南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供从方案评估、抗体筛选、交联裂解、染色质片段化、免疫沉淀、DNA 纯化到 ChIP-qPCR / ChIP-PCR 分析的一站式 ChIP 实验外包服务。服务内容覆盖转录因子结合位点验证、组蛋白修饰富集分析、启动子或增强子区域结合检测、药物处理前后蛋白-DNA 结合变化比较、表观遗传调控验证，以及发表级数据整理。

染色质免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）是一种利用抗体富集特定 DNA 结合蛋白及其所结合 DNA 片段的技术，用于分析细胞或组织内真实发生的蛋白-DNA 相互作用。公司可提供完整项目评估、实验执行、结果分析和报告整理服务，交付内容包括原始 qPCR 数据、输入对照、IgG 对照、富集分析结果、统计图及完整中文报告，并提供持续售后支持。

导读

一、服务概述
二、我们可以解决的研究问题
三、我们的技术优势
四、哪些项目适合优先采用 ChIP
五、项目实施流程
六、交付内容与报告标准
七、周期与报价方式
八、博恩优势
附录A ChIP 与 RIP、DNA pull-down、RNA pull-down、EMSA、荧光素酶报告基因的应用区别
附录B 样本要求与送样说明
附录C 关键质量控制点
附录D 标准实验流程
附录E 常见检测对象与分析策略
附录F 常见问题
附录G 常见转录因子与辅转录因子信息
附录H 常用启动子与转录因子预测工具网站

一、服务概述

1.1 服务内容

本服务围绕 ChIP 实验关键环节展开，涵盖前期方案评估、目标蛋白可行性判断、抗体应用评估、样本处理建议、引物设计支持、实验执行、结果分析及终版报告整理。对于已明确候选位点的项目，可开展 ChIP-qPCR / ChIP-PCR 验证；对于需要进一步拓展研究的项目，也可为后续 ChIP-seq 前验证提供支持。

1.2 适用客户

本服务适用于高校与科研院所开展转录调控研究、表观遗传研究及论文机制数据补充，也适用于医药企业开展药物作用机制验证，以及生物技术企业进行抗体应用验证、候选靶点机制研究和前期方法确认。

1.3 适用研究方向

本服务适用于转录因子与启动子或增强子结合验证、组蛋白修饰富集检测、药物干预前后蛋白-DNA 结合变化研究、表观遗传调控研究、已知 motif 或候选位点验证，以及 ChIP-seq 前的小范围位点预验证。

二、我们可以解决的研究问题

2.1 转录因子是否在细胞内结合目标区域

当研究目标是判断某一转录因子是否在细胞内真实结合到目标启动子或增强子区域时，ChIP 是直接且具有较强解释力的技术路径之一。

2.2 组蛋白修饰是否在特定位点富集

当研究目标是评估 H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3 等组蛋白修饰在特定基因区域的富集情况时，ChIP 可提供位点层面的表观遗传证据。

2.3 药物或刺激处理是否改变蛋白-DNA 结合状态

对于处理组与对照组比较类项目，ChIP 可用于分析处理前后蛋白-DNA 结合增强、减弱或无明显变化，为机制研究与药效研究提供支持。

2.4 候选位点是否值得进一步深入研究

对于文献报道位点、生信预测位点或初步筛选出的候选区域，ChIP 可作为前期验证手段，帮助研究者快速判断其是否具有进一步研究价值。

三、我们的技术优势

3.1 先评估项目适配性，再制定实验方案

公司在项目启动前先对研究问题进行判断，不将 ChIP 作为所有问题的默认方案。对于更适合采用荧光素酶报告基因、EMSA、RIP、DNA pull-down、RNA pull-down 等技术解决的问题，会在前期沟通中给出方法建议，帮助客户减少技术路线偏差。

3.2 根据不同检测对象制定差异化策略

转录因子 ChIP 与组蛋白修饰 ChIP 在样本处理、抗体选择、信号强度预期和条件优化重点上存在明显差异。公司会根据具体检测对象制定相应策略，提升方案匹配度与实验可行性。

3.3 重视抗体适配性与样本条件评估

ChIP 的成功高度依赖抗体是否真正适用于 ChIP 应用，也依赖样本状态、交联条件和片段化质量。公司在项目评估阶段即关注这些关键影响因素，从源头降低实验失败风险。

3.4 强调阳性位点、阴性位点与对照体系的合理设计

仅有目标位点而缺少合理对照，往往会导致结果可解释性不足。公司在项目设计中重视输入对照、IgG 对照、阳性位点、阴性位点及引物区域设计，使结果更具说服力。

3.5 提供适用于科研应用的结构化交付结果

除原始 qPCR 数据外，项目还可提供富集分析结果、统计图、图注说明、结果描述及整理版图版，便于客户直接用于论文撰写、项目汇报、课题申报与结题材料整理。

四、哪些项目适合优先采用 ChIP

4.1 适合优先采用 ChIP 的项目

当研究问题是“某蛋白是否在细胞内结合某段 DNA 区域”时，应优先考虑 ChIP。常见情形包括转录因子结合验证、组蛋白修饰富集分析、药物处理前后结合变化比较，以及表观遗传调控相关验证。

4.2 不建议优先采用 ChIP 的项目

当研究问题是“某启动子突变后功能活性是否变化”时，更适合优先采用荧光素酶报告基因；当研究问题是“某蛋白是否能在体外直接结合某段 DNA motif”时，更适合优先采用 EMSA 或 DNA pull-down；当研究问题是“某 RNA 结合蛋白结合了哪些 RNA”时，更适合优先采用 RIP；当研究问题是“某 RNA 能结合哪些蛋白”时，更适合优先采用 RNA pull-down。对于不以体内蛋白-DNA 结合为核心问题的项目，ChIP 通常不是优先选择。

五、项目实施流程

5.1 客户提交方案

客户提交研究目的、目标蛋白、候选位点、样本类型、物种信息、处理条件及参考文献等基础资料。

5.2 开展方案评估

对项目是否适合 ChIP、适合哪一类 ChIP，以及抗体、引物和对照体系是否合理进行评估。

5.3 反馈问题并优化方案

对方案中存在的潜在问题进行反馈，例如目标问题与技术路线不匹配、缺少阳性对照、抗体应用依据不足、引物区域不合理或片段化策略不匹配等，并提出优化建议。

5.4 出具正式报价

根据样本数量、目标蛋白数量、检测位点数量、实验类型、是否需要引物设计验证、是否需要重复实验及是否需要发表级图版整理等因素进行报价。

5.5 签订合同并支付预付款

双方确认合作内容、项目周期和交付标准后，签订合同并支付预付款。

5.6 开始实验执行

实验进入交联、裂解、染色质片段化、免疫沉淀、洗涤、解交联、DNA 纯化、qPCR 检测与数据分析流程。

5.7 提交 PDF 结果报告

实验完成后，先提交 PDF 版结果报告供客户审核和确认。

5.8 支付尾款并提交完整资料

尾款支付完成后，提交终版报告、原始数据、富集分析结果、统计图及整理后的完整交付文件。

六、交付内容与报告标准

6.1 标准交付内容

项目交付内容包括中文版实验报告、样本信息、抗体信息、实验方法、交联与片段化条件说明、引物信息、原始 qPCR 数据、输入对照结果、IgG 对照结果、富集倍数分析结果、统计分析图、图注、结果描述、结论总结及完整终版报告。

6.2 报告整理方式

报告将围绕样本信息、实验方法、对照结果、目标位点结果、数据分析、结果解释和结论总结进行结构化整理，便于客户直接用于课题研究、论文资料、项目申报、结题汇报及内部汇报展示。

6.3 售后支持内容

项目完成后提供持续售后支持，包括结果解释、阳性位点与阴性位点说明、图版整理、投稿补充材料支持及后续问题答疑。

七、周期与报价方式

7.1 项目周期

常规 ChIP-qPCR 项目周期通常为20—30个工作日。若项目涉及低丰度转录因子、复杂组织样本、组蛋白修饰检测、多位点检测、引物设计验证、片段化条件优化、重复实验或发表级图版整理，项目周期将相应延长。

7.2 报价因素

报价主要依据样本数量、目标蛋白数量、检测位点数量、实验类型、是否需要引物设计与验证、是否需要条件优化与重复实验，以及是否需要统计分析和发表级图版整理等因素综合确定。

八、博恩优势

南京博恩生物技术有限公司提供面向科研客户与医药企业的 ChIP 实验外包服务，覆盖转录因子结合验证、组蛋白修饰富集分析、药物处理前后蛋白-DNA 结合变化检测及发表级数据整理。公司在项目执行中重视前期方法判断、样本与抗体评估、对照体系设计、关键质量控制及结果可解释性，不仅提供实验实施服务，也提供更适合科研使用场景的结构化交付与持续售后支持。项目可按照“方案评估—问题反馈—报价签约—实验执行—结果确认—完整交付”的标准流程推进，适用于课题研究、论文整理、项目申报及企业研发验证等多类应用场景。

附录A ChIP 与 RIP、DNA pull-down、RNA pull-down、EMSA、荧光素酶报告基因的应用区别

A.1 ChIP 与 RIP 的区别

ChIP 研究的是蛋白与 DNA 或染色质在细胞内的结合关系，回答的是某蛋白是否在体内结合到特定 DNA 区域；RIP 研究的是蛋白与 RNA 的结合关系，回答的是某 RNA 结合蛋白在细胞内结合了哪些 RNA。两者都属于免疫沉淀思路，但研究对象不同，ChIP 面向蛋白-DNA 调控，RIP 面向蛋白-RNA 调控。

A.2 ChIP 与 DNA pull-down 的区别

ChIP 的核心优势在于反映细胞内真实发生的染色质结合，适合回答体内结合问题；DNA pull-down 通常以生物素标记 DNA 片段作为诱饵，在体外捕获可能结合该 DNA 的蛋白，更适合开展候选结合蛋白筛选或验证体外结合能力。ChIP 更偏向体内真实结合证据，DNA pull-down 更偏向体外结合筛选与验证。

A.3 ChIP 与 RNA pull-down 的区别

ChIP 研究的是蛋白与 DNA 的关系；RNA pull-down 研究的是 RNA 与蛋白的关系。RNA pull-down 通常以特定 RNA 为诱饵，捕获可与之结合的蛋白，常用于lncRNA、circRNA等相关机制研究。两者研究对象、实验体系和应用场景不同，不能相互替代。

A.4 ChIP 与 EMSA 的区别

ChIP 用于分析某蛋白是否在细胞内真实结合某段染色质区域，强调体内结合状态；EMSA 用于分析蛋白是否能在体外直接结合某段DNA探针，强调直接结合能力。若研究问题是体外 motif 结合验证，EMSA 更合适；若研究问题是细胞内真实结合富集，ChIP 更合适。

A.5 ChIP 与荧光素酶报告基因的区别

ChIP 回答的是“某蛋白是否结合到某段DNA区域”，强调的是结合证据；荧光素酶报告基因回答的是“某启动子、增强子或结合位点是否引起转录活性变化”，强调的是功能输出。前者证明体内结合，后者证明调控片段是否影响表达活性，二者常可联合使用，但不能互相替代。

A.6 技术选择建议

当研究目标是判断转录因子或组蛋白修饰是否在细胞内富集于某个位点时，优先选择 ChIP；当研究目标是研究RNA结合蛋白对应的RNA靶标时，优先选择 RIP；当研究目标是寻找可与某段DNA序列结合的候选蛋白时，可考虑 DNA pull-down；当研究目标是寻找可与某条RNA结合的蛋白时，可考虑 RNA pull-down；当研究目标是验证蛋白是否可直接结合某段DNA motif 时，优先选择 EMSA；当研究目标是评估启动子、增强子或响应元件是否影响转录活性时，优先选择荧光素酶报告基因。

附录B 样本要求与送样说明

B.1 细胞样本

建议提供数量充足、状态良好的细胞样本。样本可按照方案交联后冻存，也可采用新鲜低温运输方式。该类型样本适用于多数常规 ChIP 项目。

B.2 组织样本

组织样本应尽快取材并低温处理，可采用低温运输或按方案交联固定。由于组织样本在裂解和片段化方面更依赖条件优化，因此前处理要求通常高于细胞样本。

B.3 已交联样本

对于已交联样本，需明确交联条件。样本一般应在-80℃保存或采用干冰运输。交联不足可能导致结合信号流失，交联过度则可能掩蔽表位并影响后续剪切与抗体结合。

B.4 染色质样本

对于客户已完成前处理的染色质样本，需提前沟通裂解体系和片段化体系，并保持低温运输。该类型适用于已有成熟前处理经验的项目。

B.5 客户需同步提供的信息

客户需与样本一并提供目标蛋白、候选位点、物种信息、样本类型、处理条件及参考文献等资料，以便完成阳性位点、阴性位点及 qPCR 引物设计。

附录C 关键质量控制点

C.1 抗体是否真正适用于 ChIP

并非所有可用于 WB 或 IF 的抗体都适用于 ChIP。抗体的 ChIP 适配性是项目成败的关键之一，必须在前期充分评估。

C.2 交联条件是否适度

交联不足会导致目标结合信号流失，交联过度则会影响表位暴露、抗体结合和后续片段化效果，因此需根据样本类型和检测对象合理控制交联条件。

C.3 染色质片段化是否达标

片段化质量直接影响 ChIP 分辨率与检测稳定性。片段过大会降低定位精度，片段过小则可能影响目标区域完整性和信号解释。

C.4 引物与位点设计是否合理

目标引物区域、阳性位点、阴性位点和扩增效率会直接影响结果可解释性。缺少合理对照体系时，即使检测到一定信号，也可能难以形成有说服力的结论。

C.5 数据判读是否基于完整对照

公司在结果分析中重视输入组、IgG组与目标抗体组的联合判读，结合 percent input、fold enrichment 或相对富集结果进行综合分析，避免单一数据维度造成误判。

附录D 标准实验流程

D.1 交联与裂解

通常采用甲醛交联固定蛋白-DNA复合物，再裂解细胞或组织以释放核组分。

D.2 染色质片段化

通过超声或酶切方式将染色质打断至适合 ChIP 的片段大小，为后续富集与检测提供基础。

D.3 免疫沉淀

加入目标蛋白抗体，并与相应 Protein A/G 支持物共同富集目标蛋白及其结合DNA。该步骤的关键在于抗体质量和体系适配性。

D.4 洗涤与回收复合物

通过洗涤去除非特异性背景，保留特异性富集复合物。

D.5 解交联与 DNA 纯化

将蛋白-DNA复合物解交联，并纯化获得用于下游分析的DNA片段。

D.6 qPCR / PCR 检测

针对已知候选位点设计引物，对免疫富集DNA进行 qPCR 或 PCR 检测。

D.7 数据分析与结果解释

比较目标抗体组、IgG组和输入组数据，输出 percent input、fold enrichment 或相对富集结果，并结合阳性位点和阴性位点作出解释。

附录E 常见检测对象与分析策略

E.1 转录因子检测

常见对象包括 p65、STAT3、HIF-1α、c-Myc 等，通常适合采用 ChIP-qPCR 或 ChIP-PCR，用于已知候选位点验证。

E.2 组蛋白修饰检测

常见对象包括 H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3 等，适合采用 ChIP-qPCR 或 ChIP-seq，常用于表观遗传调控研究。

E.3 辅因子与共调控蛋白检测

常见对象包括 p300、CBP、BRD4 等，通常适合采用 ChIP-qPCR，适用于增强子与转录复合物相关研究。

E.4 RNA 聚合酶相关检测

如 RNA Pol II 检测，通常可用于反映转录活跃程度，适合特定基因区域的状态分析。

E.5 不同研究深度下的分析策略

对于单个或少量候选位点验证，ChIP-qPCR 具有成本较低、速度较快的优势；对于全基因组结合图谱需求，则更适合采用 ChIP-seq 进行大范围筛查。

附录F 常见问题

F.1 ChIP 主要检测什么

ChIP 主要检测蛋白与特定DNA或染色质区域的结合富集情况，常用于转录因子结合位点验证和组蛋白修饰富集分析。

F.2 ChIP 与荧光素酶报告基因的区别是什么

ChIP 回答的是某蛋白是否结合到某段DNA区域，强调体内结合证据；荧光素酶报告基因回答的是某启动子、增强子或响应元件是否引起转录活性变化，强调功能输出。两者解决的问题不同，不能相互替代。

F.3 ChIP 与 EMSA 的区别是什么

ChIP 更适合分析细胞内真实发生的染色质结合，EMSA 更适合分析蛋白是否能在体外直接结合某段DNA探针。EMSA 不能替代 ChIP 的体内结合信息。

F.4 为什么需要输入对照和 IgG 对照

输入对照用于反映起始染色质量和总DNA水平，IgG对照用于评估非特异性沉淀背景。二者都是保证结果可靠性和可解释性的重要对照。

F.5 结果是否可用于论文与汇报整理

项目交付内容包含原始 qPCR 数据、输入对照、IgG 对照、富集分析图、图注说明及整理版图版，可用于论文资料整理、项目汇报和结题材料准备。

附录G 常见转录因子与辅转录因子信息

以下内容用于项目沟通、位点筛选与机制假设建立。所列为研究中常见的代表性转录因子及其对应辅转录因子/共调控因子，优先纳入经典通路相关因子。

G.1 NF-κB p65（RELA）— p300 / CBP
常见于炎症反应、免疫调控与应激反应研究。

G.2 NF-κB p50（NFKB1）— BCL3 / HDAC1
常用于炎症、免疫和转录抑制/激活转换研究。

G.3 STAT3 — p300 / CBP
常见于肿瘤、炎症与细胞因子信号通路研究。

G.4 STAT1 — CBP / BRG1
常用于干扰素信号、抗病毒与免疫应答研究。

G.5 STAT5A / STAT5B — NCOA1 / p300
常见于造血、乳腺发育及细胞因子反应研究。

G.6 HIF-1α — p300 / CBP
常用于缺氧应答、肿瘤代谢与血管生成研究。

G.7 HIF-2α（EPAS1）— p300 / SRC-1
常见于缺氧、干性维持与肿瘤适应性研究。

G.8 c-Myc — TRRAP / GCN5
常见于细胞增殖、代谢重编程与肿瘤研究。

G.9 N-Myc — TRRAP / TIP60
常用于神经发育与神经母细胞瘤研究。

G.10 p53 — p300 / CBP
常用于 DNA 损伤、细胞周期阻滞与凋亡研究。

G.11 p63 — p300 / BRG1
常见于上皮分化与发育调控研究。

G.12 p73 — YAP / p300
常用于凋亡、发育和应激调控研究。

G.13 ERα（ESR1）— SRC-1 / NCOA1
常见于乳腺癌、激素应答与核受体转录调控研究。

G.14 ERβ（ESR2）— SRC-2 / CBP
常见于激素反应、代谢和组织特异性调控研究。

G.15 AR — SRC-1 / NCOA1
常见于前列腺癌与雄激素信号通路研究。

G.16 PR（PGR）— SRC-2 / p300
常用于生殖内分泌、乳腺和子宫相关研究。

G.17 GR（NR3C1）— SRC-1 / NCOA1
常用于糖皮质激素应答、炎症抑制与代谢调控研究。

G.18 MR（NR3C2）— SRC-1 / CBP
常见于离子稳态、肾脏和心血管调控研究。

G.19 PPARα — RXRα / PGC-1α
常用于脂肪酸氧化、肝脏代谢与能量稳态研究。

G.20 PPARβ/δ — RXRα / PGC-1α
常见于脂代谢、运动适应和能量消耗研究。

G.21 PPARγ — RXRα / PGC-1α
常用于脂肪生成、胰岛素敏感性、糖脂代谢与炎症调控研究，是常见且经典的核受体转录因子之一。

G.22 LXRα（NR1H3）— RXRα / SRC-1
常见于胆固醇代谢与脂质稳态研究。

G.23 FXR（NR1H4）— RXRα / PGC-1α
常用于胆汁酸代谢、肝脏稳态与代谢疾病研究。

G.24 VDR — RXRα / SRC-1
常见于维生素D信号、骨代谢和免疫调控研究。

G.25 RARα — RXRα / p300
常用于维甲酸信号、分化和发育研究。

G.26 RXRα — PPARγ / LXRα
常作为多类核受体的异源二聚体伙伴，适合核受体相关研究。

G.27 SMAD2 — SMAD4 / p300
常用于 TGF-β 通路、EMT 与纤维化研究。

G.28 SMAD3 — SMAD4 / p300
常见于 TGF-β 信号、纤维化、EMT 与肿瘤转移研究。

G.29 SMAD4 — SMAD2 / SMAD3
为 TGF-β / BMP 通路核心共转导因子，常见于信号整合研究。

G.30 β-catenin / TCF4 — BCL9 / CBP
常用于 Wnt 信号、干细胞稳态与肿瘤发生研究。

G.31 LEF1 — β-catenin / PYGO2
常见于发育、淋巴细胞分化和 Wnt 通路研究。

G.32 GLI1 — CBP / BRD4
常用于 Hedgehog 通路、发育与肿瘤研究。

G.33 GLI2 — SUFU / CBP
常见于 Hedgehog 信号调控与转录活性转换研究。

G.34 RBPJ — NICD / MAML1
为 Notch 通路经典 DNA 结合转录因子复合体核心组成。

G.35 TEAD4 — YAP / TAZ
常见于 Hippo 通路、细胞增殖与器官大小调控研究。

G.36 TEAD1 — YAP / VGLL4
常用于 Hippo 信号激活与抑制平衡研究。

G.37 AP-1（c-Jun）— p300 / JAB1
常见于应激、炎症、增殖和肿瘤侵袭研究。

G.38 AP-1（c-Fos）— p300 / CBP
常用于刺激应答、炎症和分化研究。

G.39 ATF2 — p300 / JNK 相关复合体
常见于应激反应、DNA损伤与炎症研究。

G.40 CREB — CBP / CRTCs
常用于 cAMP 信号、代谢、神经可塑性与转录激活研究。

G.41 FOXO1 — PGC-1α / SIRT1
常见于糖异生、代谢调控、应激与细胞命运研究。

G.42 FOXO3 — p300 / SIRT1
常用于氧化应激、衰老、凋亡与代谢调控研究。

G.43 FOXA1 — ERα / GATA3
常作为先导因子参与核受体相关染色质开放与转录调控。

G.44 SP1 — p300 / HDAC1
既可促进表达，也可在部分背景下参与转录抑制。

G.45 E2F1 — RB / p300
常见于细胞周期、DNA复制起始和肿瘤研究。

G.46 NRF2（NFE2L2）— sMaf / CBP
常用于氧化应激、解毒反应和抗氧化基因调控研究。

G.47 BACH1 — HDAC1 / MafK
常见于氧化还原平衡、血红素代谢和应激应答研究。

G.48 RUNX1 — CBFβ / p300
常见于造血分化、白血病与发育调控研究。

G.49 GATA3 — FOXA1 / p300
常用于免疫分化、乳腺上皮及激素相关调控研究。

G.50 SOX2 — OCT4 / NANOG
常见于干细胞多能性维持与重编程研究。

G.51 OCT4（POU5F1）— SOX2 / NANOG
常用于胚胎干细胞和诱导多能干细胞研究。

G.52 NANOG — OCT4 / SOX2
常见于多能性维持与胚胎发育相关研究。

G.53 BRD4 — P-TEFb（CDK9 / Cyclin T1）
常用于超级增强子、转录延伸与肿瘤依赖性转录研究。

G.54 C/EBPα — p300 / SWI/SNF 复合体
常见于脂肪分化、肝脏代谢与髓系分化研究。

G.55 C/EBPβ — p300 / MED1
常用于炎症、脂肪生成和急性期反应研究。

附录H 常用启动子与转录因子预测工具网站

H.1 JASPAR
适用场景：查询转录因子结合基序、下载 motif、进行结合位点预测与 motif 比对。
特点：开放获取，适合常规转录因子结合位点分析与候选位点初筛。

H.2 AnimalTFDB
适用场景：查询动物转录因子、转录辅因子分类、家族信息及注释。
特点：适合做候选转录因子与辅因子背景筛查，也适合补充基因家族信息。

H.3 hTFtarget
适用场景：查询人类转录因子与靶基因调控关系，辅助筛选可能的上游调控因子。
特点：适合做人源机制研究的前期检索。

H.4 MEME Suite / FIMO
适用场景：将已知 motif 扫描到目标启动子或候选 DNA 序列中。
特点：适合已知转录因子基序的序列扫描，也适合与 motif 数据库联合使用。

H.5 EPD（真核启动子数据库）
适用场景：查询真核生物启动子信息、转录起始位点附近区域与参考启动子注释。
特点：适合做启动子区段确定、转录起始位点邻近区域分析与序列提取。

H.6 UCSC Genome Browser
适用场景：查看目标基因组区域、启动子上下游位置、CpG 岛、保守性及公开注释轨道。
特点：适合结合基因结构与注释信息综合判断候选启动子区域。

H.7 PlantCARE
适用场景：植物启动子及顺式作用元件分析。
特点：适合植物相关课题开展启动子元件检索与功能元件初步筛查。

H.8 使用建议

若研究对象为动物或人源样本，通常可优先采用“JASPAR + FIMO + UCSC Genome Browser”的组合开展候选启动子与转录因子结合位点初筛；若需要补充转录因子家族与辅因子信息，可联合使用 AnimalTFDB；若研究对象为植物样本，可优先考虑 PlantCARE。上述工具更适合用于前期筛选与假设建立，最终仍建议结合 ChIP-qPCR、ChIP-PCR、报告基因实验或其他功能实验进行验证。