南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供从方案评估、探针设计、蛋白样本制备、结合反应优化、电泳检测到结果分析的一站式 EMSA 实验外包服务。服务覆盖转录因子与 DNA 结合验证、顺式作用元件功能验证、竞争性 EMSA、supershift 实验、突变探针比较分析、药物处理前后 DNA 结合活性比较及发表级数据整理。

电泳迁移率变动分析（Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA），又称 gel shift assay，是一种利用非变性凝胶电泳观察核酸探针与蛋白结合后迁移率变化的经典体外结合实验。

交付包含原始胶图、竞争实验结果图、supershift 结果图、统计分析图及完整中文报告。
项目完成后提供终身售后支持，针对结果解释、图版整理、投稿补充材料准备及后续问题持续响应。

服务适用场景

本服务适用于转录因子是否能与特定 DNA 序列直接结合的验证、候选 motif 结合能力比较、突变位点对 DNA 结合能力影响分析、药物或刺激处理前后转录因子 DNA 结合活性比较、核提取物中结合复合物检测、已知启动子关键位点验证及 ChIP / 荧光素酶报告基因前后的机制补充验证。

适用客户类型

• 高校与科研院所：转录调控研究、结合位点验证、论文机制数据补充

• 医药企业：药物对转录因子结合活性影响研究、通路机制验证

• 生物技术企业：转录因子结合序列验证、顺式元件功能分析、探针体系开发支持

适用研究方向

• 转录因子与 DNA motif 直接结合验证

• 启动子关键位点功能验证

• WT/Mut 探针结合差异分析

• 药物或刺激前后 DNA 结合活性比较

• 竞争结合与结合特异性分析

• supershift 证明复合物中具体蛋白身份

EMSA 常见认识误区

EMSA 检测的是 体外蛋白-DNA 直接结合能力，不是体内染色质结合快照，也不是启动子活性的直接 readout。
如果研究问题是：

• 某转录因子是否能直接结合某段 DNA motif：优先 EMSA

• 某转录因子是否在细胞内结合到某启动子区域：优先 ChIP

• 某调控片段活性是否变化：优先荧光素酶报告基因

• 某 DNA 片段能从裂解液中拉下哪些蛋白：优先 DNA      pull-down

另一个常见误区，是把“出现条带移动”直接等同于“已经确定就是某个蛋白结合”。实际上，单纯 shift 只能说明探针与某种蛋白或蛋白复合物形成了结合。要进一步证明特异性和身份，通常需要：

• 冷竞争探针（cold competitor）：验证结合是否具有序列特异性

• 突变竞争探针（mut competitor）：验证关键 motif      是否必要

• supershift 抗体实验：验证复合物中是否包含目标蛋白

服务流程

客户发送方案 → 方案评估 → 问题反馈与优化 → 正式报价 → 签订合同 → 支付预付款 → 开始实验 → 提交 PDF 版结果报告 → 支付尾款 → 提交完整报告。

流程说明

1. 客户发送方案
提交研究目的、目标转录因子、候选 DNA 序列、物种信息、样本类型、处理条件及参考文献。

2. 方案评估
评估检测对象是否适合 EMSA，确认是做基础结合实验、竞争实验、supershift 实验，还是做 WT/Mut 探针对比。

3. 问题反馈与优化
指出方案中可能存在的问题，如研究问题更适合 ChIP 或荧光素酶、探针区域过长或 motif 不清晰、蛋白样本纯度不足、仅做 shift 无法确认蛋白身份等，并进行优化。

4. 正式报价
根据样本数量、探针数量、是否需 WT/Mut 对比、是否需竞争实验、是否需 supershift、是否需重复实验和发表级图版整理等出具正式报价。

5. 签订合同并支付预付款
确认合作内容、周期及交付标准。

6. 开始实验
进入探针设计与标记、蛋白样本准备、结合反应优化、非变性电泳、信号检测和结果分析流程。

7. 提交 PDF 结果报告
实验完成后先提交 PDF 版结果报告供客户确认。

8. 支付尾款并提交完整报告
尾款支付完成后，提交完整终版报告、原始胶图、竞争实验图、supershift 图、统计图及整理版发表素材。

样本与探针要求

EMSA 对探针设计、蛋白状态和结合反应条件要求较高。

样本要求

探针说明

• 探针通常围绕候选 motif 设计

• 常见会同步设计 WT 探针、Mut 探针、冷竞争探针

• 若需确认复合物身份，可增加 supershift 抗体

交付内容

交付内容包含中文版实验报告、样本信息、探针信息、实验方法、结合反应条件、竞争探针说明、supershift 抗体说明、原始胶图、WT/Mut 对比图、竞争实验图、supershift 图、统计分析图、图注、结果描述、结论总结及完整终版报告。

标准交付清单

• 中文版实验报告

• 样本与探针信息

• 实验方法学描述

• 结合反应条件说明

• 胶图

• WT/Mut 探针对比图

• 竞争实验图

• supershift 结果图

• 统计分析图

• 图注与结果说明

• 发表级图版整理

• 完整终版报告

售后支持

项目完成后提供终身售后支持，包括：

• 结果解释

• 探针设计说明

• 图版整理

• 投稿补充材料支持

• 后续答疑与补充说明

周期与报价方式

常规 EMSA 项目周期通常为 25–45 个工作日。涉及多探针比较、WT/Mut 成对设计、竞争实验、supershift、核蛋白提取优化、重复实验或发表级图版整理的项目周期相应延长。相较于 ChIP，EMSA 的实验体系更偏体外、周期通常更短，但探针与结合条件优化仍然非常关键。

报价因素

• 样本数量

• 探针数量

• 是否需 WT/Mut 对比

• 是否需冷竞争或突变竞争

• 是否需 supershift

• 是否需重复实验

• 是否需统计分析与发表级图版整理

常见问题

EMSA 主要检测什么？
EMSA 主要检测蛋白是否能与某段 DNA 或 RNA 探针直接结合，以及结合后迁移率是否发生变化。

EMSA 和 ChIP 的区别是什么？
EMSA 更适合分析体外直接结合能力；ChIP 更适合分析细胞内真实染色质结合。前者偏“能不能直接结合”，后者偏“在细胞内是否真的结合到该位点”。

EMSA 和荧光素酶报告基因的区别是什么？
EMSA 回答的是蛋白是否与 DNA motif 直接结合；荧光素酶报告基因回答的是该调控片段是否引起功能性转录活性变化。前者偏直接结合证据，后者偏功能 readout。

为什么要做竞争实验和 supershift？
竞争实验用于证明结合的序列特异性；supershift 用于证明复合物中是否包含目标蛋白。

结果是否可直接用于发表？
交付包含原始胶图、WT/Mut 探针对比图、竞争实验图、supershift 图、图注说明及整理版图版，可直接用于论文、汇报和结题材料整理。

EMSA 原理

EMSA 的核心原理是：当蛋白与带标记的核酸探针结合后，复合物在非变性凝胶中的迁移速度会低于游离探针，从而表现为“迁移率变慢”或“条带上移”。

EMSA 实验步骤

1. 探针设计与标记

根据候选 motif 设计寡核苷酸探针，必要时同步设计突变探针和竞争探针。
常用体系包括荧光标记、DIG 标记和其他非放射性标记。

2. 蛋白样本准备

可使用核提取物、全细胞裂解液或纯化重组蛋白。
若研究转录因子与 DNA 结合，核提取物通常更常见。

3. 结合反应

将蛋白与探针在合适缓冲体系中孵育，形成蛋白-DNA 复合物。
Thermo Fisher 明确指出，组分加入顺序往往会影响结合反应结果。

4. 竞争实验

加入冷探针或突变竞争探针，判断条带是否被特异竞争掉，从而验证结合特异性。

5. supershift 实验

在结合反应中加入目标蛋白抗体，若复合物进一步迁移变慢或信号变化，可支持该蛋白参与复合物形成。

6. 非变性电泳

将结合反应体系上样至非变性聚丙烯酰胺凝胶分离复合物与游离探针。

7. 信号检测

通过荧光、化学发光或其他检测方式记录游离探针和 shift 条带。

8. 数据分析

比较游离探针、shift 条带、竞争实验和 supershift 条带变化，判断是否存在直接结合、是否具有序列特异性以及复合物中是否包含目标蛋白。

EMSA 常见应用场景

EMSA 与相关实验的应用区别

技术选择逻辑

• 研究 某蛋白是否能直接结合某段 DNA motif：优先 EMSA

• 研究 某蛋白是否在细胞内结合某启动子区域：优先 ChIP

• 研究 某调控片段是否具有转录活性变化：优先 荧光素酶报告基因

• 研究 某 DNA 片段能拉下哪些蛋白：优先 DNA pull-down

• 研究 两个蛋白是否形成复合物：优先 Co-IP

探针设计与实验策略

南京博恩生物技术有限公司提供面向科研客户与医药企业的 EMSA 实验外包服务，覆盖转录因子与 DNA 直接结合验证、候选 motif 功能分析、竞争实验、supershift 验证及发表级图版整理。项目交付包含原始胶图、竞争实验图、supershift 图、统计分析图及完整中文报告，并提供终身售后支持。
客户提交方案后，项目按“方案评估—问题反馈—报价签约—实验执行—PDF 结果确认—完整报告交付”的标准流程推进。交付结果可直接用于课题研究、论文整理、项目申报与结题汇报。