组织里也观察到了类似的细胞器外排现象。

它和普通几十到几百纳米的细胞外囊泡并不是一回事。

里面甚至可以装下比较完整的线粒体和其他细胞内容物。

3、还有一些研究涉及细胞外囊泡和游离线粒体

部分细胞可以释放含有线粒体蛋白、mtDNA甚至线粒体结构的细胞外颗粒。

这里的异质性非常大。

有的是线粒体来源小囊泡。

有的是较大的细胞外囊泡。

有的可能包含相对完整的线粒体。

还有一些其实只是细胞死亡以后释放出来的线粒体成分。

所以研究“线粒体外排”,最忌讳的就是把所有胞外线粒体相关信号都当成同一个过程。

SECTION 03

03

迁移体介导的mitocytosis提供了一套比较清楚的线粒体外排机制

1、这个过程首先依赖细胞迁移产生的特殊结构

迁移体不是普通外泌体。

它在细胞迁移过程中形成于retraction fibers上,并与TSPAN等膜蛋白和迁移相关膜结构密切相关。

因此mitocytosis天然和细胞运动状态有关。

这也意味着一个完全不迁移或者迁移能力很低的细胞,未必适合直接照搬这套机制。

2、损伤线粒体会被优先送向细胞周边

细胞并不是随机把一部分正常线粒体塞进迁移体。

已有研究提示,线粒体应激以后,状态较差的线粒体会被重新运输和分配,并更容易进入迁移体。

于是mitocytosis具备了线粒体质量控制的基本特征:

留下相对健康的。

把状态更差的送出去。

3、破坏迁移体形成以后,线粒体质量也会受到影响

如果干预迁移体形成相关机制,使这条外排路径受阻,损伤线粒体更容易在细胞内积累,细胞的线粒体稳态也会随之发生变化。

这一点非常关键。

它说明迁移体不是恰好装了几个线粒体。

线粒体进入迁移体本身具有功能意义。

SECTION 04

04

exopher把线粒体质量控制进一步变成了跨细胞分工

1、exopher更像细胞扔出去的一大包“难处理垃圾”

它可以携带损伤线粒体,也可以包含其他异常细胞内容物。

和线粒体自噬相比,它解决的是另一个问题:

如果某些细胞自己处理不了这么多损伤成分,能不能直接把它们交给邻居?

这个思路在高度分化、长期存活的细胞中特别有意思。

神经元、心肌细胞不像很多增殖细胞那样可以简单通过细胞分裂稀释损伤。

如果自身质量控制系统长期超负荷,外排就多了一种可能。

2、exopher出去以后通常还需要别的细胞善后

这并不是把垃圾扔到组织里就结束。

真正有效的质量控制,需要附近吞噬细胞接收并继续降解。

所以exopher研究天然是一个跨细胞问题。

供体细胞为什么要扔?

受体细胞为什么愿意接?

接收以后通过什么溶酶体系统处理?

只要后面任何一步出问题,原本保护性的外排都可能变成炎症来源。

3、这类机制非常适合慢性组织稳态研究

和一次性的急性细胞死亡相比,exopher更容易解释一些长期的组织维护问题。

比如一个心肌细胞每天都产生一点损伤线粒体。

自己能处理一部分。

另外一部分持续交给巨噬细胞。

这种微小但长期存在的细胞间清除过程,可能才是组织能够几十年维持功能的重要原因。

SECTION 05

05

心肌细胞和巨噬细胞提供了非常典型的组织级线粒体外排案例

1、心肌细胞自身的线粒体负荷非常高

心脏对ATP需求巨大,心肌细胞内线粒体数量也很多。

长期高强度工作意味着线粒体损伤不断发生。

如果所有损伤线粒体都完全依赖心肌细胞自己的自噬—溶酶体系统处理,细胞内质量控制压力会非常大。

2、心肌细胞可以把部分线粒体相关材料交给驻留巨噬细胞

已经有研究观察到心肌细胞会释放包含线粒体成分的大型胞外结构,附近心脏驻留巨噬细胞负责吞噬和处理。

这使心肌线粒体稳态从一个“细胞自主过程”变成了组织分工。

心肌细胞负责发现和排出。

巨噬细胞负责接收和最终降解。

3、如果巨噬细胞这一端被破坏,心肌细胞自己也会受到影响

这点非常值得做机制研究。

巨噬细胞在很多心血管课题里常常被直接理解成炎症细胞。

但在这套机制里,它们承担的是细胞器清除和组织维护。

如果这批巨噬细胞减少或者吞噬—溶酶体功能下降,最终受影响的反而可能是心肌细胞线粒体稳态。

这个功能和传统“M1/M2”框架完全不是一个问题。

SECTION 06

06

线粒体外排和线粒体转移看起来相似,研究问题却完全不同

1、两者都会出现“一个细胞的线粒体到了另一个地方”

这也是实验中最容易混淆的地方。

MSC把线粒体转移给受损细胞。

肿瘤细胞从周围细胞获得线粒体。

心肌细胞把损伤线粒体排出去让巨噬细胞清除。

显微镜下都可能看到供体来源线粒体信号出现在细胞外或者另一类细胞里。

但它们的生物学方向完全不同。

2、线粒体转移强调的是受体获得功能

健康线粒体进入受体细胞以后,可以提高呼吸、ATP和细胞存活。

这时候重点应该看受体细胞。

线粒体有没有真正进入?

是否融入受体线粒体网络?

氧化磷酸化有没有恢复?

最后细胞功能有没有改善?

3、线粒体外排首先强调的是供体卸载损伤

如果一个供体细胞通过外排减少损伤线粒体,最先需要看的应该是供体。

外排受阻以后,供体细胞内损伤线粒体是否增加?

膜电位、ROS和呼吸是否恶化?

恢复外排以后能不能重新改善?

受体吞噬细胞更多承担“废物处理”角色。

两个方向都可以研究细胞间线粒体交流,却不能混成一个故事。

SECTION 07

07

细胞为什么不把所有损伤线粒体都交给线粒体自噬

1、自噬—溶酶体系统本身有容量

一个细胞短时间产生大量线粒体损伤时,溶酶体并不是无限处理。

尤其长期高负荷或者衰老细胞中,溶酶体功能本身可能已经下降。

这时单靠mitophagy未必能够完全解决问题。

线粒体外排就可能承担补充作用。

2、某些高度分化细胞可能更需要这种外部协作

心肌细胞、神经元等细胞长期生存,不会频繁通过细胞分裂稀释损伤。

它们对内部蛋白和细胞器质量控制要求很高。

把一部分大型损伤材料交给邻近专业吞噬细胞处理,是一种很合理的组织分工。

3、线粒体自噬和外排之间很可能存在动态平衡

这也是目前很值得做的方向。

轻度损伤时主要mitophagy。

损伤增加以后外排开始增强。

自噬受阻后外排是否代偿?

外排受阻以后mitophagy是否增加?

如果两条路径同时失效,细胞是不是才真正进入不可逆线粒体危机?

这些问题比单独讨论某一条通路更加接近真实线粒体质量控制网络。

SECTION 08

08

外排出去的是完整线粒体还是线粒体碎片,生物学意义完全不同

1、一个TOM20阳性颗粒不一定是一条完整线粒体

TOM20只代表存在外膜蛋白。

mtDNA只代表存在一部分线粒体遗传物质。

COX IV也只能说明有线粒体内膜相关成分。

几个Marker同时出现,仍然不能直接证明这是结构完整、具有膜电位和呼吸功能的线粒体。

2、完整线粒体需要结构和功能双重证据

结构上可以通过高分辨成像或电镜观察线粒体膜和嵴结构。

功能上可以进一步判断有没有膜电位、能不能消耗氧、是否保留ATP生成相关能力。

如果研究的只是损伤线粒体垃圾,这些功能未必需要完全保留。

但文章结论不能超过证据。

3、线粒体碎片本身同样可能有功能

mtDNA、心磷脂、线粒体蛋白和其他线粒体成分释放以后,都可以被免疫系统识别。

所以即使最后证明释放的并不是完整线粒体,课题也不一定失败。

它可能自然转向线粒体DAMP释放和炎症机制。

关键是先确认出去的到底是什么,再决定后面的故事。

SECTION 09

09

细胞外mtDNA升高并不能直接证明发生了线粒体外排

1、mtDNA进入培养上清的路径很多

主动线粒体外排可以产生。

细胞外囊泡可以携带。

受损线粒体破裂可以释放。

细胞坏死和膜破裂同样可以让大量mtDNA直接漏出来。

所以培养上清mtDNA增加只能说明细胞外出现了线粒体来源核酸。

2、严重细胞损伤尤其容易制造假阳性

假设药物处理以后细胞死亡达到40%。

同时上清mtDNA增加5倍。

这时候最优先的解释应该是细胞膜破裂和细胞内容物释放。

而不是主动线粒体外排突然增强。

如果还伴随LDH明显增加,这个问题就更加明显。

3、主动外排需要在活细胞背景中证明

最干净的条件通常是细胞总体存活仍然较高,膜完整性基本保留,但可以看到线粒体相关结构主动离开细胞。

再通过外排机制干预,让这一现象下降。

这种证据才和“主动质量控制”更加接近。

SECTION 10

10

证明线粒体外排,第一件事是排除细胞死亡和膜破裂

1、LDH很适合作为最基础的排除指标

如果细胞膜完整,LDH应该主要留在细胞内。

上清LDH明显升高说明细胞膜完整性受到破坏。

因此研究胞外线粒体或者mtDNA时,LDH几乎应该成为一个基础质量控制指标。

2、再结合PI、SYTOX等真实死亡检测

CCK-8下降并不等于膜已经破裂。

所以不能只用CCK-8证明“细胞活着”。

更适合结合PI、SYTOX或者其他膜完整性检测,确认释放发生时绝大多数细胞仍然处于存活状态。

3、显微镜直接观察往往比再多一个生化指标更直观

如果可以看到一个活细胞沿迁移纤维形成迁移体,并把线粒体结构送进去,证据会非常直接。

同样,如果看到细胞主动形成大型胞外结构,线粒体随后进入其中,也比单纯检测上清Marker更加有说服力。

线粒体外排是一个空间过程。

最好不要把它完全做成Western blot。

SECTION 11

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线粒体染料并不是证明外排来源的最佳证据

1、MitoTracker最大的优势是方便

染一次,马上就能看线粒体。

对于短时间成像非常实用。

因此很多线粒体转移和外排研究都会使用。

问题是部分染料信号可以在细胞之间转移,或者在线粒体破裂以后重新分布。

如果课题核心就是证明线粒体来自哪一个细胞,仅靠染料容易被质疑。

2、遗传编码的线粒体荧光标记更稳定

例如在供体细胞中稳定表达带有线粒体定位序列的GFP、mCherry或其他荧光蛋白。

这样荧光来源和供体细胞的遗传表达体系绑定。

再看到细胞外或者受体细胞中的线粒体信号,来源判断会更加可靠。

3、如果研究完整线粒体,还可以进一步加入mtDNA来源验证

不同来源细胞具有可以区分的mtDNA序列时,可以继续从遗传层面证明胞外线粒体或者受体内线粒体确实来自供体。

这类证据特别适合线粒体转移。

对于线粒体外排,同样能够加强来源确认。

SECTION 12

12

真正有说服力的实验需要看到“线粒体离开活细胞”的过程

1、固定终点图很容易丢失过程信息

一个培养皿里出现几个细胞外TOM20阳性颗粒。

你不知道它们什么时候出来的。

也不知道来自哪个细胞。

更不知道释放时供体细胞是不是已经濒死。

这些问题用一张终点免疫荧光很难回答。

2、活细胞成像很适合这个方向

稳定标记线粒体。

同时标记细胞膜或者迁移体结构。

在一定时间内连续追踪。

如果能够看到损伤线粒体向细胞后方移动、进入迁移体,再和细胞主体分离,机制就非常清楚。

对于exopher类外排,同样可以观察大型胞外结构形成和线粒体进入的过程。

3、时间顺序还能帮助判断这是主动质量控制还是濒死泄漏

如果细胞先发生严重膜损伤,随后线粒体结构出现在外面,更像被动释放。

如果细胞仍然保持完整和迁移能力,先发生选择性线粒体运输和外排,后续细胞自身线粒体状态反而改善,就更符合质量控制逻辑。

SECTION 13

13

线粒体外排以后被谁接走,决定它最终是保护还是损伤

1、外排并不是终点

一个细胞把损伤线粒体扔出去,只是完成了供体端的问题。

组织还需要有人把这些线粒体处理掉。

如果没有后续清除,胞外线粒体长期存在反而可能变成炎症来源。

2、专业吞噬细胞通常具有天然优势

巨噬细胞本身具有很强的吞噬和溶酶体能力。

它们能够识别细胞碎片、细胞器和大分子颗粒。

因此很多组织里,巨噬细胞很适合成为线粒体外排的最终清除者。

3、受体细胞也可能被外排线粒体重新编程

吞噬并不等于简单消化。

线粒体和mtDNA进入巨噬细胞以后,可能影响代谢、炎症和吞噬状态。

所以后续可以继续问:

巨噬细胞只是帮忙清垃圾,还是也接收到了供体细胞发出的危险信号?

这一步很容易把单细胞质量控制推进到跨细胞机制。

SECTION 14

14

巨噬细胞很可能是线粒体外排研究里最值得关注的第二类细胞

1、很多组织本来就依赖巨噬细胞清除大型细胞废物

心脏有驻留巨噬细胞。

肝脏有Kupffer细胞。

肺有肺泡和间质巨噬细胞。

中枢还有小胶质细胞和边界巨噬细胞。

不同组织里的“线粒体垃圾接收者”很可能并不一样。

2、疾病以后巨噬细胞清除能力本身也会变化

衰老、代谢异常和慢性炎症都可以改变巨噬细胞的吞噬和溶酶体功能。

这时即使供体细胞外排能力没有变,组织也可能因为下游清除失败而积累胞外线粒体。

这是一种很容易被忽略的机制。

问题不一定发生在线粒体外排端。

也可能发生在“没人收垃圾”。

3、这类跨细胞关系很适合纤维化和慢性炎症

例如受损上皮细胞持续排出线粒体。

正常情况下巨噬细胞能够快速处理。

疾病后巨噬细胞吞噬能力下降,胞外线粒体和mtDNA逐渐积累,慢性炎症进一步加重。

如果再证明恢复巨噬细胞清除能力以后炎症和纤维化同步下降,就能形成一个很完整的组织机制。

SECTION 15

15

没有被及时清除的胞外线粒体可能直接进入炎症机制

1、线粒体本身具有明显的“细菌祖先”特征

线粒体拥有自己的环状DNA。

mtDNA中存在大量免疫系统可以识别的序列特征。

线粒体膜脂中还有心磷脂等特殊成分。

所以线粒体一旦出现在不该出现的细胞外空间,免疫系统很容易把它识别成危险信号。

2、mtDNA可以连接多条先天免疫通路

进入细胞质或者特定细胞器环境的mtDNA可以影响cGAS-STING。

胞外或内吞后的mtDNA又可以进入TLR9相关识别。

线粒体ROS、心磷脂以及其他损伤信号还可能和NLRP3炎症小体发生联系。

因此“线粒体外排增加”到底是保护还是损伤,不能只看供体细胞自身状态。

3、外排形式决定炎症风险

被完整膜结构包裹的线粒体相关内容物,和大量游离mtDNA对免疫系统的刺激强度可能完全不同。

被巨噬细胞迅速吞噬处理,和长期漂在细胞外也完全不同。

所以胞外线粒体研究非常适合继续问两个问题:

它有没有完整包膜?

它在细胞外能存在多久?

这两个信息会明显影响后续炎症机制解释。

SECTION 16

16

衰老和慢性应激尤其适合研究线粒体外排

1、衰老细胞最明显的问题之一就是线粒体质量下降

随着细胞衰老,线粒体膜电位、呼吸效率、ROS和动力学都会发生变化。

与此同时,自噬—溶酶体功能也可能逐渐下降。

这就产生了一个很现实的矛盾:

坏线粒体越来越多。

细胞内部处理能力却越来越差。

2、这时候外排可能从辅助通路变成重要补偿

年轻细胞主要依靠内部质量控制已经足够。

衰老以后,如果外排增加,可能说明细胞正在试图把自身消化不了的线粒体往外送。

如果外排也跟着衰退,损伤线粒体就更容易在细胞内堆积。

两个方向都有可能。

现在真正值得研究的是不同衰老阶段到底发生哪一种。

3、还要同时看组织里的清除细胞有没有一起衰老

假设一个衰老上皮细胞努力增加线粒体外排,但附近巨噬细胞的吞噬和溶酶体功能已经下降。

结果可能不是质量控制改善。

而是大量线粒体垃圾堆在组织间隙。

所以衰老研究尤其适合把“供体外排能力”和“受体清除能力”放在一起。

SECTION 17

17

肿瘤研究可以从线粒体转移继续往“肿瘤细胞怎样处理坏线粒体”推进

1、肿瘤里的线粒体研究过去更关注“获得”

肿瘤细胞可以从基质细胞、免疫细胞或者其他邻近细胞获得线粒体,改善氧化磷酸化和代谢适应。

在药物压力下,这种线粒体转移甚至可能帮助耐药细胞重新恢复能量代谢。

这一方向已经比较热门。

2、另一个问题是肿瘤细胞如何“丢掉”损伤线粒体

肿瘤细胞长期处在缺氧、营养竞争、ROS和药物压力中。

它们必然不断产生损伤线粒体。

如果只研究从别人那里拿新的,而不研究自己怎么处理旧的,线粒体稳态其实只看了一半。

这时线粒体自噬、mitocytosis和其他外排方式就可以接进来。

3、治疗压力很适合制造这个研究窗口

药物处理以后先产生部分线粒体损伤。

如果肿瘤细胞能够通过外排迅速清除这些线粒体,可能帮助它们继续存活。

阻断外排以后,损伤线粒体在肿瘤细胞内积累,ROS和代谢压力进一步增强,药物敏感性可能随之增加。

这样就能形成一条新的耐药机制。

另一种情况也可能相反:大量外排线粒体激活周围巨噬细胞和炎症环境,进一步帮助肿瘤生长。

真正有意思的是先把哪一种情况做出来。

SECTION 18

18

线粒体外排研究最容易出现哪些实验设计误区

1、培养上清mtDNA增加就直接写线粒体外排

必须先排除细胞死亡和膜破裂。

2、TOM20阳性颗粒就定义成完整线粒体

需要更多结构和必要的功能证据。

3、线粒体外排和线粒体转移混成一个概念

一个强调供体清除损伤,一个更关注受体获得线粒体。

4、mitocytosis、exopher和细胞外囊泡全部写成同一条通路

它们形成机制和结构尺度不同。

5、只使用MitoTracker证明供体来源

染料本身存在转移和重新分布风险。

6、没有做活细胞成像

很难判断线粒体究竟主动出去,还是细胞损伤以后留下来的。

7、只看供体细胞外排增加,不看供体线粒体质量是否改善

如果外排和细胞自身线粒体稳态没有关系,很难证明这是质量控制。

8、只看受体吞噬,不研究最终有没有真正降解

吞进去并不等于处理完成。

9、巨噬细胞吞噬以后就默认一定具有保护作用

受体细胞自身也可能被mtDNA和线粒体DAMP激活。

10、细胞死亡比例很高仍然继续解释主动外排

这类条件下被动泄漏通常已经成为重要来源。

11、只测一个时间点

线粒体损伤、外排和炎症很可能有明显先后顺序。

12、线粒体自噬下降、胞外线粒体增加,就直接写成“自噬转向外排”

二者之间仍然需要功能干预证明。

13、抑制自噬以后外排增加,就认为外排一定是补偿机制

也可能只是损伤线粒体更多,导致非特异释放增加。

14、干预细胞迁移以后mitocytosis下降,就全部归因于线粒体外排机制

迁移改变本身会同时影响大量细胞功能,需要进一步定位到迁移体形成过程。

15、只做TSPAN4表达,不观察迁移体结构

迁移体是一个空间结构,不能完全被一个蛋白表达替代。

16、胞外线粒体增加以后只测炎症因子

还应该确认到底是完整线粒体、mtDNA还是其他线粒体成分在起作用。

17、用外源纯化线粒体直接处理细胞,就等同于证明体内自然外排机制

外源处理能够证明线粒体本身具有某种功能,却不能证明疾病中这些线粒体确实通过同样方式产生。

18、只在单细胞体系里研究外排,不看组织中的接收细胞

会丢掉线粒体外排最有价值的跨细胞特征。

19、看到疾病组胞外线粒体升高,就默认外排通路增强

也可能是下游巨噬细胞清除能力下降。

20、把“线粒体外排”本身当成最终机制终点

真正值得回答的是,外排以后改变了谁,最后为什么影响疾病。

SECTION 19

19

一套更完整的“线粒体损伤—外排—清除—细胞命运”研究路线怎么设计

1、先定义研究的是哪一种线粒体外排

如果怀疑迁移体介导的mitocytosis,就围绕细胞迁移和迁移体结构设计。

如果观察到大型膜性胞外结构,则需要考虑exopher样外排。

如果主要在培养上清检测到线粒体颗粒,则先确认它属于完整线粒体、细胞外囊泡还是碎片。

概念先分清,后面的机制才不会乱。

2、建立一个不会造成大量细胞死亡的线粒体损伤模型

可以根据细胞类型选择适度氧化应激、线粒体呼吸链压力、药物处理或者其他与疾病真正相关的刺激。

先把损伤控制在“线粒体明显变差,但细胞绝大多数还活着”的范围。

这是研究主动质量控制的基础。

3、建立早期线粒体状态

检测膜电位、ROS、呼吸、ATP以及必要的线粒体形态。

确认刺激确实产生了线粒体质量下降。

同时记录损伤最早出现的时间。

4、稳定标记供体细胞线粒体

优先考虑遗传编码的线粒体荧光蛋白。

必要时结合MitoTracker作为辅助。

这样后续胞外结构和受体细胞中的线粒体来源更加容易确认。

5、进行活细胞动态成像

连续观察损伤以后线粒体是否向细胞边缘重新分布,是否进入迁移体或大型胞外结构,以及这些结构什么时候真正和细胞分离。

这一层往往是整个课题最关键的形态学证据。

6、同步排除细胞死亡

在相同时间窗口检测LDH、PI/SYTOX和总体细胞状态。

确认观察到的胞外线粒体不是大量细胞膜破裂造成。

如果死亡开始明显增加,应该提前取样或者降低刺激强度。

7、分离和鉴定细胞外线粒体相关成分

根据研究对象选择差速离心、密度分离或其他合适方式。

结合TOM20、VDAC、COX IV、mtDNA以及必要的结构成像。

如果准备讨论完整功能线粒体,再进一步评价膜电位或者呼吸功能。

8、证明外排具有选择性

比较细胞内相对健康和损伤线粒体。

观察被排出的线粒体是不是更偏低膜电位、高ROS或者具有其他损伤特征。

只有看到“坏的更容易出去”,才更容易把外排定义成质量控制。

9、干预外排机制

mitocytosis可以进一步围绕迁移体形成、线粒体运输和相关结构蛋白进行干预。

exopher样过程则根据前期发现选择相关细胞骨架、膜重塑和应激通路。

目标是让线粒体损伤基本相似,但外排能力发生改变。

10、回到供体细胞看质量控制结果

外排被抑制以后,损伤线粒体是否在细胞内积累?

ROS是不是进一步升高?

呼吸和ATP是否继续下降?

细胞是否更容易进入衰老、炎症或者死亡?

这一组结果决定线粒体外排是不是供体细胞真正需要的保护过程。

11、和mitophagy进行平行比较

检测PINK1/Parkin、LC3和线粒体—溶酶体共定位等必要指标。

进一步观察外排受阻以后mitophagy有没有代偿,或者抑制mitophagy以后外排是否发生变化。

这里很容易形成比单一通路更有深度的质量控制分流机制。

12、寻找真正的受体细胞

根据组织背景选择巨噬细胞、邻近上皮细胞、内皮细胞、成纤维细胞或者其他可能接触胞外线粒体的细胞。

不要默认所有组织都由巨噬细胞负责。

先通过组织空间和共培养确定谁真正接收。

13、验证受体究竟在吞噬还是获得功能

如果受体是巨噬细胞,重点看吞噬、溶酶体降解和炎症。

如果受体是需要代谢补偿的受损细胞,则进一步看线粒体是否真正融入网络并改善ATP和呼吸。

这一步可以把“外排”和“转移”正式分开。

14、干预受体清除能力

降低巨噬细胞吞噬或者溶酶体能力以后,观察胞外线粒体是不是积累。

供体细胞有没有进一步受到影响。

组织炎症是否增加。

这样就能证明整个系统依赖供体和受体两端协作。

15、进入胞外线粒体炎症机制

如果线粒体不能被及时清除,进一步检测mtDNA相关TLR9、cGAS-STING、NLRP3或者与当前疾病最匹配的先天免疫通路。

不要所有通路都铺。

先找哪一种线粒体成分真正承担主要炎症作用。

16、建立条件培养和回补实验

可以收集外排线粒体相关组分处理受体细胞。

再使用去除mtDNA、破坏线粒体膜、阻断特定识别通路等方式观察炎症功能是否改变。

从“胞外线粒体增加”推进到“哪一部分线粒体成分真正发挥功能”。

17、进入动物疾病模型

选择真正具备线粒体损伤和目标细胞关系的疾病。

体内先确认供体细胞发生线粒体外排,并定位接收细胞。

随后再干预外排或者清除端。

18、做组织空间验证

如果研究心脏,可以观察心肌细胞来源线粒体和驻留巨噬细胞的空间关系。

做肺、肾、肝、脑等组织时,同样先把供体、胞外线粒体和受体三者位置做出来。

这一步能明显减少纯体外实验带来的解释空间。

19、最后回到真正疾病功能

根据课题观察炎症、纤维化、屏障、代谢、组织修复、神经功能或其他疾病相关终点。

最终建立的机制不应该停在“线粒体外排增加”。

更理想的链条是:

疾病刺激造成供体细胞线粒体损伤,细胞启动特定外排机制把受损线粒体送出;邻近吞噬细胞及时清除时,这一过程帮助供体维持线粒体稳态。疾病进一步发展以后,外排负荷过高或受体清除能力下降,胞外线粒体和mtDNA开始积累,并进一步激活炎症和组织损伤。

做到这一层以后,线粒体外排就从一个新的细胞器现象,真正进入了疾病机制。

SECTION 20

20

博恩生物可以为线粒体外排研究提供哪些实验支持

1、可以先判断现有课题里的胞外线粒体信号究竟更接近外排、转移还是细胞损伤泄漏

很多项目目前已经发现培养上清mtDNA、TOM20或者其他线粒体相关指标升高。

可以先结合细胞死亡、线粒体完整性和组织空间关系重新判断。

避免一开始就把所有胞外线粒体信号定义成主动外排。

2、可以建立适合线粒体外排研究的损伤窗口

根据细胞类型摸索线粒体应激强度和时间。

同步检测膜电位、ROS、ATP、呼吸以及细胞死亡。

找到线粒体已经明显受损,但大多数细胞仍然保持膜完整性的窗口。

这一步对后面的主动外排判断非常关键。

3、可以建立稳定的线粒体来源标记

通过线粒体定位荧光蛋白、必要的染料以及其他来源验证方式标记供体线粒体。

结合活细胞成像追踪线粒体从胞内向胞外移动的过程。

降低单纯依赖MitoTracker造成的来源争议。

4、可以进一步进行迁移体和其他胞外结构鉴定

针对怀疑mitocytosis的项目,可以同时观察迁移体、retraction fibers和线粒体进入过程。

如果发现大型胞外结构,则根据形态和分子特征进一步向exopher样外排验证。

先把外排形式做清楚,再进入通路。

5、可以分离并评价胞外线粒体相关组分

结合线粒体蛋白、mtDNA、结构成像以及必要的功能检测,判断胞外物质究竟是完整线粒体、线粒体碎片还是囊泡相关成分。

让“线粒体外排”从一个上清Marker变成可以描述的实体。

6、可以把线粒体自噬和外排放到同一套质量控制体系中比较

同步观察mitophagy和线粒体外排。

通过分别干预两条路径,判断二者是互补、代偿还是在不同损伤阶段承担不同任务。

对于已经有PINK1/Parkin基础数据但创新空间不足的项目,这种升级尤其自然。

7、可以进一步设计供体—巨噬细胞跨细胞机制

根据疾病组织选择相应吞噬细胞。

观察其对供体来源线粒体的摄取和降解。

再进一步干预巨噬细胞吞噬或溶酶体能力,判断胞外线粒体积累是不是因此加重。

8、可以向mtDNA和先天免疫机制继续延伸

如果疾病模型中出现胞外线粒体积累和炎症,可以进一步判断真正起作用的是mtDNA、线粒体膜成分还是其他DAMP。

再围绕TLR9、cGAS-STING、NLRP3等与当前数据最匹配的通路进行功能验证。

9、最终可以回到动物组织完成空间和疾病功能闭环

在动物中定位供体细胞、胞外线粒体和接收细胞。

进一步观察干预线粒体外排或清除以后,组织线粒体稳态、炎症和疾病功能是否同步改变。

让体外观察到的线粒体外排真正进入组织水平。

线粒体自噬之所以好做,是因为它主要发生在一个细胞内部。

损伤线粒体在哪里,自噬体在哪里,溶酶体在哪里,几个指标基本都可以在同一个细胞里完成。

线粒体外排麻烦得多。

一个细胞把线粒体送出去以后,问题马上从细胞内质量控制变成了组织协作。

为什么这条线粒体没有被自噬?

为什么它被选择送出去?

出去的时候是完整线粒体还是碎片?

谁负责把它接走?

接收以后是直接降解,还是反过来改变了受体细胞?

如果没有人及时清理,这些线粒体为什么又会从“垃圾”变成炎症信号?

正是因为问题变多了,这个方向也更容易从一个线粒体现象继续进入跨细胞机制。

很多慢性疾病可能真正出问题的地方,也未必是线粒体外排本身突然增多或者减少。

更可能是原来配合得很好的两类细胞逐渐脱节。

供体还在不断产生损伤线粒体,却排不出去;或者已经排出去了,但负责处理的巨噬细胞老了、病了,处理速度开始跟不上。

这时候一条原本用来保护细胞的质量控制通路,就可能慢慢转成组织炎症来源。

从这个角度看,线粒体外排真正值得关注的地方,并不是它比线粒体自噬更新。

而是它把线粒体质量控制从一个细胞自己的事情,变成了两个甚至更多细胞共同完成的组织任务。

这个变化本身,就留下了很多可以继续往下做的新机制。

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