服务定位

南京博恩生物可面向高校、科研院所、医院基础科研团队、医药企业和生物技术企业，提供 DNA pull-down 实验服务。服务内容可覆盖前期方案评估、DNA 诱饵设计与标记、样本处理建议、细胞或组织裂解液 / 核提取物制备、DNA-蛋白孵育结合、磁珠富集、洗涤、洗脱、Western blot 验证、质谱筛选、数据分析和结果报告整理。

DNA pull-down 适用于启动子或增强子结合蛋白筛选、已知转录因子候选验证、顺式作用元件功能区蛋白识别、SNP 或突变位点结合差异研究、WT/Mut DNA 结合能力比较、DNA 片段结合区域定位分析，以及药物处理前后 DNA-蛋白互作变化分析。

DNA pull-down实验原理

DNA pull-down 是一种以特定 DNA 序列为诱饵富集结合蛋白的实验方法。常见实验思路是将目标 DNA 片段、短 motif、WT 探针、Mut 探针或截短体片段进行生物素标记，再与细胞裂解液、核提取物或组织来源蛋白样本孵育，使可与该 DNA 结合的蛋白形成 DNA-蛋白复合物。随后借助 streptavidin 磁珠或琼脂糖介质富集生物素化 DNA 及其结合蛋白，经过洗涤和洗脱后，通过 Western blot 检测已知候选蛋白，或通过质谱筛选未知结合蛋白。

DNA pull-down 的核心价值在于从 DNA 序列角度出发，反向寻找或验证可能与该 DNA 片段结合的蛋白。它尤其适合已知某一启动子、增强子、顺式作用元件或突变位点，但尚未完全明确结合蛋白组成，或需要比较 WT/Mut 位点结合能力差异的研究场景。

需要注意的是，DNA pull-down 更偏体外或半体外富集验证，能够回答“这段 DNA 能否富集某些蛋白”或“突变是否影响拉下能力”。如果需要进一步证明该蛋白在细胞内真实染色质环境中结合该区域，通常建议结合 ChIP；如果需要证明某蛋白与短 DNA motif 的直接结合特异性，可进一步结合 EMSA；如果需要说明该启动子或增强子片段是否具有转录调控活性，则可结合荧光素酶报告基因实验。

博恩可提供的DNA pull-down服务内容

1、启动子或增强子结合蛋白筛选

以目标基因启动子、增强子或候选调控区域作为 DNA 诱饵，富集可能结合该区域的蛋白。适用于客户已锁定一段关键 DNA 区域，但不确定其结合蛋白组成的项目。

2、已知候选蛋白验证

若客户已有候选转录因子或共调控蛋白，可通过 DNA pull-down 后 Western blot 检测该蛋白是否被目标 DNA 片段富集。该方式适合验证预测转录因子、文献候选蛋白或组学提示蛋白是否可能参与目标 DNA 区域调控。

3、WT/Mut位点比较

通过设计野生型 DNA 诱饵和突变型 DNA 诱饵，比较关键碱基突变前后对蛋白富集能力的影响。若突变后目标蛋白拉下信号下降或消失，通常提示该位点对结合具有重要作用。

4、短motif探针验证

针对预测到的核心 motif 或顺式作用元件，设计短 DNA 探针进行 pull-down，用于判断该短序列是否足以介导候选蛋白结合。

5、DNA截短体分析

将较长启动子或增强子片段拆分为不同长度或不同区域片段，通过比较各片段拉下能力，初步定位核心结合区域。

6、药物或刺激处理前后DNA-蛋白互作比较

比较对照组与药物处理组、刺激组、基因干预组之间目标 DNA 片段富集蛋白的差异，用于分析药物或处理因素是否改变 DNA-蛋白互作状态。

7、未知结合蛋白筛选与质谱联用

对于未知结合蛋白项目，可先通过 DNA pull-down 富集蛋白，再结合质谱分析筛选候选结合蛋白。后续可根据候选名单进一步通过 Western blot、ChIP、EMSA 或功能实验进行验证。

适用客户与项目场景

1、高校、医院、科研院所

适用于转录调控研究、启动子机制研究、增强子机制研究、顺式作用元件分析、论文机制数据补充和课题结果完善。

2、医药企业

适用于药物对 DNA 结合蛋白谱影响研究、候选调控元件机制验证、药物处理前后转录调控变化分析，以及药物作用机制补充验证。

3、生物技术企业

适用于顺式元件功能验证、结合蛋白筛选、探针体系开发、候选靶点机制研究和产品功能机制说明。

4、已有目标DNA区域但不清楚结合蛋白的项目

适合通过 DNA pull-down 先筛选或验证可能结合该 DNA 片段的蛋白，再进入后续机制验证。

5、已有预测转录因子或候选motif的项目

适合通过 WT/Mut、短 motif 或竞争性设计，验证候选位点是否对蛋白结合具有贡献。