服务定位

南京博恩生物可面向高校、科研院所、医院基础科研团队、医药企业和生物技术企业，提供 RIP 实验外包服务。服务内容可覆盖前期方案评估、目标 RNA 结合蛋白可行性判断、抗体适配性评估、样本处理建议、细胞或组织裂解、免疫沉淀、RNA 纯化、逆转录、RIP-qPCR / RIP-PCR 检测、数据分析、统计作图和完整报告整理。

RIP 实验适用于 RNA 结合蛋白靶 RNA 验证、mRNA 稳定性调控研究、miRNA 相关调控复合物研究、lncRNA / circRNA 与蛋白互作验证、m6A 等表观转录组相关识别蛋白研究、转录后调控机制分析、药物或刺激处理前后 RNA-蛋白互作变化比较，以及 RIP-seq 前的小范围候选 RNA 预验证。

RIP实验原理

RIP，即 RNA 免疫沉淀，是一种利用特异性抗体富集 RNA 结合蛋白及其结合 RNA 的实验技术。实验通常在尽量保留 RNA-蛋白复合物的条件下裂解细胞或组织样本，再利用目标 RNA 结合蛋白抗体和 Protein A/G 磁珠或琼脂糖珠进行免疫沉淀，富集目标 RNA 结合蛋白及其结合的 RNA 分子。

随后从免疫沉淀复合物中纯化 RNA，并通过逆转录、qPCR、PCR 或测序等方式检测富集 RNA 的组成和丰度。若某候选 RNA 在目标抗体组中相较于 IgG 对照或背景对照明显富集，通常提示该 RNA 可能与目标 RNA 结合蛋白存在结合关系。

RIP 回答的是一个非常具体的问题：某个 RNA 结合蛋白是否在细胞内或样本体系中与某条 RNA 形成复合物，或在某种处理条件下该 RNA-蛋白互作是否发生增强、减弱或重塑。

需要注意的是，RIP 能提供 RNA-蛋白互作富集证据，但不能单独证明 RNA 序列中的具体结合位点，也不能直接证明该互作一定改变 RNA 稳定性、剪接、翻译或功能表型。若需要进一步确定结合区域、直接结合能力、RNA 定位或功能结果，通常建议结合 RNA pull-down、CLIP、原位杂交、RNA 稳定性实验、荧光素酶报告基因或功能实验共同判断。

博恩可提供的RIP服务内容

1、RIP-qPCR

适用于已知目标 RNA 的定量富集分析。若客户已有候选 mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA 或其他 RNA，可通过 RIP-qPCR 检测其是否在目标 RNA 结合蛋白抗体组中富集。

2、RIP-PCR

适用于目标 RNA 是否富集的基础验证。对于部分探索性项目或初步判断某 RNA 是否与目标蛋白相关的项目，可根据实验目的采用 RIP-PCR 进行基础检测。

3、RNA结合蛋白靶RNA验证

适用于验证 AGO2、HuR / ELAVL1、IGF2BP、YTHDF、PTBP1、LIN28、FMRP 等 RNA 结合蛋白是否结合某一候选 RNA。

4、miRNA相关调控复合物研究

适用于检测 AGO2 复合物中是否富集候选 miRNA、mRNA 或 circRNA，可用于支持 miRNA 靶基因、ceRNA 网络或 RISC 复合物相关机制研究。

5、lncRNA / circRNA与蛋白互作验证

适用于验证非编码 RNA 是否与特定 RNA 结合蛋白形成复合物，为转录后调控、RNA 稳定性、翻译调节、m6A 识别或细胞命运调控机制提供依据。

6、药物或刺激处理前后RIP比较

适用于比较对照组和药物处理组、刺激组、基因敲低组或过表达组中目标 RNA-蛋白互作是否发生变化。

7、RIP-seq前候选RNA预验证

若客户计划开展 RIP-seq，可先通过 RIP-qPCR 对候选抗体、样本和候选 RNA 信号进行预验证，判断体系是否具备继续进入测序分析的基础。

适用客户与项目场景

1、高校、医院、科研院所

适用于 RNA 调控机制研究、miRNA / lncRNA / circRNA 功能研究、转录后调控验证、课题机制数据补充、论文结果整理和项目结题材料准备。

2、医药企业

适用于 RNA 靶点作用机制验证、候选药物处理前后 RNA-蛋白互作变化分析、RNA 稳定性调控研究和转录后调控机制支持。

3、生物技术企业

适用于 RNA 结合蛋白功能验证、RNA 调控产品研发支持、核酸药物机制研究、RNA 靶点验证和早期项目机制数据整理。

4、已有候选RNA结合蛋白的项目

适合从目标蛋白出发，通过 RIP-qPCR 检测候选 RNA 是否在其免疫沉淀复合物中富集。

5、已有候选RNA但不清楚互作蛋白验证路径的项目

可结合项目目的判断是否应采用 RIP、RNA pull-down、CLIP 或其他技术路线进行验证。