分子生物学实验
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ChIP 实验服务
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服务定位

南京博恩生物可面向高校、科研院所、医院基础科研团队、医药企业和生物技术企业,提供 ChIP 实验外包服务。服务内容可覆盖前期方案评估、目标蛋白可行性判断、抗体应用评估、样本处理建议、候选位点与引物设计支持、交联裂解、染色质片段化、免疫沉淀、DNA 纯化、ChIP-qPCR / ChIP-PCR 检测、数据分析和结果报告整理。

ChIP 实验适用于转录因子结合位点验证、组蛋白修饰富集分析、启动子/增强子区域结合检测、药物或刺激处理前后蛋白-DNA 结合变化比较、表观遗传调控验证,以及 ChIP-seq 前的小范围位点预验证。

ChIP实验原理

ChIP 即染色质免疫沉淀。实验通常先通过交联固定细胞或组织内的蛋白-DNA 复合物,再将染色质片段化,随后利用特异性抗体富集目标蛋白及其结合的 DNA 片段,最后通过 qPCR 或 PCR 检测目标区域是否存在富集。

ChIP 回答的是一个非常具体的问题:某个蛋白是否在细胞内真实染色质环境下富集于某一段 DNA 或染色质区域。

因此,ChIP 常用于验证转录因子是否结合目标基因启动子、增强子或候选调控区域;也可用于检测 H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3 等组蛋白修饰是否在某一目标区域富集。

需要注意的是,ChIP 能证明“结合或富集”,但不能单独证明“该区域具有转录激活功能”或“目标基因表达一定发生变化”。如果需要进一步说明启动子或增强子功能,通常还需要结合 qPCR、Western blot、荧光素酶报告基因或功能实验共同判断。

博恩可提供的ChIP服务内容

1、ChIP-qPCR

适用于已知候选位点的定量富集分析。若客户已有目标启动子、增强子、motif 区域或文献报道位点,可通过 ChIP-qPCR 比较目标抗体组、Input、IgG 以及不同处理组之间的富集差异。

2、ChIP-PCR

适用于目标位点是否富集的基础验证。对于探索性项目或初步判断目标蛋白是否结合某一候选区域的项目,可根据实验目的采用 ChIP-PCR 进行基础检测。

3、转录因子ChIP

适用于验证转录因子是否结合目标启动子或增强子区域。常见对象包括 NF-κB p65、STAT3、HIF-1α、c-Myc、SMAD3、β-catenin、PPARγ、NRF2 等。

4、组蛋白修饰ChIP

适用于检测特定组蛋白修饰在目标区域的富集情况。常见对象包括 H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3 等,可用于启动子活性、增强子活性或抑制性染色质状态分析。

5、辅因子与共调控蛋白ChIP

适用于 p300、CBP、BRD4、RNA Pol II 等染色质相关蛋白或共调控因子在目标区域的富集检测。该类实验常用于增强子、超级增强子、转录复合物和转录活跃状态相关研究。

6、药物或刺激处理前后ChIP比较

适用于比较对照组和处理组中目标转录因子、组蛋白修饰或共调控因子在目标位点的富集变化。例如药物处理、炎症刺激、缺氧处理、基因敲低或过表达后,目标蛋白与候选调控区域的结合是否发生改变。

7、ChIP-seq前预验证

若客户后续计划开展 ChIP-seq,可先通过 ChIP-qPCR 对候选抗体、样本状态和已知阳性位点进行预验证,判断实验体系是否具备继续进入全基因组结合图谱分析的基础。

适用客户与项目场景

1、高校、医院、科研院所

适用于转录调控、表观遗传调控、转录因子直接结合、组蛋白修饰富集、机制补充实验和课题数据完善。

2、医药企业

适用于药物处理前后转录因子结合变化、靶点调控验证、药物作用机制验证和候选机制确认。

3、生物技术企业

适用于抗体应用验证、候选靶点机制研究、技术平台验证和功能产品机制说明。

4、已有候选调控区域的项目

适合开展 ChIP-qPCR 或 ChIP-PCR,验证目标蛋白是否富集于该区域。

5、生信预测后需要实验验证的项目

适合对 JASPAR、FIMO、UCSC Genome Browser 等工具预测出的候选转录因子结合位点进行位点级实验验证。

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