南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供从项目评估、探针设计、蛋白样本制备、结合反应优化、电泳检测到结果分析的一站式 EMSA 实验外包服务。服务内容覆盖转录因子与 DNA 直接结合验证、候选 motif 功能分析、竞争性 EMSA、supershift 验证、WT/Mut 探针比较分析、药物处理前后 DNA 结合活性比较及发表级数据整理。

EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay，电泳迁移率变动分析）是一种经典的体外结合实验，主要用于判断蛋白是否能够与特定核酸探针发生直接结合，并通过非变性凝胶中迁移率变化对结合情况进行检测。公司可根据不同课题目标提供针对性的实验设计、对照体系设置、结果判读与图版整理支持，帮助客户形成更完整、更有说服力的机制研究证据链。

项目交付内容包括原始胶图、WT/Mut 对比图、竞争实验图、supershift 结果图、统计分析图及完整中文报告。项目完成后提供终身售后支持，持续响应结果解释、图版整理、投稿补充材料准备及后续技术问题。

导读

一、服务概述
二、我们可以解决哪些研究问题
三、适用客户类型
四、适合开展 EMSA 的典型研究方向
五、我们的专业优势
六、项目服务流程
七、项目交付内容与售后支持
附录A 项目评估中常见的技术误区
附录B 技术选择逻辑
附录C 送样要求与实验前置信息
附录D 探针设计与实验策略
附录E EMSA 原理与实验步骤
附录F EMSA 实验结果怎么看与如何解读
附录G EMSA 常见应用场景
附录H EMSA 与相关实验的应用区别
附录I 常见转录因子与辅转录因子信息及介绍

一、服务概述

1.1 服务对象

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供 EMSA 实验外包服务，帮助客户围绕蛋白与 DNA 的直接结合问题开展机制研究与结果验证。

1.2 服务内容

公司可提供从项目评估、探针设计、蛋白样本制备、结合反应优化、电泳检测到结果分析的一站式服务。服务内容覆盖转录因子与 DNA 直接结合验证、候选 motif 功能分析、竞争性 EMSA、supershift 验证、野生型/突变型（WT/Mut）探针对比分析、药物处理前后 DNA 结合活性比较，以及发表级数据整理。

1.3 服务价值

EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay，电泳迁移率变动分析）是经典的体外结合实验，主要用于判断蛋白是否能够与特定核酸探针发生直接结合，并通过非变性凝胶中的迁移率变化检测结合情况。公司可根据不同课题目标提供针对性的实验设计、对照体系设置、结果判读与图版整理支持，帮助客户形成更完整、更有说服力的机制研究证据链。

二、我们可以解决哪些研究问题

2.1 研究问题类型

EMSA 主要适用于回答“某蛋白是否能够直接结合某段 DNA 序列”这一类研究问题。对于转录调控、启动子关键位点分析、顺式作用元件功能验证及药物处理前后 DNA 结合活性变化研究，EMSA 都是常见且有效的技术手段。

2.2 典型应用问题

本服务适用于以下研究场景：验证转录因子是否能与特定 DNA 序列直接结合；比较候选 motif 的结合能力；分析突变位点对 DNA 结合能力的影响；比较药物或刺激处理前后转录因子 DNA 结合活性的变化；检测核提取物中的结合复合物；验证已知启动子中的关键位点；以及作为 ChIP 或荧光素酶报告基因实验前后机制研究的补充验证手段。

三、适用客户类型

3.1 高校与科研院所

适用于转录调控研究、结合位点验证、论文机制数据补充及项目申报材料准备等需求。

3.2 医药企业

适用于药物对转录因子结合活性影响研究、作用机制分析及相关通路验证。

3.3 生物技术企业

适用于转录因子结合序列验证、顺式元件功能分析、探针体系开发及技术平台支持。

四、适合开展 EMSA 的典型研究方向

4.1 转录因子与 DNA motif 的直接结合验证

用于判断目标转录因子是否能够与候选 DNA motif 形成直接结合，是 EMSA 最经典的应用方向之一。

4.2 启动子关键位点功能验证

通过设计特定位点探针或突变探针，对关键结合位点进行机制层面的验证。

4.3 WT/Mut 探针结合差异分析

通过比较野生型探针与突变型探针的结合差异，判断特定位点对蛋白结合是否具有必要性。

4.4 药物或刺激前后 DNA 结合活性比较

通过比较处理组与对照组样本的 shift 条带强度变化，分析处理因素是否影响目标蛋白的 DNA 结合活性。

4.5 竞争结合与结合特异性分析

通过冷竞争探针和突变竞争探针验证结合是否具有序列特异性。

4.6 supershift 验证复合物中具体蛋白身份

通过加入目标蛋白抗体，辅助确认复合物中是否包含特定蛋白成分。

五、我们的专业优势

5.1 先评估课题是否适合开展 EMSA

并非所有与启动子、motif 或转录因子相关的课题都适合直接开展 EMSA。公司在项目启动前会先判断研究问题是否属于直接结合问题，并评估该课题更适合采用 EMSA、ChIP、荧光素酶报告基因或 DNA pull-down 等技术路线，从而减少无效实验，提高课题推进效率。

5.2 强调实验设计与证据链构建

单纯出现 shift 条带，并不意味着已经完成了有说服力的机制验证。公司会根据研究目的设计 WT/Mut 探针、冷竞争探针、突变竞争探针及 supershift 抗体实验，帮助客户构建更完整的证据体系。

5.3 注重前期样本与探针可行性判断

公司会结合目标蛋白性质、样本类型、候选序列特征、motif 明确程度及处理条件，对实验可行性进行分析，并协助优化探针长度、反应条件及对照设置。

5.4 提供结果判读与发表支持

除实验执行外，公司还提供结果解读、图注整理、结论总结及发表素材整理支持，帮助客户更高效地将实验结果用于论文、结题、汇报或申报材料。

5.5 兼顾机制研究完整性与后续延展性

EMSA 可作为机制研究中的关键一环。公司可结合课题背景，协助客户将 EMSA 与 ChIP、荧光素酶报告基因等实验形成互补证据链，使研究逻辑更加完整。

六、项目服务流程

6.1 客户提交研究方案

客户需提供研究目的、目标蛋白、候选 DNA 序列、物种信息、样本类型、处理条件及参考资料等内容。

6.2 方案评估

对项目是否适合开展 EMSA 进行评估，并判断是进行基础结合实验、竞争实验、supershift 实验，还是开展 WT/Mut 探针对比分析。

6.3 问题反馈与方案优化

针对方案中可能存在的问题进行分析并提出优化建议，例如研究目标是否更适合 ChIP 或荧光素酶实验，探针区域是否过长，motif 是否明确，蛋白样本是否适合开展 EMSA，以及是否需要增加关键对照设置。

6.4 正式报价

根据样本数量、探针数量、是否需要 WT/Mut 对比、是否需要竞争实验、是否需要 supershift、是否需要重复实验及是否需要发表级图版整理等因素出具正式报价。

6.5 签订合同并支付预付款

双方确认合作内容、项目周期及交付标准后签订合同并支付预付款。

6.6 开始实验

进入探针设计与标记、蛋白样本准备、结合反应优化、非变性电泳、信号检测及结果分析流程。

6.7 提交结果报告供确认

实验完成后，先提交 PDF 版结果报告供客户确认。

6.8 支付尾款并提交完整报告

尾款支付完成后，提交完整终版报告、原始胶图、竞争实验图、supershift 图、统计图及整理版发表素材。

七、项目交付内容与售后支持

7.1 项目交付内容

项目交付内容包括原始胶图、WT/Mut 对比图、竞争实验图、supershift 结果图、统计分析图及完整中文报告。

7.2 结果应用支持

交付结果可直接用于课题研究、论文整理、项目申报与结题汇报。公司可根据客户需求协助进行图版整理、图注撰写与结论表达优化。

7.3 售后支持

项目完成后提供终身售后支持，持续响应结果解释、图版整理、投稿补充材料准备及后续技术问题。

附录A 项目评估中常见的技术误区

1.1 常见误区说明

（1）将 EMSA 直接视为体内结合证据

EMSA 检测的是体外蛋白-DNA 直接结合能力，反映的是体外结合现象，不代表细胞内染色质结合状态，也不能作为启动子活性的直接结果指标。因此，EMSA 适合回答直接结合问题，但不能替代 ChIP，也不能直接替代荧光素酶报告基因实验。

（2）将条带移动直接等同于目标蛋白身份确认

单纯出现 shift 条带，只能说明探针与某种蛋白或蛋白复合物形成了结合。若要提高结论说服力，通常还需结合竞争实验和 supershift 实验进一步验证。

（3）忽视对照体系对结论可信度的影响

缺少 WT/Mut 对照、竞争实验或抗体验证，往往会削弱结论的解释力。EMSA 的价值不仅在于看到条带变化，更在于通过合理对照建立特异性、必要性和身份支持证据。

附录B 技术选择逻辑

1.1 不同研究问题的技术匹配

（1）研究某蛋白是否能直接结合某段 DNA motif

优先考虑 EMSA。该技术更适合回答体外直接结合问题。

（2）研究某蛋白是否在细胞内结合某启动子区域

优先考虑 ChIP。该技术更适合分析细胞内真实染色质结合情况。

（3）研究某调控片段是否引起转录活性变化

优先考虑荧光素酶报告基因实验。该技术更适合分析功能结果指标。

（4）研究某 DNA 片段能富集或拉下哪些蛋白

优先考虑 DNA pull-down。该技术更适合进行结合蛋白筛查。

（5）研究两个蛋白是否形成复合物

优先考虑 Co-IP。该技术更适合研究蛋白互作关系。

附录C 送样要求与实验前置信息

1.1 基本说明

EMSA 对探针设计、蛋白状态和结合反应条件要求较高，因此前期样本准备和信息提供对项目成功率具有重要影响。

1.2 送样要求

（1）核蛋白提取物

适用于转录因子 DNA 结合检测。要求蛋白状态良好并尽量减少降解，建议 -80℃ 保存并采用干冰运输。

（2）纯化重组蛋白

适用于直接结合验证。需尽可能明确蛋白纯度与浓度，建议低温运输。

（3）全细胞裂解液

部分项目可尝试使用全细胞裂解液，但通常需要提前评估其是否适合开展 EMSA，因为部分体系背景较高，稳定性通常弱于核提取物。

（4）目标 DNA 探针序列

客户需提供 WT motif、Mut motif 或候选片段序列，用于后续设计标记探针和竞争探针。通常提供电子版序列即可。

（5）基础信息

客户应同步提供目标蛋白、候选序列、物种来源、处理条件及参考资料，以便进行探针长度设计、对照体系设置及 supershift 抗体策略判断。

附录D 探针设计与实验策略

1.1 总体思路

探针通常围绕候选 motif 进行设计。根据实验目的不同，可搭配不同类型的探针和对照体系，以提高结论的说服力。

1.2 常见探针与对照策略

（1）WT 探针

通常包含完整候选 motif，主要用于基础结合验证，结果判断重点在于观察是否形成 shift 条带。

（2）Mut 探针

通过对关键位点进行突变，用于验证 motif 是否为结合所必需。若 Mut 探针条带明显减弱或消失，通常支持该位点具有关键作用。

（3）冷竞争探针

通常为未标记的 WT 探针，用于验证结合是否具有特异性。若加入后能够竞争掉目标条带，则支持序列特异性结合。

（4）突变竞争探针

通常为未标记的 Mut 探针，用于判断竞争作用是否依赖原始 motif。若其竞争能力明显减弱，则进一步支持 motif 的关键性。

（5）supershift 抗体

用于确认复合物中是否包含目标蛋白，通常需要设置 IgG 或无抗体对照。若条带进一步上移或信号发生变化，则可支持目标蛋白参与复合物形成。

（6）药物处理组与对照组比较

在药物处理或刺激条件研究中，可通过比较处理组与对照组核提取物的条带强度变化，分析 DNA 结合活性是否发生改变。此类研究中，结果判读重点通常在于条带强度及复合物变化趋势。

附录E EMSA 原理与实验步骤

1.1 EMSA 原理

当蛋白与带标记的核酸探针结合后，复合物在非变性凝胶中的迁移速度会低于游离探针，从而表现为迁移率变慢或条带上移。

1.2 常规实验步骤

（1）探针设计与标记

根据候选 motif 设计寡核苷酸探针，必要时同步设计突变探针和竞争探针。常用标记体系包括荧光标记、DIG 标记及其他非放射性标记。

（2）蛋白样本准备

可使用核提取物、全细胞裂解液或纯化重组蛋白。若研究对象为转录因子与 DNA 结合，核提取物通常更为常见。

（3）结合反应

将蛋白与探针在合适缓冲体系中孵育，形成蛋白-DNA 复合物。结合反应中各组分的加入顺序、反应体系组成及孵育条件都会影响实验结果，因此通常需要优化。

（4）竞争实验

加入冷探针或突变竞争探针，观察条带是否被特异性竞争掉，从而验证结合特异性。

（5）supershift 实验

在结合反应体系中加入目标蛋白抗体，若复合物进一步迁移变慢或信号发生变化，则可支持该蛋白参与复合物形成。

（6）非变性电泳

将结合反应体系上样至非变性聚丙烯酰胺凝胶中，以分离复合物和游离探针。

（7）信号检测

通过荧光、化学发光或其他检测方式记录游离探针和 shift 条带。

（8）数据分析

比较游离探针、shift 条带、竞争实验条带及 supershift 条带的变化，判断是否存在直接结合、是否具有序列特异性以及复合物中是否包含目标蛋白。

附录F EMSA 实验结果怎么看与如何解读

1.1 结果判读总原则

EMSA 的结果解读不能只停留在“有没有条带”这一层面，还应结合游离探针、shift 条带、竞争实验、supershift 结果及不同对照组的变化进行综合判断。规范的结果判读通常围绕“是否结合”“是否特异”“是否依赖关键位点”“是否支持目标蛋白参与”以及“处理因素是否改变结合活性”这几个问题展开。

1.2 常见判读路径

（1）先看是否出现 shift 条带

若在加入蛋白样本后，相比游离探针组出现了迁移率更慢的新条带，通常提示探针与蛋白或蛋白复合物形成了结合。这是判断是否存在结合现象的第一步。

（2）再看游离探针与结合条带的相对变化

若结合反应成立，通常可观察到游离探针条带减弱，同时出现上移的复合物条带。若游离探针几乎不变且复合物条带很弱，可能提示结合效率不高、蛋白活性不足或反应体系仍需优化。若条带拖尾、弥散或背景较高，则可能与样本纯度、反应条件或上样体系有关。

（3）通过冷竞争实验判断是否具有序列特异性

若加入未标记 WT 冷竞争探针后，原有 shift 条带明显减弱或消失，通常支持该结合具有序列特异性。若加入冷竞争探针后条带变化不明显，则提示该结合可能不够特异，或竞争条件仍需进一步优化。

（4）通过突变竞争实验判断 motif 是否关键

若未标记 Mut 竞争探针不能有效竞争掉原有条带，而 WT 冷竞争探针可以明显竞争掉条带，则通常说明该结合依赖于原始 motif，支持候选位点具有关键作用。若 WT 与 Mut 竞争探针的竞争效果接近，则需重新评估突变位点设计是否足够破坏结合核心序列。

（5）通过 WT/Mut 探针对比判断位点必要性

若 WT 探针可形成明显 shift 条带，而 Mut 探针的结合条带明显减弱甚至消失，通常支持该位点对蛋白结合具有必要性。若 WT 与 Mut 探针差异不明显，则提示该位点可能不是主要结合位点，或突变设计尚未有效覆盖核心结合区域。

（6）通过 supershift 结果辅助确认目标蛋白身份

若在反应体系中加入目标蛋白抗体后，出现进一步上移的新条带，或原有 shift 条带减弱并伴随更高位置条带出现，通常可支持目标蛋白参与了该复合物形成。若加入抗体后条带无变化，也不能直接排除目标蛋白参与，还需结合抗体质量、识别表位、反应条件及蛋白构象状态综合判断。

（7）比较处理组与对照组条带强度变化

在药物处理、刺激诱导或不同样本状态比较中，若处理组 shift 条带增强，通常提示目标蛋白的 DNA 结合活性增强；若条带减弱，则提示结合活性下降。此类实验的判读重点通常在于条带强度变化趋势，同时应结合上样一致性、重复实验结果及定量分析综合判断。

（8）结合整体证据链形成结论

EMSA 的结论通常应建立在条带变化、对照体系、竞争结果、抗体验证及样本处理差异等多重证据基础上。只有在实验设计完整、结果一致性较好的前提下，结论才更具说服力。

附录G EMSA 常见应用场景

1.1 常见研究场景说明

EMSA 在科研与机制研究中具有广泛应用。其最经典的应用是验证转录因子与 motif 的直接结合，例如检测 p65、STAT3、AP-1、HIF-1 等蛋白是否能够与特定 DNA 序列形成复合物，结果通常表现为是否出现 shift 条带。

在 WT/Mut 探针比较中，研究者通常比较野生型与突变型探针的条带变化，例如条带增强、减弱或消失，以判断关键位点的功能作用。

在冷竞争实验中，常加入 WT 冷探针或 Mut 冷探针，重点观察目标条带是否被竞争掉，从而判断结合是否具有特异性。

在 supershift 验证中，通过向体系中加入目标蛋白抗体，观察是否出现 supershift，以辅助确认复合物中的蛋白身份。

在药物处理前后比较研究中，通常比较处理组与对照组核提取物的条带增强或减弱情况，以分析处理因素对 DNA 结合活性的影响，这类研究尤其适用于机制和药效研究。

此外，EMSA 也可用于 DNA 结合活性筛查，通过检测候选 motif 集合中哪些序列能够形成复合物，用于初步位点筛选。

附录H EMSA 与相关实验的应用区别

1.1 不同实验的适用边界

EMSA 研究的是蛋白与 DNA 在体外条件下的直接结合，主要回答“某蛋白是否能够直接结合某段 DNA 探针”这一问题，适用于 motif 结合验证和体外结合分析。其优势在于实验相对快速、适合直接结合验证，但局限在于偏体外体系，不能替代体内结合证据。

ChIP 研究的是蛋白与 DNA 在细胞内染色质环境中的结合，主要回答“某蛋白是否在细胞内结合到特定 DNA 区域”这一问题，广泛用于转录因子结合、组蛋白修饰及表观遗传研究。其优势在于能够反映细胞内真实染色质结合状态，但流程较复杂，且高度依赖抗体质量和样本状态。

荧光素酶报告基因实验主要研究启动子或增强子的功能，回答的是“某调控片段是否影响转录活性”。其典型应用包括启动子活性研究、通路响应分析及 miRNA 靶位点功能验证。该方法灵敏且便于定量，但并不直接证明物理结合。

DNA pull-down 主要研究 DNA 与蛋白之间的富集关系，回答的是“某 DNA 片段能够拉下哪些蛋白”，适合用于启动子片段结合蛋白筛查。其优势在于适合做结合蛋白筛选，但更偏向 pull-down 筛选体系。

Co-IP 主要研究蛋白与蛋白之间是否形成复合物，适用于蛋白互作及复合物研究，更接近细胞内蛋白复合物状态，但不能回答 DNA 结合问题。

原位杂交（ISH）主要用于核酸定位研究，回答的是“某 RNA 或 DNA 在细胞或组织中位于哪里”，适用于空间表达与定位分析。其优势在于能够提供空间位置信息，但不直接证明蛋白结合。

附录I 常见转录因子与辅转录因子信息及介绍

1.1 使用说明

以下对应关系以科研与机制研究中高频出现的经典组合为主，优先纳入炎症、免疫、发育、代谢、激素受体、肿瘤及应激等经典通路。这里的“辅转录因子”同时包含常见共激活因子、共抑制因子及经典共调控伙伴，便于项目评估、机制设计、探针选择和结果解读。

1.2 炎症与先天免疫通路

（1）RELA（p65）—EP300

RELA 是经典 NF-κB 通路的核心激活亚基，常参与炎症因子、黏附分子和免疫应答基因转录。EP300 作为常见共激活因子，可促进组蛋白乙酰化并增强转录激活。

（2）NFKB1（p50）—BCL3

NFKB1 是 NF-κB 家族重要成员，常以 p50 形式参与 DNA 结合。BCL3 可与 p50 同源二聚体形成转录调节复合物，在部分基因中表现为共激活或共抑制作用。

（3）STAT3—EP300

STAT3 是 JAK/STAT 通路经典转录因子，广泛参与炎症、肿瘤、细胞存活与免疫调节。EP300 可增强 STAT3 介导的转录活性，在肿瘤和炎症机制研究中较常见。

（4）STAT1—CBP

STAT1 常参与干扰素信号转导、抗病毒应答和免疫激活。CBP 为经典共激活因子，可帮助 STAT1 招募转录机器并增强靶基因表达。

（5）IRF3—CBP

IRF3 是先天免疫和抗病毒反应的重要转录因子，在病毒刺激后被激活并进入细胞核。CBP 参与 IRF3 转录复合物组装，是其高效激活下游干扰素基因的重要辅助因子。

1.3 干扰素与即时应答调控

（1）IRF7—CBP

IRF7 是干扰素放大反应中的关键转录因子，常在病毒感染和先天免疫激活中发挥核心作用。CBP 可提升 IRF7 的转录活化能力。

（2）IRF1—EP300

IRF1 参与免疫调控、抗肿瘤反应及细胞应激。EP300 通过促进染色质开放和转录复合体稳定，增强 IRF1 对靶基因的转录调节。

（3）JUN—EP300

JUN 是 AP-1 复合物的重要组成部分，常参与炎症、增殖、分化与应激应答。EP300 是其常见共激活因子，有助于提升 AP-1 依赖性转录。

（4）FOS—EP300

FOS 常与 JUN 形成 AP-1 复合物，参与细胞增殖、应激和信号刺激后的早期基因表达。EP300 可增强 FOS/JUN 复合物介导的转录活性。

（5）ATF2—CBP

ATF2 是应激激活型转录因子，常受 p38 和 JNK 通路调控。CBP 可与 ATF2 协同，提高其对炎症和应激相关靶基因的转录能力。

1.4 MAPK、缺氧与环境应答

（1）ELK1—MED23

ELK1 是 MAPK/ERK 下游经典 ETS 家族转录因子，参与生长因子诱导的即时早期基因转录。MED23 属于 Mediator 复合物成员，是 ELK1 向基础转录装置传递信号的重要桥梁。

（2）SRF—MKL1

SRF 参与细胞骨架、迁移和肌动蛋白动态相关基因调控。MKL1 是其经典共激活伙伴，常在 Rho/actin 信号激活后进入细胞核并增强 SRF 活性。

（3）ETS1—CBP

ETS1 广泛参与血管生成、免疫调节与肿瘤侵袭。CBP 可提升 ETS1 对靶启动子的激活能力，在转录活化中较常见。

（4）HIF1A—EP300

HIF1A 是缺氧反应核心转录因子，主要调控糖酵解、血管生成和低氧适应。EP300 是其经典共激活因子，常用于解析缺氧条件下的转录激活机制。

（5）EPAS1（HIF2A）—EP300

EPAS1 与 HIF1A 同属缺氧诱导因子家族，更常见于血管、肿瘤和干细胞相关研究。EP300 可增强 EPAS1 介导的缺氧应答转录程序。

1.5 发育信号通路 I

（1）AHR—ARNT

AHR 是环境应答和外源化合物感应的重要转录因子，活化后进入细胞核并与 ARNT 形成复合体。ARNT 是其经典共调控伙伴，二者共同介导靶基因转录。

（2）TCF7L2—CTNNB1（β-catenin）

TCF7L2 是 Wnt/β-catenin 通路关键 DNA 结合转录因子。CTNNB1 进入细胞核后与其结合，可将原本偏抑制的状态转为激活状态。

（3）LEF1—CTNNB1（β-catenin）

LEF1 是 Wnt 通路经典转录因子之一，在发育、生长和肿瘤研究中应用广泛。CTNNB1 是其最常见共激活伙伴，常共同激活经典 Wnt 靶基因。

（4）RBPJ—MAML1

RBPJ 是 Notch 通路核心 DNA 结合因子。Notch 胞内段进入细胞核后可招募 MAML1，与 RBPJ 共同形成激活复合物，是 Notch 靶基因转录的经典机制。

（5）SMAD3—SMAD4

SMAD3 是 TGF-β 通路的重要受体调节型 Smad。SMAD4 是其经典共调控伙伴，二者进入细胞核后共同调控纤维化、上皮间质转化和免疫相关基因。

1.6 发育信号通路 II

（1）SMAD2—SMAD4

SMAD2 同属 TGF-β 通路关键成员，常与 SMAD4 形成复合物参与转录调节。该组合在发育、生长抑制和纤维化研究中较常见。

（2）SMAD1—SMAD4

SMAD1 主要参与 BMP 通路信号转导。其与 SMAD4 形成复合物后，可调控骨形成、发育分化及组织稳态相关基因。

（3）GLI1—TAF9

GLI1 是 Hedgehog 通路经典转录激活因子。TAF9 可与 GLI1 结合并增强其转录活性，因此常作为其经典辅助调节因子之一。

（4）GLI2—CBP

GLI2 也是 Hedgehog 通路关键转录因子，在胚胎发育和肿瘤研究中具有重要意义。CBP 可增强 GLI2 介导的靶基因表达。

（5）TEAD1—YAP1

TEAD1 是 Hippo 通路经典 DNA 结合转录因子。YAP1 是其最重要的共激活伙伴，二者协同调控增殖、器官大小和肿瘤相关基因表达。

1.7 激素受体与 Hippo 通路

（1）TEAD4—YAP1

TEAD4 同属 TEAD 家族，在胚胎发育、肿瘤和干细胞研究中较常见。YAP1 与其结合后可显著增强下游转录激活。

（2）ESR1—NCOA3（SRC-3）

ESR1 是雌激素受体通路核心转录因子，在乳腺、生殖及肿瘤研究中非常常见。NCOA3 是经典核受体共激活因子，可显著增强 ESR1 的转录功能。

（3）ESR2—NCOA1（SRC-1）

ESR2 参与雌激素信号的组织特异性调控。NCOA1 是其常见共激活因子，能增强配体依赖性的转录激活。

（4）AR—NCOA2（SRC-2）

AR 是雄激素受体通路核心转录因子，在前列腺发育和肿瘤研究中应用广泛。NCOA2 可增强 AR 对靶基因的激活能力。

（5）NR3C1（GR）—NCOA2

NR3C1 即糖皮质激素受体，参与抗炎、代谢和应激反应。NCOA2 是其经典共激活因子之一，常见于激素应答机制研究。

1.8 代谢与能量稳态调控

（1）PPARG—PPARGC1A（PGC-1α）

PPARG 是脂代谢与脂肪分化核心转录因子。PPARGC1A 是重要共激活因子，可增强能量代谢和线粒体相关转录程序。

（2）HNF4A—PPARGC1A（PGC-1α）

HNF4A 是肝脏和代谢相关研究中的经典转录因子，参与糖脂代谢与肝功能维持。PPARGC1A 可作为其辅助激活因子，增强代谢基因表达。

（3）CREB1—CRTC2

CREB1 广泛参与代谢、神经活动和应激信号转导。CRTC2 是其经典共激活因子，在肝糖异生及能量平衡调控中尤为常见。

（4）FOXO1—PPARGC1A（PGC-1α）

FOXO1 是胰岛素/PI3K-AKT 通路重要转录因子，参与糖异生、凋亡和氧化应激应答。PPARGC1A 可与其协同调节代谢基因转录。

（5）SREBF1—MED15

SREBF1 是脂质合成调控的重要转录因子。MED15 作为 Mediator 复合物成员，常参与 SREBF1 靶基因转录激活。

1.9 分化与造血相关调控

（1）CEBPA—EP300

CEBPA 是粒细胞分化和代谢调控的重要转录因子。EP300 可增强其对分化和代谢相关基因的转录激活能力。

（2）CEBPB—EP300

CEBPB 参与炎症、分化和急性期反应。EP300 常作为其共激活因子，提高下游靶基因表达效率。

（3）GATA1—ZFPM1（FOG1）

GATA1 是红系和巨核系分化的关键转录因子。ZFPM1 是其经典辅助调节因子，在造血分化机制研究中非常常见。

（4）GATA3—MED1

GATA3 参与 Th2 分化、乳腺发育和上皮分化。MED1 可与其协同调控相关靶基因表达。

（5）RUNX1—CBFB

RUNX1 是造血发育和白血病研究中的经典转录因子。CBFB 是其高频共调控伙伴，可增强 RUNX1 的 DNA 结合稳定性和转录功能。

1.10 肿瘤、干细胞与应激调控

（1）RUNX2—CBFB

RUNX2 是成骨分化核心转录因子，也常见于骨转移和肿瘤研究。CBFB 可增强 RUNX2 的结构稳定性和转录活性。

（2）TP53—EP300

TP53 是经典抑癌转录因子，参与 DNA 损伤应答、细胞周期阻滞和凋亡。EP300 常参与其乙酰化修饰和转录活性增强。

（3）MYC—TRRAP

MYC 是调控增殖、代谢和肿瘤发生的经典转录因子。TRRAP 是其重要共激活伙伴，常参与组蛋白乙酰转移酶复合物招募。

（4）SOX2—EP300

SOX2 是干细胞维持和神经发育相关的关键转录因子。EP300 可协助 SOX2 激活与干性维持相关的靶基因。

（5）POU5F1（OCT4）—EP300

POU5F1 是多能性维持的核心转录因子之一。EP300 常参与其转录激活过程，帮助维持干细胞相关基因表达程序。

1.11 氧化应激、免疫分化与补充经典组合

（1）NANOG—EP300

NANOG 是多能性网络核心成员，常与 OCT4、SOX2 共同维持干细胞状态。EP300 可增强 NANOG 相关转录激活。

（2）NFE2L2（NRF2）—MAFG

NRF2 是氧化应激和解毒反应的核心转录因子。MAFG 属于小 Maf 蛋白家族，是其高频结合伙伴，二者共同调控抗氧化反应元件相关基因。

（3）BACH1—MAFK

BACH1 常参与血红素代谢、氧化应激和迁移相关调控。MAFK 是其经典结合伙伴，可共同调控相关靶基因转录状态。

（4）SPI1（PU.1）—IRF8

SPI1 是髓系和淋巴系分化的重要转录因子。IRF8 常作为其经典协同伙伴，在免疫细胞分化和功能基因调控中较为常见。

（5）BCL6—NCOR2（SMRT）

BCL6 是生发中心 B 细胞和淋巴瘤研究中的经典转录抑制因子。NCOR2 是其常见共抑制伙伴，常参与靶基因沉默复合物组装。