南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供从方案评估、DNA 诱饵设计与标记、样本处理、pull-down 富集、蛋白检测到结果分析的一站式 DNA pull-down 实验服务。服务内容覆盖启动子或增强子结合蛋白筛选、WT/Mut 位点验证、DNA 片段截短体分析、候选转录因子验证、药物处理前后 DNA-蛋白互作变化比较，以及发表级数据整理与报告输出。

DNA pull-down 以特定 DNA 序列为诱饵，从 DNA 角度富集可能结合的蛋白，适用于已知候选调控区域、但仍需明确结合蛋白或验证关键位点作用的研究场景。项目完成后，可交付完整中文报告、原始条带图、输入对照、pull-down 结果图、统计分析图及整理版发表素材，并提供持续售后支持，协助客户开展结果解读、图版整理及后续材料补充。

导读

一、我们的服务优势
二、适用场景与研究方向
三、项目服务流程
四、样本与项目需求
五、交付内容
六、周期与报价方式
七、博恩优势
附录A、技术定位与应用价值
附录B、DNA 诱饵设计与分析策略
附录C、实验原理与基本步骤
附录D、常见应用形式
附录E、DNA pull-down 与相关技术的应用区别
附录F、常见问题
附录G、常见通路转录因子与对应辅转录因子信息
附录H、常用转录因子与启动子分析工具网站介绍

一、我们的服务优势

1.1 一站式项目执行
公司可提供从前期技术评估、DNA 诱饵设计、实验实施到后期结果整理的完整服务流程，减少客户在实验设计、样本准备和结果整合上的沟通成本，提升项目推进效率。

1.2 多类型诱饵设计能力
可根据研究目的灵活设计全长启动子或增强子片段、短 DNA motif、WT/Mut 探针及 DNA 截短体方案，既可满足初筛需求，也可支持关键位点验证和结合区域定位。

1.3 兼顾候选验证与未知筛选
对于已知候选蛋白，可结合 Western blot 进行定向验证；对于未知结合蛋白，可进一步结合质谱开展筛选，为转录调控研究和机制研究提供更完整的证据支持。

1.4 重视结果判读与方案优化
在实验实施前，可围绕研究问题、片段长度、突变设计逻辑、样本背景和下游检测路线进行评估与优化，帮助客户减少无效设计，增强结果的针对性与可解释性。

1.5 支持发表级数据整理
交付内容不仅包括原始数据和实验结果，还可根据客户需求提供图注、结果描述、统计分析及发表级图版整理，便于后续用于论文撰写、课题汇报、项目申报与结题材料准备。

1.6 长期售后支持
项目完成后，可持续提供结果解释、图版修改、补充说明和投稿材料支持，协助客户推进后续研究工作。

二、适用场景与研究方向

本服务适用于以下研究场景：启动子或增强子结合蛋白筛选、已知转录因子候选验证、顺式作用元件功能区蛋白识别、SNP 或突变位点结合差异研究、WT/Mut DNA 结合能力比较、DNA 片段结合区域定位分析，以及药物处理前后 DNA 结合蛋白谱变化分析。

2.1 常见适用研究方向
（1）启动子或增强子结合蛋白筛选。
（2）WT/Mut 结合位点差异分析。
（3）转录因子候选验证。
（4）DNA 片段与蛋白互作分析。
（5）SNP 或突变位点结合变化研究。
（6）药物干预前后 DNA-蛋白互作变化分析。
（7）ChIP、EMSA、荧光素酶报告基因实验前后的机制补充验证。

2.2 适用客户类型
（1）高校与科研院所，用于转录调控研究、启动子机制研究及论文机制数据补充。
（2）医药企业，用于药物对 DNA 结合蛋白谱影响研究及候选调控元件机制验证。
（3）生物技术企业，用于顺式元件功能验证、结合蛋白筛选及探针体系开发支持。

三、项目服务流程

3.1 方案提交
客户提交研究目的、目标 DNA 区域、候选结合蛋白、物种信息、样本类型、处理条件及参考资料，以便开展前期评估。

3.2 方案评估
根据研究目标判断实验是否适合采用 DNA pull-down，并明确采用启动子片段、增强子片段、短 motif、WT/Mut 探针或截短体比较方案，同时确定下游检测方式为 Western blot 或质谱筛选。

3.3 问题反馈与优化
针对 DNA 片段过长、突变位点设计不合理、研究问题更适合其他技术路线、候选蛋白缺少可靠抗体或竞争验证体系不完善等情况提出优化建议，帮助客户完善研究设计。

3.4 正式报价与合同签订
根据样本数量、DNA 诱饵数量、是否需要 WT/Mut 设计、是否需要截短体比较、是否需要未知蛋白筛选、是否结合质谱、是否需要重复实验，以及是否需要发表级图版整理等因素进行报价，并明确项目周期与交付标准。

3.5 实验实施
完成 DNA 诱饵设计与标记、样本裂解或核提取物制备、孵育结合、磁珠富集、洗涤、洗脱、下游检测及结果分析等实验流程。

3.6 结果确认与终稿交付
实验完成后，先提交 PDF 版结果报告供客户确认；确认完成并完成尾款流程后，提交完整终版报告、原始图像、结果图、统计图及整理版发表素材。

四、样本与项目需求

DNA pull-down 的实验质量主要取决于 DNA 诱饵设计、标记方式、裂解液或核提取物质量、背景控制及下游检测策略。为保障实验顺利开展，客户通常需提供目标 DNA 序列、物种信息、候选蛋白信息、处理条件及参考文献等基础资料。

4.1 不同项目类型的常见需求
（1）启动子或增强子片段项目：需提供目标序列与物种信息，适用于整体结合蛋白筛选。
（2）短 DNA motif 项目：需提供核心结合位点序列，适用于已知 motif 的蛋白验证。
（3）WT DNA 诱饵项目：需提供野生型序列，适用于基础结合筛选。
（4）Mut DNA 诱饵项目：需提供突变位点及设计逻辑，适用于验证关键位点是否必要。
（5）DNA 截短体项目：需提供不同片段分段方案，适用于定位结合核心区。
（6）核提取物或裂解液项目：需保证样本状态良好、背景可控，以满足候选蛋白验证或未知蛋白筛选要求。

五、交付内容

项目交付内容以“可用于研究推进与成果整理”为目标，通常包括以下成果。

5.1 标准交付内容
（1）中文版实验报告。
（2）DNA 诱饵与样本信息说明。
（3）实验方法学描述。
（4）pull-down 条件说明。
（5）输入对照说明及相关图像。
（6）原始条带图。
（7）pull-down 结果图。
（8）WT/Mut 或截短体比较图。
（9）统计分析图。
（10）图注与结果说明。
（11）结论总结。
（12）整理版发表素材。
（13）完整终版报告。

5.2 延伸支持内容
项目完成后，还可根据客户需求提供结果解释、DNA 设计说明、图版整理、投稿补充材料支持及后续答疑服务。

六、周期与报价方式

常规 DNA pull-down 项目周期通常为 25—45 个工作日。若项目涉及多个 DNA 诱饵、WT/Mut 成对设计、片段截短体比较、未知蛋白筛选、质谱联用、重复实验或发表级图版整理，项目周期会相应延长。

6.1 报价影响因素
（1）DNA 诱饵数量。
（2）是否需要 WT/Mut 或截短体设计。
（3）样本数量。
（4）是否需要未知蛋白筛选或质谱分析。
（5）是否需要重复实验。
（6）是否需要统计分析与发表级图版整理。

七、博恩优势

南京博恩生物技术有限公司提供面向科研客户与医药企业的 DNA pull-down 实验服务，能够围绕启动子或增强子结合蛋白筛选、WT/Mut 位点验证、DNA 片段功能分析及发表级数据整理等需求，提供更系统、更高效的实验支持。通过标准化流程、多类型诱饵设计能力、兼顾候选验证与未知筛选的技术路线，以及完整的结果交付与售后支持，可帮助客户更顺畅地推进机制研究与成果输出。

附录A、技术定位与应用价值

DNA pull-down 的核心价值在于以 DNA 序列为诱饵，从 DNA 角度反向寻找可能结合的蛋白，尤其适合已知某一候选 DNA 片段、但尚未完全明确其结合蛋白组成的研究场景。

A1 技术定位
从技术定位来看，DNA pull-down 更适合完成候选结合蛋白的筛选与验证，尤其适用于研究启动子、增强子、顺式作用元件及关键结合位点与蛋白互作的关系。该技术更偏向体外或半体外富集验证，适合用于候选蛋白筛选、位点功能比较和结合区域分析。若需进一步证明体内真实结合情况，通常建议结合 ChIP；若需进一步验证直接结合特异性，则可结合 EMSA。

A2 技术选择逻辑
（1）研究某段 DNA 可富集哪些蛋白，优先考虑 DNA pull-down。
（2）研究某蛋白是否在细胞内结合某启动子区域，优先考虑 ChIP。
（3）研究某蛋白是否可直接结合某段 DNA motif，优先考虑 EMSA。
（4）研究某调控片段是否具有功能活性，优先考虑荧光素酶报告基因实验。

附录B、DNA 诱饵设计与分析策略

不同类型的 DNA 诱饵适用于不同研究目的，设计是否合理将直接影响结果解释深度。

B1 常见 DNA 诱饵设计类型
（1）全长启动子或增强子片段更适合初步筛选结合蛋白，便于从整体上观察潜在结合情况。
（2）短 motif 或寡核苷酸探针更适合精细位点验证，用于判断核心结合位点是否足以介导蛋白结合。
（3）WT 探针适合基础结合分析，可用于确认候选区域是否存在特异富集。
（4）Mut 探针适合验证关键碱基是否必需，若突变后拉下能力下降或消失，通常支持该位点具有重要作用。
（5）截短体 DNA 适合定位核心结合区域，通过比较不同长度片段的拉下能力，可初步锁定关键结合区域。
（6）竞争性设计适合进行特异性判断，可通过加入未标记 WT 或 Mut competitor 验证富集是否依赖目标位点。

B2 后续分析建议
对于未知结合蛋白，可先进行 pull-down 富集，再结合质谱开展筛选，并根据研究需要进一步结合 ChIP、EMSA 或功能实验开展后续验证。

附录C、实验原理与基本步骤

DNA pull-down 的核心原理是将带标记的 DNA 作为诱饵，与细胞或组织裂解液孵育，使可结合该 DNA 的蛋白被共同捕获，再借助链霉亲和素磁珠或琼脂糖介质富集 DNA-蛋白复合物，最后通过 Western blot 或质谱分析结合蛋白。常见方案通常采用生物素化 DNA 与 streptavidin beads 偶联，并可结合竞争验证策略提高特异性判断能力。

C1 基本实验步骤
（1）设计 DNA 诱饵，确定采用全长片段、短 motif、WT/Mut 探针或截短体。
（2）完成 DNA 合成与标记，通过 PCR 或寡核苷酸合成获得目标 DNA，并进行生物素等标记。
（3）准备裂解液或核提取物，尽可能保持蛋白活性并控制背景。
（4）进行结合反应，使标记 DNA 与潜在结合蛋白形成复合物。
（5）借助磁珠或介质进行富集。
（6）通过洗涤去除非特异背景。
（7）在需要时加入竞争验证体系，判断结合是否具有序列特异性。
（8）洗脱复合物并进行下游检测。已知候选蛋白通常采用 Western blot，未知蛋白可采用质谱。
（9）对不同诱饵、不同处理组及不同突变或截短方案的结果进行比较分析。

附录D、常见应用形式
（1）启动子结合蛋白筛选。以启动子片段为诱饵，筛选可能结合的候选蛋白，是经典应用场景之一。
（2）增强子结合蛋白验证。以增强子片段配合候选转录因子验证是否存在富集，适用于增强子机制研究。
（3）WT/Mut 位点分析。通过比较野生型与突变型 DNA 的拉下能力，判断关键位点对结合是否必要。
（4）DNA 截短体分析。通过比较不同长度片段是否保留结合，定位核心结合区域。
（5）药物处理前后比较。通过比较处理组与对照组样本中的结合变化，分析药物对 DNA-蛋白互作的影响。
（6）DNA 结合蛋白筛查。以候选调控区配合裂解液进行初筛，并可进一步结合质谱扩展分析。

附录E、DNA pull-down 与相关技术的应用区别

E1 DNA pull-down 与 EMSA
DNA pull-down 主要用于从某段 DNA 片段出发富集可能结合的蛋白，适合开展候选蛋白筛选、多蛋白比较、WT/Mut 位点分析以及较长 DNA 片段的结合研究。EMSA 主要用于验证某蛋白是否能够与某段 DNA probe 直接形成复合物，更适合开展短序列 motif 的直接结合验证、竞争实验和 supershift 分析。前者更适合用于发现潜在结合蛋白或比较不同 DNA 片段的拉下能力，后者更适合用于验证某蛋白是否直接结合及其结合特异性。

E2 DNA pull-down 与 RNA pull-down
DNA pull-down 研究的是 DNA 与蛋白之间的互作，适合分析启动子、增强子、顺式作用元件及 DNA 关键位点的结合蛋白。RNA pull-down 研究的是 RNA 与蛋白之间的互作，适用于 lncRNA、mRNA、circRNA 或其他 RNA 分子结合蛋白的筛选与验证。两者实验思路相近，但研究对象不同：前者用于回答哪些蛋白与某段 DNA 结合，后者用于回答哪些蛋白与某条 RNA 结合。

E3 DNA pull-down 与原位杂交
DNA pull-down 主要用于富集和分析 DNA 结合蛋白，关注分子互作关系；原位杂交主要用于观察特定核酸在细胞或组织中的空间定位与表达分布，关注位置与表达模式。前者适用于机制研究和结合蛋白筛选，后者适用于组织定位、表达分布和病理样本观察。两类技术所回答的问题不同，因此适用目的也不同。

E4 DNA pull-down 与荧光素酶报告基因实验
DNA pull-down 主要回答某段 DNA 能否富集特定蛋白，以及可能结合哪些蛋白；荧光素酶报告基因实验主要回答某段启动子或增强子是否具有调控活性，以及该活性是否发生增强或减弱。前者偏向结合机制研究，后者偏向功能活性验证。若研究目的是明确某调控片段是否具有功能，优先考虑荧光素酶报告基因实验；若研究目的是明确哪些蛋白与该片段结合，则更适合 DNA pull-down。两者联合使用时，通常可形成“结合证据 + 功能证据”的互补验证路径。

E5 技术选择建议
（1）拟筛选或验证某段 DNA 的结合蛋白，优先考虑 DNA pull-down。
（2）拟验证某蛋白是否直接结合某段短 DNA motif，优先考虑 EMSA。
（3）拟研究某条 RNA 的结合蛋白，优先考虑 RNA pull-down。
（4）拟观察核酸在组织或细胞中的定位与表达分布，优先考虑原位杂交。
（5）拟验证启动子或增强子片段是否影响转录活性，优先考虑荧光素酶报告基因实验。

附录F、常见问题

F1 DNA pull-down 主要检测什么
DNA pull-down 主要用于检测某段 DNA 是否能够富集特定蛋白，或筛选能够与该 DNA 结合的候选蛋白，适合从 DNA 角度反向寻找结合对象。

F2 DNA pull-down 和 ChIP 的区别是什么
DNA pull-down 是从 DNA 角度寻找蛋白，更偏体外或半体外富集；ChIP 是从蛋白角度寻找 DNA，更偏向细胞内真实染色质结合验证。两者可联合使用，前者用于筛选和验证候选蛋白，后者用于确认体内结合情况。

F3 DNA pull-down 和 EMSA 的区别是什么
DNA pull-down 更适合以 DNA 片段为诱饵富集候选蛋白，尤其适用于筛选或验证多个可能结合蛋白；EMSA 更适合验证某蛋白是否能与某段 DNA probe 直接形成复合物，并可进一步判断结合特异性。

F4 是否支持 WT/Mut 与片段分析
支持。WT/Mut 比较和截短体分析均为常见应用形式，可用于验证关键位点是否必要，并帮助初步定位蛋白结合区域。

F5 pull-down 后下游还能做什么
对于已知候选蛋白，通常采用 Western blot 检测；对于未知结合蛋白，可进一步送质谱分析，并可结合后续机制实验继续验证。

F6 结果是否可用于论文与汇报
项目交付通常包含原始条带图、输入对照、结果图、统计图、图注说明及整理版图版，可直接用于论文整理、课题汇报、项目申报与结题材料准备。

附录G、常见通路转录因子与对应辅转录因子信息
G1 说明
本附录用于项目沟通、候选蛋白初筛与结果解读参考。下列“对应辅转录因子”主要列示常见共激活因子、共抑制因子、桥接因子或经典协同因子，属于代表性信息，具体结合关系仍建议结合物种、细胞类型、刺激条件及实验体系进一步确认。
G2 常见通路转录因子与对应辅转录因子清单
（1）RELA（NF-κB p65）——常见共调控因子：CBP、EP300、BRD4、HDAC1。
（2）NFKB1（p50）——常见共调控因子：BCL3、HDAC1、CBP。
（3）RELB——常见共调控因子：NFKB2、CBP、EP300。
（4）STAT1——常见共调控因子：CBP、EP300、BRD4、MED1。
（5）STAT2——常见共调控因子：IRF9、CBP、EP300。
（6）STAT3——常见共调控因子：NCOA1、EP300、BRD4、MED1。
（7）STAT5A——常见共调控因子：NCOA1、CBP、EP300。
（8）STAT5B——常见共调控因子：NCOA2、CBP、MED1。
（9）STAT6——常见共调控因子：NCOA1、CBP、EP300。
（10）JUN——常见共调控因子：FOS、CBP、EP300、JDP2。
（11）JUNB——常见共调控因子：FOS、CBP、HDAC3。
（12）JUND——常见共调控因子：FOS、MEN1、HDACs。
（13）FOS——常见共调控因子：JUN、CBP、EP300。
（14）FOSL1——常见共调控因子：JUN、BRD4、EP300。
（15）ATF2——常见共调控因子：JUN、CBP、EP300。
（16）SMAD2——常见共调控因子：SMAD4、FOXH1、CBP、EP300。
（17）SMAD3——常见共调控因子：SMAD4、CBP、EP300、TGIF1。
（18）SMAD4——常见共调控因子：SMAD2、SMAD3、CBP。
（19）SMAD1——常见共调控因子：SMAD4、RUNX2、CBP。
（20）SMAD5——常见共调控因子：SMAD4、CBP、EP300。
（21）TCF7——常见共调控因子：CTNNB1（β-catenin）、BCL9、PYGO、CBP。
（22）TCF7L2——常见共调控因子：CTNNB1、BCL9、EP300、Groucho/TLE。
（23）LEF1——常见共调控因子：CTNNB1、BCL9、PYGO。
（24）HIF1A——常见共调控因子：ARNT、CBP、EP300。
（25）EPAS1（HIF2A）——常见共调控因子：ARNT、CBP、EP300。
（26）TEAD1——常见共调控因子：YAP1、WWTR1（TAZ）、VGLL4。
（27）TEAD4——常见共调控因子：YAP1、TAZ、VGLL4。
（28）GLI1——常见共调控因子：SUFU、CBP、SMO 通路相关辅因子。
（29）GLI2——常见共调控因子：SUFU、CBP、EP300。
（30）GLI3——常见共调控因子：SUFU、HDACs、CBP。
（31）NFE2L2（NRF2）——常见共调控因子：MAFG、MAFK、CBP、EP300。
（32）ATF4——常见共调控因子：CHOP（DDIT3）、CBP、EP300。
（33）XBP1——常见共调控因子：ATF6、EP300。
（34）TP53——常见共调控因子：CBP、EP300、MDM2、ASPP1、ASPP2。
（35）MYC——常见共调控因子：MAX、TRRAP、EP400、WDR5。
（36）MAX——常见共调控因子：MYC、MXD 家族。
（37）E2F1——常见共调控因子：RB1、DP1（TFDP1）、CBP、EP300。
（38）E2F4——常见共调控因子：RB1、RBL1、RBL2、HDACs。
（39）FOXO1——常见共调控因子：CBP、EP300、SMADs、β-catenin。
（40）FOXO3——常见共调控因子：CBP、EP300、SIRT1、SMADs。
（41）ESR1（ERα）——常见共调控因子：NCOA1、NCOA2、NCOA3、NCOR1、EP300。
（42）AR——常见共调控因子：NCOA1、NCOA2、NCOA3、FOXA1、EP300。
（43）NR3C1（GR）——常见共调控因子：NCOA1、NCOA2、NCOR1、CBP。
（44）PGR——常见共调控因子：NCOA1、NCOA2、NCOA3、EP300。
（45）PPARG——常见共调控因子：RXRA、PPARGC1A、NCOA1、NCOR1。
（46）CREB1——常见共调控因子：CBP、CREBBP、CRTC 家族。
（47）CEBPA——常见共调控因子：EP300、SWI/SNF 复合体、PU.1。
（48）GATA3——常见共调控因子：FOG 家族、CBP、EP300。
（49）RUNX2——常见共调控因子：CBFB、SMADs、EP300。
（50）SP1——常见共调控因子：EP300、HDAC1、TAFII 复合体。
G3 使用建议
（1）若研究对象属于炎症、免疫激活或细胞因子刺激，优先关注 NF-κB、STAT、AP-1、IRF 相关蛋白。
（2）若研究对象属于发育、分化与 EMT，优先关注 SMAD、TCF/LEF、GLI、TEAD、RUNX、GATA 家族。
（3）若研究对象属于缺氧、氧化应激、代谢重编程，优先关注 HIF、NRF2、FOXO、PPARG、CREB。
（4）若研究对象属于肿瘤增殖、细胞周期与凋亡，优先关注 MYC、E2F、TP53、STAT3、TEAD。
（5）若研究对象涉及激素依赖性调控，优先关注 ER、AR、GR、PR 及其 NCOA、NCOR 类辅因子。

附录H、常用转录因子与启动子分析工具网站介绍

本附录用于启动子区域分析、候选转录因子预测、motif 扫描、公开数据交叉验证与结果展示参考。不同工具的数据库来源、算法策略、物种覆盖范围及输出格式存在差异，建议在项目中采用“数据库检索 + motif 扫描 + 公共组学交叉验证”的组合方式提高可靠性。

H1 常用分析工具网站
（1）JASPAR
用途：开放式转录因子结合位点数据库，提供高质量、人工整理的转录因子结合谱，可用于查询 motif、下载 PWM 矩阵、进行候选转录因子比对。
适合场景：已知候选转录因子后查 motif；启动子区域预测潜在结合位点；与实验结果进行 motif 层面交叉验证。
使用建议：适合作为基础 motif 数据库优先使用，尤其适合人、小鼠及常见模式生物分析。

（2）MEME Suite
用途：一组经典的 motif 分析工具集合，支持 motif 发现、富集分析、序列扫描、motif 比较等功能。
适合场景：对一批共表达基因启动子做 de novo motif 发现；对已知 motif 做批量扫描；对实验获得序列做富集分析。
使用建议：适合研究型分析，功能全面，常与 JASPAR 联用。

（3）FIMO
用途：用于在给定序列中扫描已知 motif 的单个位点匹配结果。
适合场景：对某个启动子片段、增强子片段或候选 pull-down 序列做精确位点搜索。
使用建议：适合在确定候选 motif 后做位点级分析，也适合 WT/Mut 位点比较前的预测。

（4）HOMER
用途：常用的 motif 富集与基因组区域 motif 分析工具，可用于 promoter 和 genomic regions 的已知 motif 与 de novo motif 分析。
适合场景：ChIP-seq、ATAC-seq、差异开放区、启动子集合的 motif 富集分析。
使用建议：适合批量分析和科研流程整合，尤其适合下游高通量数据联动分析。

（5）EPD（Eukaryotic Promoter Database）
用途：真核启动子数据库，尤其强调实验支持的转录起始位点与启动子信息。
适合场景：确定启动子区间、查找转录起始位点、设计启动子片段克隆范围。
使用建议：在启动子截取、荧光素酶报告载体设计及 pull-down 诱饵片段设计前很有参考价值。

（6）Ensembl Regulation
用途：提供调控注释，包括 promoter、enhancer、开放染色质区域等。
适合场景：查看某基因附近是否存在调控区域；辅助判断候选 promoter 或 enhancer 的功能属性。
使用建议：适合与基因组浏览器联用，帮助确定候选顺式作用元件位置。

（7）UCSC Genome Browser
用途：可视化基因组浏览平台，可叠加转录因子 ChIP-seq、开放染色质、组蛋白修饰等轨道。
适合场景：验证某启动子附近是否已有公开转录因子结合证据；查看 DNA 片段所处染色质背景。
使用建议：适合做公开证据整合和图示展示，也适合项目汇报时制作辅助证据图。

（8）Cistrome Data Browser / Toolkit
用途：整合大量人和小鼠 ChIP-seq、ATAC-seq、DNase-seq 数据，并提供目标基因、基因组区间和峰集分析。
适合场景：反向查询哪些因子可能调控某个基因；验证某个启动子区间可能结合哪些转录因子。
使用建议：适合做公共数据层面的候选转录因子筛查，与 pull-down 候选名单交叉验证很有价值。

（9）PROMO
用途：基于 TRANSFAC 相关矩阵进行潜在转录因子结合位点预测的在线工具。
适合场景：对单条 DNA 序列快速做转录因子结合位点初步预测。
使用建议：适合快速初筛，但建议与 JASPAR、FIMO 或公开组学证据联合使用，以减少假阳性。

H2 常用组合分析思路
（1）先用 EPD 或 Ensembl Regulation 确定启动子与调控区域范围。
（2）再用 JASPAR、MEME Suite、FIMO、HOMER 做 motif 查询与位点预测。
（3）随后用 UCSC 或 Cistrome 检查公开数据中是否已有转录因子结合证据。
（4）最后结合 DNA pull-down、ChIP、EMSA 或荧光素酶报告基因实验进行验证。

H3 项目应用建议
若客户研究目标是寻找某段 DNA 可能结合哪些蛋白，建议优先采用“启动子信息确认 + motif 扫描 + 公共数据比对 + DNA pull-down 验证”的路线。
若客户研究目标是验证某个位点是否关键，建议采用“位点预测 + WT/Mut 设计 + pull-down 比较 + 必要时辅以 ChIP 或 EMSA”的路线。
若客户研究目标是用于论文机制补充，建议将工具分析结果与 pull-down 结果共同整理，以形成“序列预测 + 实验富集 + 文献或公共数据支持”的较完整证据链。