表达筛选 + 回环验证 + 定位分析 + 功能验证 + 机制解析一体化服务，帮助客户系统建立 circRNA 研究证据链

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供覆盖 circRNA 表达筛选、回环结构验证、亚细胞定位、功能表型验证、circRNA-miRNA-mRNA 轴分析、RNA-蛋白互作、翻译潜能研究以及转录与加工调控解析的系统化研究服务。

我们希望帮助客户解决的，并不只是“找到一个差异表达的 circRNA”，而是围绕具体科学问题，建立从结构真实性、空间定位、功能表型到分子机制的完整证据链。针对肿瘤、炎症、纤维化、代谢疾病、神经系统疾病、免疫相关疾病以及标志物和转化研究等方向，南京博恩可围绕客户项目阶段与研究目标，提供更清晰、更可靠、更适合发表和课题推进的一体化研究支持。

导读

一、项目定位与整体方案
二、我们能帮助客户解决哪些关键问题
三、服务范围
四、适合从哪些项目起点切入
五、服务优势
六、推荐服务组合
七、交付内容
八、标准流程
九、博恩优势
附录A circRNA 研究概述
附录B 研究思路
附录C circRNA 机制分类与研究要点
附录D circRNA 常用实验与机制对应关系
附录E circRNA 研究应用场景
附录F 平台配套
附录G circRNA 相关工具网站推荐

一、项目定位与整体方案

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业和生物技术企业，提供覆盖 circRNA 表达筛选、回环结构验证、亚细胞定位、功能验证、circRNA-miRNA-mRNA 轴分析、RNA-蛋白互作、翻译潜能研究以及转录与加工调控解析的一体化研究服务。

我们的服务目标，是围绕客户的具体科学问题，协助建立从结构真实性、空间定位、功能表型到分子机制的完整研究证据链。针对肿瘤、炎症、纤维化、代谢疾病、神经系统疾病、免疫相关疾病，以及标志物研究和转化研究等方向，南京博恩可结合项目阶段与研究目标，提供更清晰、更可靠、更加适合论文发表与课题推进的整体支持方案。

二、我们能帮助客户解决哪些关键问题

2.1 研究推进中的常见断点

在 circRNA 研究中，许多项目的难点并不集中在是否存在差异表达，而更多出现在后续证据链不够完整的阶段。常见问题主要包括：

（1） 已经筛选到候选 circRNA，但尚未完成回环结构真实性验证。
（2） 已观察到表达变化，但尚无法区分环状分子效应与宿主线性转录本效应。
（3） 已开展部分功能实验，但缺少定位依据与机制方向判断。
（4） 计划推进 ceRNA、RBP 或翻译方向研究，但实验路径尚不明确。
（5） 希望从基础研究延伸至标志物或转化研究，但缺少系统性研究框架。

2.2 我们的解决思路

针对以上关键问题，南京博恩提供的是围绕 circRNA 研究逻辑建立的整合式服务方案。我们强调：

（1） 先明确研究问题，再设计验证路径。
（2） 先完成结构真实性确认，再推进功能与机制研究。
（3） 先判断作用空间，再配置合适的实验组合。

通过上述思路，可帮助客户提高研究效率，降低无效投入，并逐步形成完整、连贯、可支撑发表与转化的研究闭环。

三、服务范围

3.1 circRNA 表达筛选与候选发现服务

（1）服务内容
包括差异表达筛选、数据库辅助分析、RNA-seq 结果解读、候选 circRNA 优选、样本间表达比较以及 qPCR 验证。

（2）适用场景
适用于已有测序数据、已有疾病模型、已有处理组与对照组样本，或希望结合公开数据库与前期数据筛选潜在研究对象的项目。

（3）服务目标
帮助客户在研究早期更高效地锁定具有研究潜力的 circRNA 分子，为后续结构验证和机制研究打下基础。

3.2 circRNA 回环结构验证服务

（1）服务内容
包括发散引物 qRT-PCR、RNase R 处理验证、Sanger 测序验证 back-splice junction，以及线性与环状对照验证。

（2）研究价值
该部分工作是 circRNA 研究中最基础、也最关键的步骤之一，用于确认目标分子真实存在，并具有环状结构特征。

（3）应用建议
对于已有候选 circRNA、但尚未建立结构证据的项目，通常建议优先开展此部分工作，再决定后续机制研究路线。

3.3 circRNA 定位与基础属性研究服务

（1）服务内容
包括核质分离、RNA FISH、原位杂交、亚细胞定位成像以及核输出相关分析。

（2）研究价值
定位信息是判断 circRNA 机制方向的重要前提。胞质富集的 circRNA 往往更适合从 miRNA 海绵、RBP 互作与翻译调控角度展开；核内 circRNA 则通常更值得结合转录、剪接和宿主基因调控方向分析。

（3）应用建议
对于机制方向尚不清晰的项目，定位分析通常是非常关键的分流步骤。

3.4 circRNA 功能验证服务

（1）服务内容
包括过表达、敲低或敲除、表型实验、药效配套验证，以及细胞行为和疾病模型验证。

（2）研究价值
该阶段主要用于判断目标 circRNA 是否真正影响增殖、迁移、侵袭、凋亡、炎症、纤维化、代谢或免疫行为等关键生物学过程。

（3）设计要点
由于 circRNA 常与宿主线性转录本存在共线关系，在功能实验设计中需重点关注两者效应区分，减少结果解释偏差。

3.5 circRNA 机制解析服务

（1）服务内容
包括 circRNA-miRNA 结合验证、双荧光素酶实验、Ago2-RIP、RNA pull-down、RIP、蛋白互作验证、翻译潜能分析以及宿主基因转录与剪接联动分析。

（2）研究价值
对于已完成基础验证和初步功能研究的项目，该部分服务有助于推动研究从现象描述进一步进入机制解释阶段。

3.6 circRNA 疾病应用研究服务

（1）服务内容
涵盖肿瘤、炎症、呼吸系统疾病、代谢疾病、神经系统疾病，以及标志物研究与治疗转化研究。

（2）研究价值
近年来，circRNA 已广泛进入癌症、心代谢疾病、神经退行性疾病等方向研究，并因其稳定性高、组织特异性较强、可在体液和胞外囊泡中检测等特点，展现出较高的标志物与潜在治疗载体研究价值。

四、适合从哪些项目起点切入

4.1 已有测序数据的项目

对于已有 RNA-seq 数据或数据库分析结果的项目，可优先从候选筛选与表达验证切入，快速形成候选名单，并结合疾病背景和文献证据判断优先级。

4.2 已有候选分子的项目

对于已有候选 circRNA 名单、但尚未完成真实性确认的项目，建议优先进行回环结构验证，先评估该分子是否值得继续推进。

4.3 已有表达差异但机制不清的项目

对于已有表达差异、但机制方向尚不明确的项目，可先开展定位分析和基础功能验证，再决定是否进入 ceRNA、RBP 或翻译相关研究路径。

4.4 已有表型结果的项目

对于已经完成部分表型实验、准备推进论文级机制研究的项目，更适合进一步开展互作验证、调控轴分析与回复实验设计。

4.5 面向转化应用的项目

对于希望开展标志物评估或转化研究的项目，可从大样本表达验证、体液或外泌体检测以及临床分层分析等方向切入。

五、服务优势

5.1 强调完整证据链构建

南京博恩关注的不只是表达差异本身，更重视围绕结构真实性、作用空间、功能结果和机制层次建立完整证据链，帮助项目形成更强的研究说服力。

5.2 先进行机制分类，再匹配实验路线

不同类型的 circRNA 机制，对应的实验路径并不相同。若研究重点偏向 ceRNA 或 miRNA 海绵机制，则更应重视双荧光素酶、Ago2-RIP 和回复实验设计；若更偏向 RBP 互作机制，则更应重视 RNA pull-down、RIP 和蛋白鉴定；若考虑翻译型 circRNA，则应重点评估 ORF、IRES 及翻译相关证据；若属于核内调控型 circRNA，则更适合结合定位分析、宿主基因表达以及转录和剪接联动分析。

5.3 可覆盖从基础验证到深度机制研究的完整路线

从发散引物、RNase R 和 back-splice junction 测序，到 FISH、RIP、RNA pull-down、双荧光素酶以及翻译潜能分析，可形成连续、完整的研究链条。我们更重视证据链的连贯衔接，而非单项实验的简单叠加。

5.4 重视 circRNA 与宿主线性转录本的区分

circRNA 的实验设计需要尽量避免将宿主基因线性转录本的变化误判为 circRNA 本身的功能效应。无论是表达定量还是功能研究，都应根据项目需求同步设计线性转录本追踪方案，以减少研究偏差和误判风险。

5.5 支持从基础机制到转化研究的连续推进

该服务体系既适合基础科研课题中的机制挖掘，也适合疾病项目中的标志物、药效及转化研究，并可进一步延伸至 circRNA 药物和 circRNA 疫苗等更具应用前景的方向。

六、推荐服务组合

6.1 基础验证型组合

适合已有候选 circRNA、但尚未建立结构证据的项目。通常包括表达验证与回环结构验证，重点解决目标分子是否真实存在、是否值得继续推进的问题。

6.2 机制起步型组合

适合已有表达差异、但机制方向尚不清晰的项目。通常包括回环验证、定位分析和功能实验，重点帮助客户判断项目更适合进入哪一类机制研究路径。

6.3 深度机制型组合

适合已完成基础验证、希望形成论文级机制研究的项目。通常包括功能验证、miRNA 或蛋白互作研究、调控轴分析以及回复实验设计，重点解决目标分子通过何种机制发挥作用的问题。

6.4 转化评估型组合

适合面向临床应用、标志物研究或药效研究的项目。通常包括大样本表达验证、体液或外泌体检测、稳定性评估及分层分析，重点支持项目向应用方向延伸。

七、交付内容

项目完成后，可根据研究内容交付 PDF 版结果报告、完整终版报告、原始实验数据、统计图表、图注说明以及整理后的发表级素材。

八、标准流程

8.1 项目推进流程

项目通常按照以下流程推进：客户提供研究背景与需求，南京博恩进行方案评估，形成正式报价并签订合同，支付预付款后开展实验，项目完成后提交 PDF 版结果报告，支付尾款后提交完整终版资料。

8.2 项目前期评估重点

客户提交研究背景、研究目的、候选 circRNA、细胞或组织类型、预期机制方向及参考文献后，南京博恩将根据项目目标进行系统评估，重点包括：

（1） 当前问题更适合进入哪一类 circRNA 机制框架。
（2） 是否应优先开展回环验证，再决定后续路线。
（3） 是否需要先完成定位分析，再区分核内或胞质实验路径。
（4） 应采用哪些核心实验及排他性验证。
（5） 是否需要将功能实验与互作实验联动设计。
（6） 是否需要与动物实验、组织病理或药效研究结果形成衔接。

九、博恩优势

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业和生物技术企业，提供覆盖 circRNA 表达筛选、回环结构验证、亚细胞定位、功能验证、circRNA-miRNA-mRNA 轴分析、RNA-蛋白互作、翻译潜能研究以及转录与加工调控解析的整体研究服务解决方案。

公司围绕客户的具体研究问题，从机制分类、结构验证、模型设计、指标组合、平台匹配到结果交付进行系统设计，帮助客户将单个差异表达的 circRNA 研究，逐步推进为更清晰、更可靠、更加适合发表与转化的机制研究项目。

如果客户已经具备候选 circRNA、表达谱数据、初步功能结果或明确疾病模型，南京博恩可根据项目阶段协助判断应优先进行回环验证、定位分析还是机制分流设计，并形成更适合发表、课题推进与成果转化的研究路线。

附录A circRNA 研究概述

A1 circRNA 的基本特征

circRNA 是由前体 mRNA 通过反向剪接形成的共价闭环 RNA 分子，通常不具有 5' cap 和 3' poly(A) tail，因此较线性 RNA 更耐受外切核酸酶降解，通常表现出更高稳定性。大量研究表明，circRNA 具有组织特异性、细胞类型特异性和发育阶段特异性，其生成、定位、周转和功能均受到顺式元件与反式因子的共同调控。

A2 circRNA 研究的核心问题

当前 circRNA 研究通常围绕三个层面展开：一是如何形成，二是如何发挥功能，三是如何被可靠验证。与 lncRNA 相比，circRNA 研究有两个更突出的特点：其一，需要优先证明目标分子确实是环状 RNA，而非线性转录本或转录伪影；其二，circRNA 的机制往往高度依赖回环位点、亚细胞定位和稳定性优势。

A3 circRNA 研究的证据链要求

因此，circRNA 研究通常不宜停留在 qPCR 验证层面，而应结合反向引物、RNase R 处理、回环位点测序、定位分析、功能实验和回复实验设计，共同建立更具说服力的证据链。对于希望形成论文级机制研究的项目，结构真实性、空间定位、作用对象和因果验证通常都需要充分覆盖。

附录B 研究思路

B1 明确研究目标

首先应判断研究目标是聚焦表达变化，还是聚焦回环分子本身的作用机制。若研究目标主要是筛选差异表达分子，则表达筛选与基础验证通常即可满足需求；若希望形成论文级机制研究，则需要进一步证明该分子真实存在、定位明确、具备功能，并可建立清晰的机制解释。

B2 判断作用空间

其次应判断该 circRNA 更可能在细胞核内还是胞质中发挥作用。胞质 circRNA 更常与 miRNA 海绵、RBP 互作和翻译调控相关；核内 circRNA 则更常参与转录、剪接以及宿主基因调控。circRNA 的亚细胞分布本身，往往就是机制判断的重要线索。

B3 判断机制方向

再次应判断当前机制问题更接近 miRNA 层面、蛋白层面，还是翻译层面。若目标 circRNA 影响 miRNA/mRNA 轴，则更接近 ceRNA 机制；若其与 RBP 或蛋白复合体结合，则更接近 RNA-蛋白互作机制；若存在 ORF、IRES 或 m6A 相关证据，则可能具备编码潜能。

B4 先完成环状与线性的分流

最后需确认当前结果指标来源于环状分子本身，而非宿主基因线性转录本。发散引物、RNase R 处理和回环测序是最基础也最必要的分流步骤。完成这一步后，后续功能和机制解释会更加稳固。

附录C circRNA 机制分类与研究要点

C1 miRNA 海绵与 ceRNA 调控机制

这是目前研究最广、也是客户最容易理解的一类机制。部分胞质 circRNA 含有多个 miRNA 结合位点，可竞争性结合 miRNA，减弱其对靶 mRNA 的抑制，从而影响下游基因表达和细胞表型。此类机制研究通常需要同时证明 circRNA 与 miRNA 的结合关系、miRNA 与靶基因的调控关系，以及 circRNA 干预后对靶基因表达和表型的影响。

需要注意的是，并非所有 circRNA 都具备较强的 miRNA 海绵能力，这一机制更适用于高丰度、定位于胞质、并含有功能性结合位点的 circRNA。

C2 RNA 结合蛋白互作机制

circRNA 可与多种 RNA 结合蛋白发生互作，并通过不同方式改变蛋白的稳定性、定位、活性或下游调控输出。该类机制的研究重点不仅在于识别结合对象，更在于判断这种结合是否产生明确的功能后果。围绕这一方向，常可进一步分为蛋白诱饵型、蛋白支架型和蛋白募集型机制。

C3 蛋白诱饵型机制

部分 circRNA 可作为分子诱饵吸附特定蛋白，减少其与原有靶标或复合体成员的结合机会，从而改变信号传导、转录调控或细胞周期过程。此类研究通常重点关注 circRNA 是否通过占位方式削弱蛋白原有功能。

C4 蛋白支架型机制

部分 circRNA 可作为支架促进多个蛋白形成复合体，提高复合体形成和稳定性的效率，从而增强某一通路或调控事件的输出。这类机制更强调 circRNA 在分子组装中的组织作用。

C5 蛋白募集型机制

还有一类 circRNA 主要发挥募集作用，即将特定蛋白带到局部位点、染色质区域、RNA 底物附近或某一细胞结构中，使其在特定空间中发挥作用。这类机制在核内转录调控、局部蛋白修饰和信号复合体形成中都具有研究价值。

C6 转录调控机制

核内 circRNA，尤其是 ciRNA 和 EIciRNA，可参与宿主基因或其他基因的转录调节。已有研究显示，部分核内 circRNA 可与转录复合体、RNA Pol II 或相关调控因子协同，影响宿主基因转录活性。因此，当目标 circRNA 主要定位于细胞核时，应重点考虑其是否参与转录调控，不宜仅局限于 ceRNA 路线。

C7 剪接与加工联动机制

circRNA 的形成本身就与前体 mRNA 的剪接过程密切相关。反向剪接与线性剪接之间存在竞争与耦联关系。部分 circRNA 的生成或存在可进一步影响宿主转录本的剪接谱、加工效率或线性转录本比例。因此，在研究某些核内 circRNA 或高表达 circRNA 时，应评估其是否影响线性剪接与转录后加工，同时结合宿主转录本变化进行分析。

C8 circR-loop 与基因组稳定性相关机制

近年来研究提示，部分 circRNA，尤其是特定类型的核内 circRNA，可形成 circRNA:DNA 杂交结构或参与 R-loop 相关过程，进而影响 DNA 损伤应答、基因组稳定性和局部转录状态。这一方向虽不如 ceRNA 路线常规，但对于核结构、DNA 修复或基因组稳态相关项目具有较强启发意义。

C9 RNA 编辑引导相关机制

部分 circRNA 可作为稳定 RNA 分子参与 RNA 编辑过程，例如作为引导骨架招募内源性 ADAR 蛋白，促进 A-to-I 编辑。这类机制目前更多见于新兴研究和工程化应用，但从方法学层面提示 circRNA 不仅可作为被动结合分子，也可能在 RNA 加工和编辑层面发挥更主动的调控作用。

C10 翻译模板机制

circRNA 虽缺乏典型 5' cap 和 3' poly(A) tail，但部分 circRNA 仍可通过 IRES、短 IRES-like 元件或 m6A 依赖方式启动帽非依赖性翻译，并生成功能性肽段或蛋白。近年来，这一方向已从“是否能够翻译”逐步扩展到“翻译产物是否具有真实生物学功能”。对于怀疑具有编码潜能的 circRNA，应重点评估 ORF、IRES、m6A 位点、核糖体结合及蛋白检测证据。

C11 免疫调控相关机制

circRNA 还与先天免疫调控密切相关。已有研究表明，内源性 circRNA 可通过特定双链结构与 PKR 等分子发生关联，在病毒感染、炎症激活和先天免疫应答中发挥调节作用；某些条件下 circRNA 还会发生 RNase L 依赖性降解。因此，在炎症、病毒感染、免疫逃逸或免疫治疗相关项目中，circRNA 既可以作为下游结果指标，也可能直接参与免疫调控过程。

C12 核输出与亚细胞转运机制

circRNA 的亚细胞分布并非完全被动，而是受到长度、序列特征、结合蛋白和修饰状态等因素影响。近年来关于 circRNA 核输出的研究进一步表明，circRNA 的核内滞留与胞质富集和其功能方向密切相关。因此，定位研究不只是描述性实验，也可能直接进入机制解释层面。

C13 胞外转运、外泌体与细胞间通讯机制

部分 circRNA 可被选择性装载入胞外囊泡或外泌体，并进入血液、培养上清或其他体液中，参与细胞间通讯。该特性一方面支持 circRNA 作为液体活检和稳定标志物的研究价值，另一方面也提示某些 circRNA 可能参与肿瘤微环境塑造、免疫抑制、耐药传播或远端信号调控。因此，在转化研究和肿瘤微环境研究中，这一机制值得重点关注。

C14 标志物与治疗应用相关机制

circRNA 的高稳定性、相对保守性、组织特异性以及可在体液中检测的特点，使其在诊断、预后、分层和疗效监测方面具有较高潜力。与此同时，人工 circRNA 及 circRNA 疫苗研究也正在快速发展，尤其在提高 RNA 稳定性、延长蛋白表达时间和优化递送方面展现出应用前景。因此，circRNA 的研究价值已逐步从基础机制延伸至临床与工程应用。

附录D circRNA 常用实验与机制对应关系

D1 差异表达确认阶段

确认候选 circRNA 是否存在差异表达时，通常优先采用 qPCR、数据库分析和表达谱验证，主要回答其是否在疾病组或处理组中发生变化，必要时可补充组织表达分析或体液样本检测。

D2 结构真实性验证阶段

验证目标分子是否真实为 circRNA 时，通常采用发散引物 qRT-PCR、RNase R 处理及 Sanger 测序等方法，重点回答其是否具备 back-splice junction 和 RNase R 抗性，必要时还可增加 Northern blot 类验证及线性对照实验。

D3 作用空间判断阶段

判断核内或胞质定位时，可采用核质分离、RNA FISH 和原位杂交等方法，明确其主要作用空间，并结合共定位成像或核输出研究，为后续机制分流提供依据。

D4 功能表型验证阶段

验证其是否影响细胞表型时，通常需开展过表达、敲低或敲除以及细胞表型实验，以判断其是否真正影响增殖、迁移、凋亡等生物学行为，并可进一步结合药效实验或回复实验设计增强因果性。

D5 ceRNA 机制验证阶段

判断其是否属于 ceRNA 或 miRNA 海绵机制时，常采用双荧光素酶、Ago2-RIP、miRNA mimic 或 inhibitor 干预及 qPCR 验证，重点考察其是否与 miRNA 结合并影响靶基因表达。

D6 蛋白互作机制验证阶段

判断其是否与蛋白互作时，常采用 RNA pull-down、RIP 及质谱分析，先识别潜在结合蛋白，再结合共定位和功能回复实验验证其功能后果。

D7 翻译潜能验证阶段

判断其是否具有翻译潜能时，常结合 ORF/IRES 预测、翻译相关验证和蛋白检测，必要时补充 m6A 验证及核糖体关联分析。

D8 核内调控验证阶段

判断其是否影响宿主基因转录、剪接或加工时，需结合宿主基因表达分析、核内定位、转录相关检测、线性转录本分析和剪接体分析等手段展开验证。

D9 标志物与外泌体研究阶段

判断其是否具备标志物价值时，可开展组织、血液或外泌体样本的大样本表达验证，重点分析其是否具备稳定、可检测、可区分的特征，并进一步进行 ROC、分层及生存分析。

附录E circRNA 研究应用场景

E1 肿瘤进展与转移研究

在肿瘤进展与转移研究中，circRNA 常被关注于 miRNA 海绵、RBP 互作和翻译潜能等机制方向，研究目标多集中于增殖、迁移、侵袭、EMT 和耐药等表型，因此通常适合采用表达筛选、回环验证、功能实验以及 miRNA 或蛋白互作验证相结合的研究路线。

E2 肿瘤标志物与液体活检研究

在肿瘤标志物与液体活检研究中，更常关注稳定表达型 circRNA 和外泌体 circRNA，研究目标以诊断、预后和人群分层为主，更适合采用大样本表达验证以及体液或外泌体检测策略。

E3 炎症与免疫调控研究

在炎症与免疫调控研究中，circRNA 更常参与 miRNA 海绵、蛋白互作、信号调控以及先天免疫相关过程，研究目标集中于炎症因子表达、免疫细胞状态以及信号通路增强或抑制。

E4 纤维化与代谢疾病研究

在纤维化研究中，circRNA 研究往往聚焦于 miRNA 海绵、转录调控和 RBP 互作；在代谢疾病研究中，则更常涉及稳定性调控、翻译调控和代谢相关信号。

E5 神经系统疾病研究

在神经系统疾病研究中，circRNA 更常与 RBP 互作、翻译潜能、核输出与定位有关，研究重点多包括神经炎症、突触稳态和神经保护。

E6 标志物与转化研究

在标志物与转化研究中，circRNA 的高稳定性和体液可检测性尤为突出，研究目标以诊断、预后和治疗监测为主，更适合采用大样本表达验证，并结合稳定性和检测方法学评估。

附录F 平台配套

F1 qPCR 或表达分析平台

主要用于表达量检测和回环定量，更适合候选筛选、差异验证和基础回环验证。其优势在于快速、经典、适合大样本检测，但局限在于通常主要说明表达变化和部分结构信息。

F2 荧光显微镜或共聚焦平台

主要用于 RNA FISH、原位定位及多色共定位分析，更适合核内或胞质定位及与蛋白或细胞结构的空间关系研究。其优势在于能够直接提供空间层面的证据，但整体通量较低。

F3 流式或高内涵平台

主要适用于单细胞功能和表型结果指标分析，在功能验证后可提供多参数表型输出，适合开展系统化功能评估，但不能单独定义具体机制。

F4 RNA pull-down 或 RIP 平台

主要用于 RNA-蛋白互作研究，是机制解析中的核心工具，可回答目标 circRNA 与哪些蛋白结合，但在发现互作后，通常仍需进一步进行功能证明。

F5 双荧光素酶平台

主要用于 miRNA 或调控元件活性验证，尤其适用于 ceRNA 与 miRNA 靶向研究。其优势在于结果直观、方法成熟，但不能单独完成完整机制证明。

F6 质谱或蛋白鉴定平台

主要用于互作蛋白筛选，适合寻找 circRNA 可能招募或调控的蛋白复合体，是发现新机制对象的重要手段，但同样需要后续针对性验证。

F7 RNA-seq 或 circRNA 检测分析平台

主要用于 circRNA 候选发现与定量，适用于早期候选发现、差异筛选以及剪接和宿主基因联动分析。其优势在于发现能力较强，但对算法选择和假阳性控制要求较高。

附录G circRNA 相关工具网站推荐

G1 按研究用途分层推荐

circRNA 研究通常涉及候选发现、回环结构验证、功能预测、互作分析、翻译潜能评估、临床应用分析等多个阶段。为提高研究效率，建议按照用途分层选择工具，而不建议仅依赖单一数据库或单一算法。

G2 候选 circRNA 检索与基础注释类工具

G2.1 circBase
适用场景：已报道 circRNA 的基础检索、命名对照、文献信息初步整理。
推荐理由：circRNA 领域较早期、较常用的基础数据库之一，适合在项目启动阶段快速确认目标分子是否已有公开记录。
使用建议：适合用于初筛和术语统一，不建议单独作为功能结论依据。

G2.2 circAtlas
适用场景：组织表达、样本分布、跨物种 circRNA 注释查询。
推荐理由：适合从组织、细胞类型和样本维度查看 circRNA 的表达背景，有助于判断项目对象的研究价值。
使用建议：适合与 RNA-seq 数据和文献检索结合使用。

G2.3 exoRBase
适用场景：外泌体 circRNA、液体活检、体液样本研究。
推荐理由：对于标志物研究和转化研究价值较高，尤其适合血浆、血清、外泌体相关项目。
使用建议：适合用于候选标志物预筛选和临床样本研究方案设计。

G3 circRNA 检测与回环识别类工具

G3.1 CIRCexplorer2
适用场景：RNA-seq 数据中的 circRNA 识别与注释。
推荐理由：应用广泛，适合进行 back-splice junction 识别与标准化分析流程构建。
使用建议：适合生信分析基础较好的项目，建议结合参考注释文件和严格过滤条件使用。

G3.2 find_circ
适用场景：早期 circRNA 识别分析。
推荐理由：流程相对经典，适合方法学比较和初步探索。
使用建议：建议与其他算法交叉验证，避免单一算法带来的假阳性。

G3.3 CIRI2 / CIRIquant
适用场景：circRNA 识别、定量和差异分析。
推荐理由：兼顾识别与定量，适合需要表达比较和样本间统计分析的研究。
使用建议：更适合中后期需要进行表达谱比较和批量分析的项目。

G4 引物设计与结构验证辅助类工具

G4.1 CircPrimer
适用场景：circRNA 发散引物设计。
推荐理由：能够围绕回环位点进行引物设计，适合 qRT-PCR 验证前的实验准备。
使用建议：设计后仍需结合序列特异性、扩增产物长度和宿主线性转录本干扰进行人工复核。

G4.2 UCSC Genome Browser / Ensembl Genome Browser
适用场景：基因组区段查看、回环位点定位、外显子结构核对。
推荐理由：适合验证候选 circRNA 来源区域、上下游外显子结构以及宿主基因背景。
使用建议：在设计验证实验时，建议与 Sanger 测序结果联合比对分析。

G5 miRNA 结合与 ceRNA 分析类工具

G5.1 CircInteractome
适用场景：miRNA 结合位点预测、RBP 结合位点预测、引物辅助设计。
推荐理由：适合做 circRNA-miRNA-RBP 的初步关联分析，是机制起步阶段较常用的在线工具。
使用建议：预测结果适合用于提出假设，后续仍需双荧光素酶、Ago2-RIP、pull-down 等实验验证。

G5.2 starBase
适用场景：miRNA、lncRNA、mRNA、circRNA 多组学互作网络分析。
推荐理由：整合 CLIP-seq 等数据来源，适合建立 ceRNA 调控网络和筛选潜在下游分子。
使用建议：适合机制研究中期使用，可结合 TCGA、表达相关性和生存分析进一步筛选。

G5.3 miRanda / TargetScan / miRDB
适用场景：miRNA 靶向预测。
推荐理由：适合在 ceRNA 研究中对 miRNA 和下游 mRNA 关系进行辅助判断。
使用建议：建议至少联合两种以上预测工具使用，再进入实验验证阶段。

G6 RNA 结合蛋白互作分析类工具

G6.1 CircInteractome
适用场景：RBP 结合位点初步预测。
推荐理由：适合在机制分流阶段快速判断是否存在 RNA-蛋白互作研究价值。
使用建议：适合配合 RIP、RNA pull-down 设计验证路径。

G6.2 ENCORI / starBase
适用场景：RBP 结合证据整合、CLIP 数据支持分析。
推荐理由：对研究 RBP 互作、筛选重点结合蛋白具有较高参考价值。
使用建议：适合在提出蛋白互作候选后进一步缩小验证范围。

G6.3 POSTAR
适用场景：RNA 与 RNA 结合蛋白互作数据查询。
推荐理由：适合从公开实验数据中查看 RBP 与 RNA 的已知结合信息。
使用建议：适合与文献综述同步开展，帮助建立机制假说。

G7 翻译潜能与编码能力分析类工具

G7.1 circRNADb
适用场景：circRNA 编码潜能、ORF 信息查询。
推荐理由：适合初步判断目标 circRNA 是否具有潜在翻译能力。
使用建议：适合作为翻译方向研究的起点，不宜直接作为功能结论。

G7.2 ORFfinder
适用场景：开放阅读框分析。
推荐理由：便于快速评估候选 circRNA 是否存在可疑 ORF。
使用建议：建议与 IRES、m6A、核糖体结合证据联合分析。

G7.3 IRESfinder / IRESite
适用场景：IRES 元件预测与查询。
推荐理由：适合翻译型 circRNA 的前期筛查。
使用建议：更适合用于提出实验假设，后续仍需双荧光素酶、蛋白检测等证据支持。

G7.4 SRAMP
适用场景：m6A 位点预测。
推荐理由：适合评估 m6A 依赖型翻译启动可能性。
使用建议：在怀疑存在 m6A 介导翻译时可作为辅助分析工具。

G8 功能富集与下游通路分析类工具

G8.1 DAVID
适用场景：GO、KEGG 富集分析。
推荐理由：适合对 ceRNA 网络下游基因或差异基因集进行功能注释。
使用建议：适合与候选靶基因列表联合使用，帮助明确后续机制方向。

G8.2 Metascape
适用场景：多数据库整合富集分析、网络展示。
推荐理由：界面友好，适合生成较清晰的通路和功能聚类结果。
使用建议：适合用于项目汇报、方案论证和论文图片初步准备。

G8.3 KOBAS
适用场景：功能注释和通路富集分析。
推荐理由：适合对候选靶基因集进行较系统的通路层面整理。
使用建议：建议与 DAVID 或 Metascape 交叉使用，提高结果稳健性。

G9 临床相关与表达验证辅助类工具

G9.1 GEPIA
适用场景：基因表达比较、生存分析、肿瘤表达趋势判断。
推荐理由：虽然主要面向基因表达，但在分析 circRNA 下游靶基因或宿主基因时很有参考价值。
使用建议：适合与 circRNA 机制研究并行使用，支持肿瘤方向项目拓展。

G9.2 UALCAN
适用场景：肿瘤分层表达分析、临床分组分析。
推荐理由：适合辅助判断相关基因在不同临床分层中的表达特征。
使用建议：适合用于项目从基础机制向临床相关性延伸时进行辅助分析。

G9.3 TCGA / GEO 公共数据库门户

适用场景：公开转录组数据挖掘、疾病分组比较、队列验证。
推荐理由：适合做候选优选、表达趋势验证和临床背景支持。
使用建议：建议结合严格纳排标准和统一分析流程，不宜直接拼接不同来源数据得出强结论。

G10 推荐使用策略

G10.1 项目启动阶段
优先推荐：circBase、circAtlas、exoRBase、TCGA、GEO。
目的：完成候选检索、疾病背景判断和研究对象优选。

G10.2 生信筛选阶段
优先推荐：CIRCexplorer2、CIRI2、CIRIquant、find_circ。
目的：完成 circRNA 识别、定量和差异表达分析。

G10.3 实验设计阶段
优先推荐：CircPrimer、UCSC Genome Browser、Ensembl Genome Browser。
目的：完成回环位点核对、引物设计和验证路径准备。

G10.4 机制研究阶段
优先推荐：CircInteractome、starBase、POSTAR、miRanda、TargetScan、miRDB。
目的：完成 miRNA、RBP、ceRNA 及互作网络预测，辅助确定实验方向。

G10.5 翻译潜能研究阶段
优先推荐：circRNADb、ORFfinder、IRESfinder、SRAMP。
目的：完成编码潜能、IRES 元件和 m6A 特征的前期评估。

G10.6 转化与临床延伸阶段
优先推荐：exoRBase、GEPIA、UALCAN、TCGA、GEO。
目的：完成临床相关性、标志物潜力和人群分层支持分析。

G11 使用建议与注意事项

（1） 工具预测结果主要用于提出研究假设，不宜直接替代实验结论。
（2） 不同算法之间存在差异，关键结论建议采用多工具交叉验证。
（3） 对于 ceRNA、RBP 互作、翻译潜能等方向，建议同步结合表达、定位、功能和回复实验建立完整证据链。
（4） 对于标志物研究，建议优先关注样本类型一致性、队列规模和临床分组合理性。
（5） 对于论文级研究，建议将“数据库预测—实验验证—机制闭环”作为统一设计思路。