服务定位

南京博恩生物可面向高校、科研院所、医院基础科研团队、医药企业和生物技术企业，提供 RNA pulldown 实验技术服务。服务内容可覆盖前期方案评估、RNA 诱饵设计与标记、样本处理建议、细胞或组织裂解液制备、RNA-蛋白孵育结合、磁珠富集、洗涤、洗脱、Western blot 验证、质谱筛选、数据分析、图版整理和完整报告交付。

RNA pulldown 实验适用于 lncRNA 结合蛋白筛选与验证、circRNA 结合蛋白验证、mRNA 或 UTR 区域结合蛋白研究、RNA 片段结合区域定位、RNA 突变位点功能验证、RNA 截短体结合区域分析，以及药物处理前后 RNA-蛋白互作变化比较等项目。

博恩生物提供的 RNA pulldown 服务不只关注实验执行，也重视项目设计合理性、背景控制、下游验证路径和结果解释逻辑。对于以“某条 RNA 能够结合哪些蛋白”“候选蛋白是否可被目标 RNA 拉下”“某个 RNA 片段或突变位点是否影响蛋白结合”为核心问题的项目，RNA pulldown 通常可以提供较直接的实验验证思路。

RNA pulldown实验原理

RNA pulldown 是一种以标记 RNA 作为诱饵富集 RNA 结合蛋白的实验技术，适用于从 RNA 角度研究 RNA-蛋白互作。

实验通常先根据研究目标设计全长 RNA、片段 RNA、突变体 RNA、截短体 RNA 或特定结构域 RNA 诱饵，并通过体外转录或化学合成获得目标 RNA。RNA 诱饵经过生物素等方式标记后，与细胞或组织裂解液孵育，使可与该 RNA 结合的蛋白形成 RNA-蛋白复合物。随后借助链霉亲和素磁珠等体系富集标记 RNA 及其结合蛋白，经过洗涤和洗脱后，通过 Western blot 检测已知候选蛋白，或通过质谱筛选未知结合蛋白。

RNA pulldown 的核心价值在于从 RNA 分子出发，反向寻找或验证其可能结合的蛋白。它尤其适合客户已经锁定某条 lncRNA、circRNA、mRNA 片段、UTR 区域或突变位点，但不清楚其结合蛋白组成，或需要比较 WT / Mut、全长 / 片段、不同截短体之间结合能力差异的研究场景。

需要注意的是，RNA pulldown 更偏体外或半体外富集验证，能够回答“这条 RNA 是否具有富集相关蛋白的能力”或“不同 RNA 设计之间结合能力是否存在差异”。如果需要进一步证明细胞内真实互作，通常建议结合 RIP、CLIP 或相关功能实验；如果需要证明 RNA 在组织或细胞中的空间定位，则应结合原位杂交；如果需要证明 RNA-蛋白互作对细胞功能产生影响，还应结合敲低、过表达、RNA 稳定性、翻译检测或 rescue 实验共同判断。

博恩可提供的RNA pulldown服务内容

1、全长RNA pulldown

适用于整体评估某条 RNA 是否具有蛋白富集能力，常用于 lncRNA、circRNA 或目标 mRNA 片段结合蛋白初步筛选。若客户尚不清楚关键结合区域，可先通过全长 RNA pulldown 获得候选蛋白线索。

2、RNA片段pulldown

适用于定位 RNA 中可能负责蛋白结合的功能区域。通过将 RNA 拆分为不同片段，比较不同片段拉下蛋白能力，可初步缩小核心结合区范围。

3、WT / Mut RNA比较

适用于验证某个 motif、结构位点、m6A 候选位点、SNP 位点或突变位点是否影响蛋白结合。若突变后候选蛋白拉下信号明显下降，通常提示该位点可能参与蛋白结合。

4、RNA截短体分析

适用于逐步定位 RNA 的关键结合区域。通过设计不同长度截短体，比较不同截短体的结合蛋白富集情况，可为后续功能验证、RIP 验证或结构域研究提供依据。

5、候选蛋白Western blot验证

如果客户已有明确候选 RNA 结合蛋白，可在 RNA pulldown 后通过 Western blot 检测目标蛋白是否被 RNA 诱饵富集。该方式路径明确，适合验证型项目。

6、未知结合蛋白质谱筛选

如果客户尚无明确候选蛋白，可在 RNA pulldown 后进行质谱分析，筛选候选结合蛋白。后续可根据候选名单进一步通过 Western blot、RIP、功能实验等方式验证。

7、药物或刺激处理前后RNA-蛋白互作比较

适用于比较对照组与药物处理组、刺激组、基因敲低组、过表达组或疾病状态组中 RNA-蛋白互作是否发生变化。该类项目常用于药物作用机制、RNA 调控网络和信号通路转录后调控研究。

8、结果整理与报告交付

项目可交付 RNA 诱饵信息、样本信息、实验方法说明、Input 对照、pulldown 原始图、WT / Mut 或截短体比较结果、质谱候选蛋白列表、统计图、图注说明、结果描述和完整中文报告。

适用客户与项目场景

1、高校、医院、科研院所

适用于非编码 RNA 机制研究、RNA 调控网络研究、lncRNA / circRNA 功能研究、RNA 结合蛋白筛选、论文机制数据补充、项目申报和结题材料整理。

2、医药企业

适用于 RNA 靶点作用机制验证、药物对 RNA-蛋白互作影响研究、核酸相关靶点验证和药物处理前后 RNA 调控网络变化分析。

3、生物技术企业

适用于 RNA 结合蛋白功能验证、RNA 调控相关产品研发支持、核酸药物机制研究、技术储备和项目早期验证。

4、已有目标RNA但未知结合蛋白的项目

适合通过 RNA pulldown 联合质谱筛选候选结合蛋白，再进一步进行验证。

5、已有候选蛋白但需要互作验证的项目

适合通过 RNA pulldown 联合 Western blot，验证目标 RNA 是否能够富集候选蛋白。

6、需要定位RNA关键结合区域的项目

适合采用片段 RNA、截短体 RNA 或 WT / Mut RNA 比较策略，逐步缩小核心结合区域或验证关键位点。