分子生物学实验
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EMSA实验服务
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服务定位

南京博恩生物可面向高校、科研院所、医院基础科研团队、医药企业和生物技术企业,提供 EMSA 实验外包服务。服务内容可覆盖项目评估、探针设计、蛋白样本制备建议、结合反应条件优化、竞争实验设计、supershift 验证、非变性电泳检测、结果判读、图版整理和完整报告交付。

EMSA 实验适用于转录因子与 DNA motif 直接结合验证、候选启动子关键位点分析、顺式作用元件功能验证、WT/Mut 探针结合差异比较、冷竞争实验、突变竞争实验、supershift 验证、药物或刺激处理前后 DNA 结合活性比较,以及 ChIP、DNA pull-down、荧光素酶报告基因实验前后的机制补充验证。

EMSA实验原理

EMSA,即电泳迁移率变动分析,是一种经典的体外核酸—蛋白结合检测方法。其基本原理是:带标记的 DNA 探针与目标蛋白或核提取物中的蛋白复合物结合后,形成体积更大、迁移速度更慢的 DNA-蛋白复合物;在非变性聚丙烯酰胺凝胶中,复合物条带会相较于游离探针出现迁移率下降,即常说的 shift 条带。

如果加入未标记的野生型冷竞争探针后 shift 条带减弱或消失,可提示结合具有序列特异性;如果突变探针或突变竞争探针不能有效形成或竞争该条带,可支持候选 motif 或关键碱基对结合具有贡献;如果加入目标蛋白抗体后复合物进一步上移,或原 shift 条带发生改变,则可作为 supershift 结果,用于辅助确认复合物中是否包含目标蛋白。

需要注意的是,EMSA 回答的是“某蛋白或某核提取物中的蛋白复合物是否能够在体外与某段 DNA 探针结合”。它不能单独证明该蛋白在细胞内染色质环境中结合该区域,也不能直接证明启动子或增强子具有转录活性。如果需要细胞内结合证据,通常建议结合 ChIP;如果需要验证调控片段功能,通常建议结合荧光素酶报告基因实验。

博恩可提供的EMSA服务内容

1、基础EMSA结合实验

用于判断目标蛋白或核提取物是否能够与候选 DNA 探针形成 shift 条带,适合初步验证转录因子与候选 motif 的直接结合能力。

2、WT/Mut探针对比分析

通过设计野生型探针和突变型探针,比较两者与目标蛋白的结合差异,用于判断特定位点或 motif 是否对结合具有必要性。

3、冷竞争实验

加入未标记的 WT 冷竞争探针,观察原有 shift 条带是否被竞争减弱或消失,用于验证结合是否具有序列特异性。

4、突变竞争实验

加入未标记的 Mut 竞争探针,比较其与 WT 冷竞争探针的竞争能力差异,用于判断候选 motif 是否为关键结合序列。

5、Supershift验证

在结合反应体系中加入目标蛋白抗体,观察复合物是否进一步迁移变慢或条带模式是否改变,用于辅助确认 DNA-蛋白复合物中是否包含目标蛋白。

6、药物或刺激处理前后DNA结合活性比较

比较对照组、药物处理组、炎症刺激组、缺氧处理组、基因敲低组或过表达组核提取物的 shift 条带强弱变化,用于分析处理因素是否影响目标蛋白的 DNA 结合活性。

7、探针设计与结果图版整理

根据客户目标序列、候选 motif、WT/Mut 设计需求和实验目的,协助开展探针设计、对照体系配置、结果图整理、图注说明和完整中文报告交付。

适用客户与项目场景

1、高校、医院、科研院所

适用于转录调控研究、结合位点验证、启动子关键位点机制分析、论文机制数据补充、课题申报和项目结题材料整理。

2、医药企业

适用于药物对转录因子 DNA 结合活性的影响研究、药物作用机制分析、靶点通路验证和候选机制确认。

3、生物技术企业

适用于转录因子结合序列验证、顺式元件功能分析、探针体系开发、技术平台支持和功能产品机制说明。

4、已有候选motif或启动子区域的项目

适合通过 EMSA 判断候选 motif 是否能够与目标蛋白或核提取物形成结合复合物。

5、已有ChIP、DNA pull-down或报告基因结果的项目

适合通过 EMSA 补充体外直接结合证据,使转录调控机制证据链更完整。

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