从细胞状态识别到疾病机制闭环的系统研究服务

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供围绕细胞表型转化、谱系可塑性与疾病机制关联的系统研究服务。公司聚焦 EMT/EMP、EndMT、巨噬细胞状态重塑与 MMT、成纤维细胞活化与异质化、血管平滑肌细胞表型转换、脂肪与骨向命运偏移、周血管细胞重塑以及肿瘤细胞可塑性与治疗诱导谱系切换等方向，帮助客户从“观察到细胞变化”进一步推进到“明确状态性质、转化方向、功能后果与机制驱动”的完整研究闭环。

与传统仅关注单一 marker 或局部现象的研究思路不同，南京博恩更强调从组成、状态、功能与轨迹四个层面系统理解细胞表型变化，将细胞状态变化放回具体疾病场景中进行解释，使研究结果不仅具备检测意义，还具备机制解释价值、论文支撑价值和转化应用价值。无论研究对象是肿瘤转移与耐药、器官纤维化、血管重塑、炎症免疫、代谢疾病、骨代谢疾病，还是组织修复与再生，公司均可围绕客户课题构建更清晰、更可靠、更适合发表与转化的研究方案。

导读

一、公司定位与综合价值
二、核心优势
三、项目设计原则
四、服务方向与研究内容
五、应用场景与项目价值
六、适合合作的项目阶段
七、服务流程与交付内容
附录A 重点观察内容
附录B 关键调控通路
附录C 各谱系标志物体系与种属注意事项
附录D 平台配套与技术支撑能力

一、公司定位与综合价值

1.1 公司定位

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供围绕细胞表型转化、谱系可塑性与疾病机制关联的系统研究服务。公司聚焦 EMT/EMP、EndMT、巨噬细胞状态重塑与 MMT、成纤维细胞活化与异质化、血管平滑肌细胞表型转换、脂肪与骨向命运偏移、周血管细胞重塑，以及肿瘤细胞可塑性与治疗诱导谱系切换等方向，帮助客户从识别细胞变化进一步推进到明确状态性质、转化方向、功能后果与机制驱动的完整研究闭环。

1.2 综合价值

与仅围绕单一标志物或局部现象开展研究的思路相比，南京博恩更强调从组成、状态、功能与轨迹四个层面系统理解细胞表型变化，并将细胞状态变化放回具体疾病场景中进行解释。这样形成的研究结果既具备检测价值，也具备机制解释价值、论文支撑价值和转化应用价值。

无论研究对象涉及肿瘤转移与耐药、器官纤维化、血管重塑、炎症免疫、代谢疾病、骨代谢疾病，还是组织修复与再生，公司均可围绕客户课题构建更清晰、更可靠、更适合发表与转化的研究方案。

1.3 适用客户与项目场景

本方案适用于基础机制探索、论文补实验、基金申报支撑、药物作用机制验证、动物模型配套研究、组织样本验证及转化研究等多类项目场景，尤其适合对细胞状态变化、谱系转换和复杂病理重塑有较高研究要求的客户。

二、核心优势

2.1 不以单一标志物替代谱系结论

高质量的细胞表型转化研究，不能仅依据少数标志物上调或下调直接作出结论。例如，E-cadherin 下降并不能直接说明已完成 EMT，CD31 下降也不能直接说明已完成 EndMT，α-SMA 升高同样不能直接说明所有成纤维细胞均已进入肌成纤维样状态。公司在项目设计中强调避免将“标志物变化”等同于“谱系结论”的常见误判，更重视通过多维证据交叉验证提高结论质量。

2.2 强调“组成—状态—功能—轨迹”四层证据链

公司在细胞表型转化研究中通常围绕四层证据链开展设计。第一层是组成变化，即某类细胞是否增多或减少；第二层是状态变化，即细胞是否进入新的功能状态；第三层是功能变化，即迁移、侵袭、收缩、吞噬、分泌或修复等能力是否发生改变；第四层是轨迹变化，即这种变化究竟属于短暂应激、部分转化、可逆切换，还是方向性重塑。通过这四层证据整合，可以更完整地解释细胞变化在疾病中的意义。

2.3 重视连续谱、中间态与动态过程识别

当前 EMT、EndMT、免疫细胞可塑性、血管平滑肌细胞重塑以及肿瘤治疗诱导谱系切换等研究，越来越强调连续谱与中间状态，而不再局限于传统二分法判断。公司在方案设计中重视部分转化、混合状态和动态可逆变化的识别，避免将复杂表型简单归类。

2.4 强调功能解释与疾病场景对应

同一类表型变化在不同疾病背景和不同阶段中的意义并不相同。部分 EMT 在组织修复中可能代表适应性应答，在肿瘤中则更可能与侵袭和耐药相关；部分 EndMT 可参与病理性血管新生，持续 EndMT 更常与纤维化和血管硬化相关。因此，公司在项目中不仅判断是否发生变化，也重视解释这种变化在具体疾病中意味着什么。

2.5 强调机制验证与结果闭环

对于需要深入研究机制的项目，公司可进一步增加基因操作、阻断与补回、药物干预、共培养、组织层验证及多模型交叉验证，使研究从现象观察推进到因果推断与机制闭环，更适合高质量论文发表和转化研究需求。

三、项目设计原则

3.1 先区分组成变化与状态变化

若研究目标只是观察某类细胞数量变化，组成分析即可满足需求；若研究目标是细胞表型转化，则必须进一步判定细胞是否进入新的功能状态，不能停留在数量差异层面。

3.2 再界定完全转化、部分转化或状态漂移

在 EMT、EndMT、免疫细胞重塑和肿瘤可塑性研究中，完全转化并非唯一结论。很多课题更符合部分转化、连续谱中间态或治疗压力下状态漂移的特征，因此需要在实验设计中预留足够证据，用于区分不同类型的变化。

3.3 同时评估分子、形态、功能与时序

高质量项目通常不能只保留分子层结果，还应同时纳入形态学证据、功能学证据和动态变化证据，必要时补充空间层面或组织层面验证，以支撑更稳健的研究结论。

3.4 区分谱系来源变化与环境诱导状态重塑

许多表型变化的本质并非细胞真正更换谱系，而是受微环境驱动形成的状态切换、部分转化或应激适应。因此在设计中必须明确，项目要解决的是“来源问题”还是“状态问题”。

3.5 最终回到疾病机制与药效解释

所有表型研究的终点不应停留在“看到了变化”，还应进一步回答这种变化与疾病进展、组织重塑、药物响应、治疗耐受或功能恢复之间的关系。

四、服务方向与研究内容

4.1 EMT / EMP 研究方向

（1）经典 EMT 研究

公司可开展经典 EMT 研究，用于解析上皮细胞失去极性、细胞间连接松解以及间质样迁移能力增强的过程。该方向适用于肿瘤侵袭与转移、组织纤维化、伤口修复和慢性炎症等场景。研究设计中通常不仅评估 E-cadherin、细胞骨架及间质相关标志物的变化，还关注迁移、侵袭、黏附、基底膜相互作用及耐药相关表型。

（2）部分 EMT 与 EMP 研究

当前越来越多研究表明，EMT 并非简单的“全有或全无”开关，更常表现为部分 EMT 或上皮—间质可塑性。公司可围绕 E/M 混合状态、中间态持续性、集体迁移和治疗诱导可塑性进行系统设计。该方向尤其适用于肿瘤侵袭前沿、循环肿瘤细胞状态分析、转移灶定植前后比较以及治疗耐受机制研究。

（3）EMT 与肿瘤干性、代谢重编程联动研究

EMT 相关项目常与肿瘤干性增强、免疫逃逸、代谢重塑及耐药形成交织出现。公司可结合球体形成、药物敏感性、干性标志物、代谢功能读出及治疗刺激模型，对 EMT 与干样状态的联动进行分析，使项目从状态变化进一步延伸到功能驱动层面。

（4）MET 与可逆性研究

对于转移灶定植、组织再生及部分药物逆转研究，公司也可开展 MET 或 EMT/MET 可逆性设计。该方向有助于识别细胞在不同微环境中如何完成可逆切换，并为转移后定植、再上皮化及治疗再敏感化研究提供证据。

4.2 EndMT 研究方向

（1）经典 EndMT 研究

公司可开展内皮—间质转化研究，关注内皮细胞丧失屏障特征、细胞连接改变、迁移能力上升并获得间质样表型的过程。该方向广泛适用于心血管疾病、器官纤维化、血管重塑及肿瘤血管异常研究。

（2）部分 EndMT 研究

部分 EndMT 在动脉粥样硬化、异常血管新生、炎症性血管损伤及微循环病变中尤为重要。此类变化通常并不伴随完全内皮身份丢失，而是表现为部分间质程序启动、通透性升高、炎症黏附增强及屏障不稳。公司可围绕多标志物联合、功能读出与时序设计识别这一中间状态。

（3）EndMT 向纤维化与 CAF 样方向延伸的研究

在肿瘤微环境、慢性器官损伤和持续炎症中，EndMT 有时可进一步向更强的基质重塑状态或 CAF 样状态延伸。公司可在 EndMT 基础上增加细胞外基质、成纤维样功能和组织定位分析，用于判定其是否参与纤维化细胞来源构成或促肿瘤基质形成。

（4）EndMT 与血管功能损伤联动研究

对于强调疾病功能结果的项目，公司可进一步配置内皮屏障、通透性、迁移、血管生成样行为及炎症黏附实验，使 EndMT 研究从标志物变化延伸到真实血管功能损伤的解释。

4.3 巨噬细胞状态重塑与 MMT 研究方向

（1）巨噬细胞连续谱状态研究

公司可开展巨噬细胞状态重塑研究，从传统 M1/M2 二分扩展到连续谱视角，重点分析炎症型、修复型、免疫抑制型、脂代谢相关型及组织特异性状态变化。该方向适用于肿瘤微环境、代谢炎症、慢性感染、器官修复及纤维化等多类场景。

（2）单核—巨噬细胞分化与组织驻留巨噬细胞重塑研究

对于需要解析来源与状态耦合关系的课题，公司可将单核细胞募集、局部分化与驻留巨噬细胞状态重塑纳入同一方案设计。该方向有助于回答究竟是外周补充细胞介入，还是原位驻留群体发生功能重塑。

（3）泡沫化、耗竭样与代谢重编程型巨噬细胞研究

在动脉粥样硬化、肥胖、脂肪组织炎症及肿瘤中，巨噬细胞常伴随脂滴积累、胆固醇流动改变、线粒体代谢重塑或持续刺激后的耗竭样改变。公司可围绕脂质代谢、吞噬、炎症因子和代谢功能读出开展综合评价。

（4）MMT 研究

MMT 指巨噬细胞获得肌成纤维样特征，在肾、肺、心及其他器官纤维化中具有重要研究价值。公司在该方向中强调双重标记证据、功能读出、多时间点及组织层验证，避免仅凭共定位直接下结论。若项目需要深入机制，也可进一步加入 TGF-β 依赖通路、微环境因子及干预实验。

4.4 成纤维细胞活化与异质化研究方向

（1）静息成纤维细胞向活化成纤维细胞转化研究

该方向主要围绕损伤、炎症和修复早期的成纤维细胞激活展开，重点考察分泌增强、迁移增强、细胞外基质合成启动及力学感受变化，适用于各器官损伤修复、纤维化前期和组织重塑项目。

（2）成纤维细胞向肌成纤维细胞转化研究

该方向适用于器官纤维化、瘢痕形成、慢性损伤和硬化相关研究。项目设计中不仅观察 α-SMA 与胶原等指标，还强调收缩能力、细胞外基质沉积、机械应答及持续激活状态，以区分短暂修复性激活与病理性持续激活。

（3）炎性成纤维细胞与免疫调节型成纤维细胞研究

在慢性炎症、自身免疫病、肿瘤及修复后期，成纤维细胞可分化为炎症放大型或免疫调节型亚群。公司可结合细胞因子谱、趋化因子、免疫共培养及空间定位分析其在炎症持续、免疫耐受或修复中的作用。

（4）CAF 异质化研究

CAF 已从单一群体逐步扩展为多亚群框架。公司可围绕 myCAF、iCAF、apCAF 及其他基质主导或代谢相关亚群开展分层研究，适用于肿瘤侵袭、免疫治疗响应、基质屏障、药物递送障碍和复发耐药研究。该方向强调不同 CAF 亚群的空间分布、功能差异及治疗场景相关性。

4.5 血管壁与周血管细胞可塑性研究方向

（1）血管平滑肌细胞收缩型—合成型转换研究

该方向是血管损伤、再狭窄与粥样硬化研究中的经典主线。公司可围绕收缩功能减弱、增殖迁移增强、细胞外基质分泌增加及血管重塑加深进行系统设计。

（2）血管平滑肌细胞炎症样、泡沫样与巨噬样状态研究

在慢性炎症与斑块进展过程中，血管平滑肌细胞可进入炎症样、泡沫样甚至巨噬样表型。公司可通过收缩标志物、炎症因子、脂质负荷、吞噬能力和空间证据联动分析，避免将其误判为真正的免疫细胞替代。

（3）血管平滑肌细胞成骨样与软骨样转化研究

该方向适用于血管钙化、晚期斑块和慢性重塑项目。研究中可加入 RUNX2、ALPL、SOX9、矿化染色及相关功能实验，用于解释血管硬化和异位矿化机制。

（4）周细胞向间质样状态偏移研究

周细胞在肿瘤血管、纤维化、脑血管屏障破坏及修复异常中具有显著可塑性。公司可围绕周细胞标志物、细胞外基质相关分子、收缩与迁移能力及屏障功能变化，识别其是否由支持性壁细胞向病理性间质样状态偏移。

4.6 脂肪、骨与间充质命运偏移研究方向

（1）MSC / 间充质祖细胞成骨—成脂命运平衡研究

该方向适用于骨质疏松、骨髓脂肪化、衰老相关骨量下降及代谢性骨病研究。公司可围绕同一祖细胞在骨与脂方向间的命运选择进行分层分析，帮助解释骨量下降与脂肪积聚并行发生的原因。

（2）白脂向米色 / 棕色样转化研究

在肥胖、寒冷刺激、代谢改善和能量消耗研究中，白脂肪向产热样状态转化具有重要意义。公司可从热量代谢、线粒体功能、产热标志物及脂滴重塑几个层面展开设计。

（3）脂肪前体细胞病理重塑研究

当前研究越来越重视脂肪前体细胞及脂肪基质前体细胞的异质性，以及其在肥胖、慢性炎症、纤维化和代谢异常中的状态偏移。公司可针对病理性基质化、促炎转录程序或抗成脂程序开展研究。

（4）脂肪细胞去分化与细胞外基质重塑样转变研究

成熟脂肪细胞在某些病理条件下可失去脂肪身份，回到更接近前体样或基质样状态。该方向适合组织重塑、慢性炎症、肿瘤相关脂肪重塑及局部纤维化研究。

（5）异位骨样与软骨样转化研究

在血管钙化、异位骨化、退行性病变和损伤后异常修复中，非骨组织细胞可启动成骨或软骨样程序。公司可围绕谱系标志物、组织定位、矿化功能读出及功能后果展开研究设计。

4.7 肿瘤细胞谱系可塑性与治疗诱导转化研究方向

（1）肿瘤细胞 EMT/EMP 与侵袭播散研究

该方向聚焦肿瘤细胞侵袭性增强、迁移能力提高，以及其与肿瘤干性、免疫逃逸联动的状态变化，适用于转移启动、循环播散和复发机制研究。

（2）肿瘤干样状态切换研究

公司可围绕干样状态的形成、维持和逆转进行系统设计，适用于耐药、休眠、定植及复发研究。该方向通常需结合球体形成、药敏试验和干性标志物共同判断。

（3）增殖型—侵袭型切换研究

在黑色素瘤及部分高可塑肿瘤中，细胞可在高增殖和高侵袭状态之间切换。公司可结合功能实验、转录状态及治疗刺激模型，分析这种可塑性如何影响转移与耐药。

（4）神经内分泌样转分化、鳞状样转分化与谱系切换研究

治疗压力下的组织学转化已成为耐药研究的重要方向。公司可围绕神经内分泌样、鳞状样及其他谱系切换进行比较研究，重点纳入治疗前后样本、组织学证据、状态标志物与功能转变证据，用于解析靶向治疗、内分泌治疗或化疗后的获得性耐药。

五、应用场景与项目价值

5.1 EMT / EMP 相关应用场景与项目价值

在肿瘤转移研究中，EMT / EMP 是解析侵袭启动、集体迁移、播散和微环境适应的关键入口。对于这类项目，公司可帮助客户从单纯标志物观察升级为状态、功能、耐药与干性联动分析，从而增强论文中关于侵袭和复发机制的说服力。

在治疗耐受研究中，EMT / EMP 还可作为化疗、靶向治疗和放疗后细胞状态漂移的重要解释框架。公司可通过药物刺激前后比较、时序设计和功能读出，帮助客户判断耐药究竟源于细胞存活筛选，还是源于状态重编程。

在修复与再生研究中，短暂 EMT 往往与上皮修复、再上皮化和屏障重建有关。公司可帮助区分修复性短暂 EMT 与持续病理性 EMT，从而使项目结论更贴近组织生物学真实过程。

5.2 EndMT 相关应用场景与项目价值

在心血管疾病研究中，EndMT 可用于解释内皮功能失衡、斑块进展、瓣膜病、血管硬化和再狭窄等问题。公司可通过 EndMT 与血管功能读出联动，帮助客户将内皮身份变化落实到疾病功能损伤层面。

在器官纤维化研究中，EndMT 为解释纤维化来源复杂性提供了重要切口。对于肾、肺、心、肝等器官损伤项目，公司可协助客户判断 EndMT 在纤维化中是主要驱动、次要参与，还是体现局部中间态改变，从而降低过度解释的风险。

在肿瘤血管异常研究中，EndMT 还可用于分析异常血管、屏障失稳、免疫细胞进入障碍和促肿瘤基质形成等问题，使项目更容易与肿瘤微环境和免疫治疗话题接轨。

5.3 巨噬细胞状态重塑与 MMT 应用场景与项目价值

在炎症免疫和慢性损伤研究中，巨噬细胞状态重塑常是决定疾病走向的关键变量。公司可帮助客户将传统极化研究升级为连续谱、组织特异性和代谢重编程一体化设计，从而提升课题的现代性和发表潜力。

在纤维化研究中，MMT 为肌成纤维细胞来源这一经典问题提供了新的解释维度。公司可帮助客户构建从巨噬细胞状态变化、双重标记、微环境刺激到细胞外基质生成和组织硬化的证据链，使项目更具深度。

在动脉粥样硬化、肥胖与代谢炎症研究中，泡沫化巨噬细胞、脂肪组织巨噬细胞重塑和免疫代谢联动可作为连接炎症、脂代谢和组织损伤的重要主线。该方向也非常适合与血管平滑肌细胞、脂肪前体细胞或成纤维细胞项目联动设计。

5.4 成纤维细胞活化与 CAF 应用场景与项目价值

在器官纤维化研究中，成纤维细胞活化和肌成纤维化是最核心的执行环节。公司可通过活化程度、持续性、收缩能力和细胞外基质生成能力的分层分析，帮助客户从看到胶原增多进一步推进到明确哪些细胞状态在驱动组织硬化。

在肿瘤微环境研究中，CAF 已不仅是基质细胞，更是免疫排斥、治疗抵抗、代谢支持和转移生态位塑造的重要参与者。公司可围绕不同 CAF 亚群开展空间与功能研究，增强项目与免疫治疗、药物递送和复发机制的连接度。

在慢性炎症和自身免疫项目中，炎性成纤维细胞与免疫调节型成纤维细胞还可作为解释炎症维持、免疫耐受和修复失败的关键因素。该方向对于提升课题临床相关性尤为有价值。

5.5 血管平滑肌细胞与周血管细胞应用场景与项目价值

在动脉粥样硬化和血管损伤研究中，血管平滑肌细胞可塑性已从传统收缩型 / 合成型二分法扩展至多状态病理轨迹。公司可帮助客户从迁移、炎症、泡沫化、钙化和巨噬样偏移多个层面重建疾病过程，使课题更符合当前领域趋势。

在血管钙化和晚期斑块研究中，血管平滑肌细胞成骨样转化是重要机制支点。公司可帮助客户将矿化现象与谱系偏移、功能变化和信号机制连接起来，提高研究的系统性。

在脑血管、肿瘤血管和纤维化研究中，周细胞重塑可作为连接血管稳定性、屏障功能、异常血管生成和间质重塑的重要入口。该方向在血脑屏障、肿瘤血管及器官微循环项目中均有较高拓展价值。

5.6 脂肪、骨与间充质命运偏移应用场景与项目价值

在骨代谢和衰老研究中，成骨—成脂平衡失调可以直接解释骨量下降、骨髓脂肪化和再生能力减弱。公司可通过双向分化模型与时序设计，帮助客户将骨表型与细胞命运偏移联系起来。

在肥胖和代谢病研究中，脂肪前体细胞重塑、白脂向米色样转化及脂肪组织可塑性，是连接炎症、胰岛素抵抗、组织纤维化和能量代谢的关键。公司可帮助客户建立从前体状态到成熟脂肪功能的完整分析链条。

在异位骨化和血管钙化研究中，成骨样和软骨样程序激活可作为解释慢性损伤后异常修复的重要机制。该方向适合与血管平滑肌细胞、周细胞或纤维化项目交叉设计。

5.7 肿瘤谱系可塑性与治疗诱导转化应用场景与项目价值

在靶向治疗、内分泌治疗和化疗耐药研究中，谱系切换已成为解释获得性耐药的重要框架。公司可围绕治疗前后组织学与分子状态变化，帮助客户判断耐药究竟源于靶点逃逸、谱系重编程还是多状态共存。

在低分化、高侵袭性或复发性肿瘤研究中，肿瘤细胞可塑性与干样状态的耦合常直接决定临床恶性程度。公司可帮助客户从状态识别扩展到药物反应、组织学演变和复发风险解释，增强项目的临床关联度。

在神经内分泌样转分化研究中，公司可构建治疗压力、转录程序、病理表型和药敏变化的一体化分析路线，使项目不仅能够解释发生了什么变化，也能够进一步解释治疗失败的原因。

六、适合合作的项目阶段

6.1 机制探索阶段

适合需要明确表型定义、状态分类、功能后果和机制驱动关系的基础研究项目。

6.2 药物验证与作用机制阶段

适合围绕药物是否影响表型转化轨迹、是否能够逆转病理状态展开系统设计。

6.3 动物样本与组织样本验证阶段

适合将体外发现与动物模型、临床组织或病理样本进行对应验证，增强研究结论的真实性与说服力。

七、服务流程与交付内容

7.1 服务流程

客户提供研究背景、研究目的、细胞类型、疾病方向、预期表型转化方向及参考资料后，南京博恩将围绕项目目标进行方案评估，并形成正式报价。双方签订合同并完成预付款后，项目进入实验实施阶段。实验完成后，公司提交 PDF 版结果报告；尾款支付完成后，提交完整终版报告及相关配套资料。

7.2 方案评估重点

在正式执行前，公司将系统评估项目更适合归入 EMT/EMP、EndMT、巨噬细胞重塑、成纤维细胞活化、血管平滑肌细胞重塑还是骨脂命运转换研究；同时判断是否需要优先区分组成变化和状态变化，是否应加入功能实验、共培养或组织层验证，是否需要联动药效、动物实验或疾病模型，以及应配置哪些核心实验与交叉验证手段。

7.3 交付内容

项目完成后，可交付 PDF 版结果报告、完整终版报告、原始数据、统计图表、图注说明及整理后的发表级素材。对于需要进一步论文支撑或机制完善的项目，还可根据项目需求继续补充后续验证方案。

附录A 重点观察内容

A1 EMT / EMP 项目重点观察内容

EMT 项目不应只看 E-cadherin 和 Vimentin 的一升一降，更关键的是同时评估上皮连接、极性、细胞骨架重塑、迁移侵袭增强、细胞群体组织方式变化，以及是否出现 E/M 混合状态。对于 EMP 项目，建议重点观察上皮标志物与间质标志物是否共表达、细胞是否保留部分上皮黏附能力、是否具备集体迁移倾向，以及治疗刺激后是否出现状态漂移、干性增强和耐药表型。

A2 EndMT 项目重点观察内容

EndMT 项目的关键不只是 PECAM1 或 CDH5 是否下降，更要判断内皮身份是否被削弱、间质程序是否启动、内皮屏障功能是否下降、炎症黏附是否增强，以及迁移和通透性是否改变。对于部分 EndMT，应更加重视内皮与间质标志物并存状态、屏障不稳与微环境依赖性。

A3 巨噬细胞状态重塑与 MMT 项目重点观察内容

巨噬细胞项目的核心在于状态和功能，而不在于单个标志物。应综合评估表面或胞内状态标志、细胞因子谱、吞噬活性、脂代谢、能量代谢及空间分布。对于 MMT，应重点关注巨噬标志与肌成纤维标志的双重证据、纤维化相关细胞外基质生成能力、组织定位、时序变化及对组织硬化的贡献。

A4 成纤维细胞活化与异质化项目重点观察内容

对于一般成纤维细胞活化项目，应重点观察细胞外基质合成、收缩能力、炎症分泌、机械应答和持续激活状态。对于肌成纤维细胞项目，应增加胶原沉积、凝胶收缩、纤维化功能读出等验证。对于 CAF 异质化项目，应关注空间位置、不同亚群之间的分泌谱、免疫调节功能、基质屏障功能和药物响应相关性。

A5 血管平滑肌细胞与周血管细胞项目重点观察内容

血管平滑肌细胞项目需要将收缩标志物减弱与功能读出结合起来。除 ACTA2、TAGLN、MYH11 外，还应结合迁移、增殖、细胞外基质分泌、炎症因子、脂质摄取、吞噬和钙化功能读出分析其具体偏移方向。周细胞项目则需重点关注壁细胞特征是否减弱，同时细胞外基质、α-SMA、迁移与屏障相关功能是否发生重塑。

A6 脂肪、骨与间充质命运偏移项目重点观察内容

该方向重点不应只停留在某一终末分化标志物，而应分析祖细胞身份、双向命运倾向、诱导后时间轨迹、代谢状态及细胞外基质环境。成骨—成脂平衡项目应同时观察矿化与脂滴形成，避免只看单向诱导。白脂向米色转化项目则应重点评估产热相关程序、线粒体变化和代谢功能。

A7 肿瘤谱系可塑性与治疗诱导转化项目重点观察内容

该方向的重点在于治疗前后状态比较、组织学与分子证据整合，以及新表型是否带来真实功能后果。对于神经内分泌样转分化，应关注经典神经内分泌标志物、相关转录因子、增殖与耐药表型；对于鳞状样转分化，应关注角蛋白谱、鳞状转录程序和组织学改变；对于一般谱系切换，应结合病理形态、谱系标志物、治疗时间轴和药物敏感性变化共同判定。

附录B 关键调控通路

B1 EMT / EMP 关键调控通路

B1.1 TGF-β / SMAD 轴

TGF-β 是 EMT 中最经典的驱动通路之一，常通过 SMAD2/3/4 介导转录程序激活，推动 SNAI1、SNAI2、ZEB1/2、TWIST1 等 EMT 转录因子表达。该通路在纤维化、肿瘤侵袭和部分治疗诱导耐药中均十分重要。

B1.2 Wnt / β-catenin 通路

Wnt 信号可促进 β-catenin 稳定并进入细胞核，从而增强 EMT 程序、细胞可塑性和干性相关状态。该通路在肿瘤侵袭、EMT 持续和转移相关表型中尤为关键。

B1.3 Notch、Hedgehog 与受体酪氨酸激酶通路

Notch、Hedgehog 以及 EGFR、FGFR、MET 等受体酪氨酸激酶信号常与 EMT 协同，推动细胞状态漂移、干性增强和治疗耐受。对于复杂肿瘤模型，这些通路常与 TGF-β、炎症信号和机械应答共同作用。

B1.4 炎症与力学调控通路

TNF-α、IL-1β、NF-κB、PI3K/AKT、MAPK，以及细胞外基质刚度、整合素、FAK、YAP/TAZ 等力学转导通路，可在肿瘤和修复环境中共同维持部分 EMT 或 EMP 状态。对于慢性炎症和硬化微环境项目，这一层机制尤为重要。

B2 EndMT 关键调控通路

B2.1 TGF-β 超家族通路

TGF-β / SMAD 仍是 EndMT 最核心的驱动轴之一，在心血管病、器官纤维化与血管异常重塑中占主导地位。BMP 家族成员与其交互作用后，可在不同场景中起促进或限制作用，因此需要结合模型具体分析。

B2.2 Notch、Wnt / β-catenin 与非经典 TGF-β 通路

Notch、Wnt、PI3K/AKT、MAPK、Rho/ROCK 等通路常与 TGF-β 并行，参与细胞连接松解、骨架重塑和间质程序启动。部分 EndMT 中，这些非经典支路往往更能解释中间态维持。

B2.3 炎症、低氧与氧化应激相关通路

NF-κB、IL-1β、TNF-α、ROS、HIF-1α 等信号可加强 EndMT 倾向，尤其在动脉粥样硬化、缺血损伤、糖尿病血管并发症和肿瘤血管异常中具有重要作用。

B3 巨噬细胞状态重塑与 MMT 关键调控通路

B3.1 TLR / NF-κB 与 JAK / STAT 轴

巨噬细胞对炎症刺激的响应高度依赖 TLR / NF-κB 通路；而不同细胞因子刺激下的状态偏移常与 STAT1、STAT3、STAT6 等分支有关。该轴决定其在促炎、修复、免疫抑制或促纤维化方向上的偏移。

B3.2 PI3K / AKT、MAPK 与代谢调控通路

PI3K / AKT、ERK、p38、mTOR、AMPK、PPARγ 等通路与糖酵解、脂代谢和线粒体功能重塑密切相关，是巨噬细胞功能状态与代谢状态耦合的关键。

B3.3 MMT 相关 TGF-β / Smad3 轴

MMT 最常被强调的核心机制是 TGF-β / Smad3 相关信号，同时还可受到 CTGF、矿皮质激素受体、炎症因子及局部微环境机械信号影响。对于纤维化项目，这一通路往往是机制验证重点。

B4 成纤维细胞活化与异质化关键调控通路

B4.1 TGF-β / SMAD 与细胞外基质—整合素—FAK 轴

成纤维细胞向肌成纤维细胞激活最经典的机制仍是 TGF-β 依赖信号，但其持续激活往往离不开细胞外基质刚度增加、整合素活化、FAK 信号增强及正反馈维持。

B4.2 YAP / TAZ 与机械转导通路

组织硬度、牵张力和基质重塑可通过 YAP / TAZ 促进成纤维细胞持续激活并形成机械记忆。该层机制在肺纤维化、肝纤维化、肿瘤基质硬化和瘢痕化中尤为重要。

B4.3 炎症因子与 CAF 亚群驱动通路

IL-1、IL-6、LIF、JAK / STAT3、NF-κB 等信号与炎性成纤维细胞或 iCAF 形成密切相关；而 TGF-β 信号更常与 myCAF 程序相关。不同 CAF 亚群通常体现为不同信号优势主导，而非单一通路统一控制。

B5 血管平滑肌细胞与周血管细胞关键调控通路

B5.1 SRF / MYOCD 收缩程序维持轴

正常收缩型血管平滑肌细胞身份依赖 SRF、MYOCD 等转录调控网络维持。该轴受损后，血管平滑肌细胞更易去分化并进入合成型或其他病理状态。

B5.2 PDGF、炎症与应激相关通路

PDGF-BB、MAPK、PI3K/AKT、NF-κB、氧化应激及脂质相关信号可促进血管平滑肌细胞由收缩型向合成型、炎症样或泡沫样偏移，是血管损伤与粥样硬化中的关键驱动因素。

B5.3 成骨样转化相关通路

BMP、Wnt / β-catenin、RUNX2 相关程序及慢性炎症、磷钙负荷共同促进血管平滑肌细胞成骨样转化。对于血管钙化项目，这些通路通常是机制设计重点。

B5.4 周细胞重塑相关通路

周细胞重塑常与 PDGF、TGF-β、Notch、Ang/Tie 及局部炎症、缺氧和细胞外基质信号相互作用有关，具体方向取决于其趋向支持性修复，还是向病理性间质重塑偏移。

B6 脂肪、骨与间充质命运偏移关键调控通路

B6.1 成骨方向关键通路

Wnt / β-catenin、BMP / SMAD、Hedgehog、IGF 及力学相关 YAP / TAZ 通路是促进 MSC 向成骨方向分化的重要机制。其共同特点是推动 RUNX2、SP7/Osterix 等成骨程序建立，并促进矿化。

B6.2 成脂方向关键通路

PPARγ、C/EBPα、C/EBPβ 等转录程序是成脂分化核心，常与胰岛素信号、脂代谢调控及特定细胞外基质环境共同作用。骨脂命运失衡项目中，常需重点比较成骨与成脂程序的动态平衡。

B6.3 白脂向米色转化关键通路

寒冷刺激、β-肾上腺素能、cAMP / PKA、PGC-1α 及线粒体生物发生相关通路可促进白脂向米色样状态转化。该方向重点在于代谢重塑与产热程序建立。

B6.4 脂肪前体病理重塑相关通路

在肥胖与慢性炎症中，TGF-β、Wnt、炎症因子及局部微环境信号可抑制正常成脂分化、促进纤维化样基质程序，从而驱动脂肪前体细胞向病理性间质状态偏移。

B7 肿瘤谱系可塑性与治疗诱导转化关键调控通路

B7.1 EMT—干性—耐药联动通路

TGF-β、Wnt、Notch、YAP/TAZ、受体酪氨酸激酶、炎症及表观遗传调控共同参与肿瘤可塑性维持。它们常通过重编程转录网络与干性程序联动，帮助肿瘤细胞在治疗压力下生存。

B7.2 神经内分泌样转分化关键通路

治疗诱导神经内分泌样转分化常涉及谱系决定因子变化、AR 或其他原始谱系轴失活、表观遗传重塑，以及 ASCL1、NEUROD1、INSM1、SOX2、EZH2 等相关网络激活。不同癌种虽具体路径不同，但共同特征是原有身份程序减弱与新谱系程序建立。

B7.3 鳞状样转分化与组织学转化关键通路

该方向常伴随 TP63、SOX2、YAP/TAZ、炎症相关信号及表观遗传调控变化。项目中需要将组织形态学证据与分子标志物及治疗时间轴结合起来解释。

附录C 各谱系标志物体系与种属注意事项

C1 EMT / EMP 标志物体系

C1.1 上皮相关标志物

常见上皮标志物包括 CDH1（E-cadherin）、EPCAM、KRT8、KRT18、KRT19、OCLN、CLDN 家族等。对于上皮完整性较强的模型，还可观察 ZO-1/TJP1、MUC1 等极性与连接相关分子。

C1.2 间质相关标志物

常见间质标志物包括 VIM、CDH2（N-cadherin）、FN1、ITGA5、COL1A1，以及 EMT 转录因子 SNAI1、SNAI2、TWIST1、ZEB1、ZEB2 等。需要注意的是，转录因子升高并不必然意味着细胞已完成形态和功能转化。

C1.3 部分 EMT / E/M 混合状态识别

部分 EMT 更适合采用上皮标志物与间质标志物并存的组合判断，而不应期待出现完全替代。研究上更强调多标志物组合、时序表达和功能表现的一致性。

C2 EndMT 标志物体系

C2.1 内皮相关标志物

常用内皮标志物包括 PECAM1/CD31、CDH5/VE-cadherin、VWF、KDR/VEGFR2、EMCN 等。不同血管床、不同器官和不同成熟度的内皮细胞表达谱并不完全相同，因此项目中宜结合模型来源选择组合。

C2.2 间质相关标志物

EndMT 中常见间质标志物包括 ACTA2/α-SMA、TAGLN、VIM、FN1、COL1A1、COL3A1、FSP1/S100A4 等。需要注意这些分子并非 EndMT 专属，必须与内皮身份减弱和功能变化共同判断。

C2.3 种属与模型注意事项

人和鼠内皮模型在基础表达背景、刺激敏感性及器官特异性上存在差异。对于原代细胞、永生化内皮细胞和组织样本，标志物组合应分层设置，不宜套用单一固定模板。

C3 巨噬细胞状态重塑与 MMT 标志物体系

C3.1 常用巨噬细胞标志物

巨噬细胞常用标志物包括 CD68、CSF1R、CD163、CD14、FCGR3A/CD16、MRC1/CD206 等，但不同组织、不同刺激和不同物种差异明显。对于功能状态判定，单一标志物解释力有限，建议结合细胞因子、代谢和功能读出。

C3.2 人鼠巨噬细胞标志物的种属注意事项

F4/80（Adgre1）常用于小鼠巨噬细胞表征，但在人中不能简单对应替代。Ly6C、Ly6G 等更偏向小鼠体系，在人样本中常以 CD14、CD16 等组合替代。NOS2 与 ARG1 在小鼠经典极化研究中较常见，但在人巨噬细胞中并不总是稳定或一一对应，因此跨物种研究不宜机械套用固定的 M1/M2 标志物清单。

C3.3 MMT 标志物组合

MMT 项目通常要求同时出现巨噬标志与肌成纤维或细胞外基质标志，如 CD68 或 F4/80 联合 ACTA2、COL1A1、FN1 等。若仅有 α-SMA 上升或巨噬标志物弱表达，并不足以支持 MMT 结论。

C4 成纤维细胞与 CAF 标志物体系

C4.1 常用成纤维细胞标志物

成纤维细胞常用标志物包括 COL1A1、COL1A2、DCN、LUM、PDGFRA、THY1/CD90、VIM、FAP 等。但应注意，成纤维细胞缺乏单一特异金标准标志物，往往需要结合排除法与多标志物组合判定。

C4.2 活化与肌成纤维细胞标志物

活化或肌成纤维样状态常参考 ACTA2、TAGLN、COL1A1、POSTN、CTGF、FN1 等。需要注意，ACTA2 更偏向收缩型激活状态，不能代表所有活化成纤维细胞；不同器官纤维化中标志物组合也可能不同。

C4.3 CAF 亚群标志物

myCAF 常与 ACTA2、TAGLN、COL1A1、POSTN 等相关；iCAF 更常见 IL6、CXCL12、CXCL14、LIF 等分泌型程序；apCAF 常与抗原呈递相关分子表达有关。具体亚群定义受肿瘤类型、样本来源和单细胞分析框架影响较大，因此更适合采用亚群特征集进行命名和解释。

C4.4 种属注意事项

人和鼠成纤维细胞具有共性，也存在显著组织定位与亚群分辨差异。某些在鼠中分层清晰的亚群，在人样本中边界可能更模糊，因此在转化研究中需优先依据具体组织和平台数据调整标志物组合。

C5 血管平滑肌细胞与周细胞标志物体系

C5.1 收缩型血管平滑肌细胞标志物

常见收缩型标志物包括 ACTA2、TAGLN/SM22α、MYH11、CNN1、SMTN 等。其中 MYH11 和 SMTN 对成熟收缩型身份更有代表性，而 ACTA2 单独使用时与其他肌样细胞存在重叠。

C5.2 病理偏移型血管平滑肌细胞标志物

合成型或炎症样状态常伴随收缩标志物下调及细胞外基质、炎症、迁移相关分子上升；泡沫样偏移可观察脂代谢与吞噬相关分子；成骨样偏移常参考 RUNX2、ALPL、SPP1、SOX9 等。需要注意，巨噬样标志物上升并不等于细胞真正转为巨噬细胞来源。

C5.3 周细胞标志物与注意事项

周细胞常参考 PDGFRβ、CSPG4/NG2、RGS5、DES、MCAM/CD146、ACTA2 等，但目前并不存在真正统一的全周细胞标志物。其标志物与血管平滑肌细胞、间充质细胞和内皮周围支持细胞存在重叠，因此应结合组织位置、形态和功能共同判断。

C6 脂肪、骨与间充质命运偏移标志物体系

C6.1 成骨相关标志物

成骨方向常观察 RUNX2、SP7/Osterix、ALPL、BGLAP/OCN、COL1A1 及矿化染色。不同阶段标志物不同，早期偏向转录调控和碱性磷酸酶，晚期更强调矿化与成熟骨样分子。

C6.2 成脂相关标志物

成脂方向常观察 PPARG、CEBPA、FABP4、ADIPOQ、PLIN1 及脂滴染色。对于成熟脂肪细胞身份，还可结合脂滴结构和脂代谢功能读出。

C6.3 白脂—米色 / 棕色样标志物

白脂向米色转化常观察 UCP1、PPARGC1A/PGC-1α、CIDEA、PRDM16 等，同时结合线粒体相关指标和产热功能。需要注意不同种属、不同脂肪库和不同刺激方式下标志物表达谱存在差异。

C6.4 脂肪前体与种属注意事项

小鼠脂肪前体亚群中常见 Ly6C、PDGFRβ 等分层特征，而在人类体系中对应关系并不总是完全一致。人和鼠脂肪祖细胞虽共享部分基因程序，但亚群边界与功能定义并非简单一一映射，因此项目中需根据种属分别设计检测面板。

C7 肿瘤谱系可塑性与治疗诱导转化标志物体系

C7.1 肿瘤干性与 EMT 联动标志物

常见组合包括 EPCAM、CD44、ALDH1A1、SOX2、NANOG、OCT4/POU5F1、EMT 相关标志物及球体形成能力。实际应用中应根据癌种与模型选择，而不宜固定套用统一清单。

C7.2 神经内分泌样转分化标志物

常用神经内分泌标志物包括 SYP、CHGA、INSM1、NCAM1/CD56，部分癌种还常结合 ASCL1、NEUROD1、DLL3 等。需要强调的是，神经内分泌样转分化判断应结合病理形态、治疗背景与谱系程序变化，而不应仅凭单个神经内分泌标志物阳性。

C7.3 鳞状样转分化标志物

常用标志包括 TP63/p63、KRT5、KRT14、SOX2 等，但不同肿瘤来源的基础表达背景不同，需结合病理学证据与原始肿瘤谱系背景综合解释。

附录D 平台配套与技术支撑能力

D1 分子检测平台

包括 qPCR 与 Western blot，可用于判断关键标志物和通路状态，适合项目起始阶段的分子证据建立，也可用于机制验证中的通路响应评估。

D2 荧光显微与共聚焦平台

适用于细胞形态、骨架、共定位和空间状态分析，特别适合判断细胞是否从原始形态进入新状态，并支持组织层空间证据获取。

D3 流式细胞术平台

适用于免疫细胞和异质性群体的单细胞分群与状态定量，可用于极化状态、亚群分布和功能相关群体识别。

D4 功能实验平台

包括迁移、侵袭、收缩、吞噬、黏附、通透性、分化等多类功能评估，用于验证表型变化是否真正带来功能结果变化。

D5 活细胞成像平台

适用于动态时序追踪，帮助判断转化过程是渐进性的、可逆的还是瞬时触发的，适合连续谱和状态漂移相关项目。

D6 共培养与条件培养基平台

适用于研究供体—受体互作及微环境诱导机制，帮助回答哪一类细胞在诱导另一类细胞发生转化这一关键问题。

D7 组织学与空间验证平台

适用于动物组织和临床样本验证，帮助确认表型转化是否在真实组织场景中存在，并建立与病理过程的对应关系。